Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana

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1 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes Objetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança).

2 Inferência filogenética por verossimilhança máxima
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L)  Probabilidade (Amostra | Hipóteses) Sequências alinhadas Árvores Comprimento dos ramos Modelos de substituição

3 Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L)
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L)

4 Árvore com dois nós Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G Árvore com dois nós

5 Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor Sequência 1 — A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 — A A C A G A C A C A G T C C G

6 Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios?
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios?

7 Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança?
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança? O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t

8 Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro.
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima t — número esperado de substituições por sítio ln L ln L =  1589, e t = 0, Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro.

9 t = comprimento do ramo = 0,03091825
Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t Quem é t? Produto da taxa de substituição pelo tempo Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens t = comprimento do ramo = 0,

10 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança  Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes

11 Inferência Bayesiana distribuição de probabilidade a priori
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana Inferência Bayesiana distribuição de probabilidade a priori função de verossimilhança distribuição de probabilidade a posteriori constante de normalização

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2. Inferência Bayesiana

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