Interações do Algoritmo Phred/Phrap

Interações do Algoritmo Phred/Phrap
Renato David Puga

Objetivo Visão geral do pacote Phred/Phrap/Consed
Qual informação será disponibilizada Exemplo de uma Implementação

O Projeto (Exemplo) Submissão de cromatogramas (clones e ortologos)
PARA MAIS INFORMAÇÕES...

Introdução O que é Phred/Phrap/Consed ?
Leitura dos arquivos cromatogramas Atribuição de qualidade às bases Identificação e “mascaramento” de vetores Seqüência Assembly Visualização de Assembly

Introdução O que é Algoritmo ?
Forma estruturada de resolver problemas em uma seqüência lógica.

Utilizando o pacote Phred/Phrap
Obtendo o pacote Plataforma

Utilizando o pacote Phred/Phrap
Diretórios Chromat_dir Edit_dir Phd_dir

Executando o programa phred
Linha de comando: phred -id chromat_dir -pd phd_dir Lê e processa os arquivos.

Linha de comando: phred -id chromat_dir -pd phd_dir Grava os arquivos *.phd.1.

Linha de comando: phred -id chromat_dir -pd phd_dir Opções: -id : Lê e processa os arquivos no diretório chromat_dir. -pd : Grava os arquivos *.phd.1 no diretório phd_dir.

Exemplo: .phd.1

Executando o programa ph2fasta
Linha de comando: ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual Escreve um arquivo de seqüências com o nome de “seq_fasta”.

Linha de comando: ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual Escreve um arquivo de qualidade com o nome de “seq_fasta.qual”.

Linha de comando: ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual Opções: -os : Escreve um arquivo de sequência. -pd : Escreve um arquivo com a qualidade das bases.

Exemplo: seqs_fasta

Exemplo: seqs_fasta.qual

Executando o programa cross_match
Linha de comando: cross_match seqs_fasta vector.seq –minmatch 12 –minscore 20 -screen > screen.out

Exemplo: screen.out

Exemplo: seqs_fasta.screen

Executando o programa phrap
Linha de comando: phrap seqs_fasta.screen –new_ace > phrap.out Cria um arquivo .ace para que possa ser Importado o assembly para consed.

Executando o programa phrap
Exemplo: seqs_fasta.screen.contigs

Pipeline Phred/Phrap/Consed
Identifica e “mascara” os vetores. Executar o cross_match. Copiar os arquivos cromatogramas para o diretório chromat_dir Assembly Cria o arquivo: seqs_fasta.screen.contigs Arquivos assembly: seqs_fasta.screen.ace phrap Executar o phred. Atribui valor de qualidade às bases Gera os arquivo *.phd.1 Visualiza e edita o arquivo assembly consed. Converte os arquivos *.phd.1 para fasta. Executa ph2fasta. Seqüência nucleotídeos: seqs_fasta Valor de qualidade: seqs_fasta.screen.qual

Disponibilizando Resultados
Quais informações? Como será visualizado? Quais ferramentas?

Quais informações? FASTA do cromatograma Início e o Fim da seqüência de qualidade Vetores encontrados

Como será visualizado? Web Quais ferramentas? Linguagem Script Perl Comandos do shell

Algoritmos / Scripts Fasta do cromatograma
1 - Abrir o arquivo seqs_fasta. 2 - Exibir o conteúdo do arquivo. Algoritmo

Algoritmos / Scripts Fasta do cromatograma #!/usr/bin/perl
print “Content-type: text/html\n\n”; $conteudo = `more seqs_fasta`; # conteúdo em $conteudo print “$conteudo”; # exibe o conteúdo Script Perl

Algoritmos / Scripts Início e Fim da seqüência de alta qualidade
1 - Abrir o arquivo phd.1 desejado. 2 – Localizar a informação TRIM 3 – Mostrar os valores de TRIM Algoritmo

Algoritmos / Scripts TRIM: 36 446 Início Fim
Início e Fim da seqüência de alta qualidade TRIM: Início Fim

Algoritmos / Scripts TRIM: 36 446
Início e Fim da seqüência de alta qualidade $trim = `grep TRIM TF00604.phd.1`; Script Perl TRIM:

Algoritmos / Scripts @pos_trim = (“TRIM”,”36”,”446”)
Início e Fim da seqüência de alta qualidade @pos_trim = split(/\s+/,$trim); Script Perl @pos_trim = (“TRIM”,”36”,”446”)

Algoritmos / Scripts Início = 36 Fim = 446
Início e Fim da seqüência de alta qualidade print “Início = $pos_trim[1] ”; print “Fim = $pos_trim[2] ”; Script Perl Início = 36 Fim = 446

Algoritmos / Scripts Início e Fim da seqüência de alta qualidade
$trim = `grep TRIM TF00604.phd.1`; @pos_trim = split(/\s+/,$trim); print “Início = $pos_trim[1] ”; print “Fim = $pos_trim[2] ”; Script Perl

Algoritmos / Scripts Vetores encontrados 1 – Ler o arquivo screen.out.
2 – Localizar os vetores encontrados. 3 – Separar início e fim de cada vetor. 4 – Exibir vetores e suas posições. Algoritmo

Algoritmos / Scripts Vetores encontrados
Script-Perl: Selecionando vetores. @vetor = `grep TF00604-M04R screen.out`; TF00604-M04R.ab (569) pCR4-TOPO_Cloning_Vector (3663) TF00604-M04R.ab (479) pCMVSPORT (3616)

$ln = 0; foreach $conteudo ) # 1 { if ( $conteudo =~ /^\s+/ ) # 2 $conteudo_linha[$ln] = $conteudo; # 3 $ln++; # 4 } Script-Perl: Separando linhas.

@partes = split(/\s+/, $conteudo_linha[$i]); # conteúdo de partes @partes = (“ ”,“35”,”5.88”,”7.35”,”0.00”,”TF00604-M04R.ab1”,”1”, “68 “,...); Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.

$inicio_vetor[$i] = $partes[6]; $fim_vetor[$i] = $partes[7]; # inicio e fim Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.

Algoritmos / Scripts Vetores encontrados Script-Perl: Saída
print "$i - Início = $inicio_vetor[$i] <br>"; print "$i - Fim = $fim_vetor[$i] <br>"; # imprime Script-Perl: Saída

for( $i=0; $i < $ln; $i++ ) { @partes = split(/\s+/, $conteudo_linha[$i]); $inicio_vetor[$i] = $partes[6]; $fim_vetor[$i] = $partes[7]; print "$i - Início = $inicio_vetor[$i] <br>"; print "$i - Fim = $fim_vetor[$i] <br>"; } Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.

Exemplo

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