Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação Florianópolis, 09 de novembro de 2010.

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1 Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação Florianópolis, 09 de novembro de 2010.

2 Genbank Swiss-prot pdb Tópicos

3 GENBANK

4 GENBANK: É um banco de seqüências de nucleotídeos e proteínas. Acesso irrestrito (grande parte) acessado pelo NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov Construído pelo National Center of Biothecnology Information (NCBI) em 1982. COLABORAÇÕES: DNA Data Bank do Japão (DDBJ) European Bioinformatics Institutes (EBI, Hinxtin, UK). -> Todos estes centros recebem dados separadamente, estas informações são trocadas e integradas, de maneira que estes bancos contém o mesmo banco de dados, sendo grande parte deles disponível on line. GENBANK

5 Bethesda, MD O National Center for Biotechnology Information (NCBI) Aceita submissões de seqüências primárias. Desenvolve ferramentas para analisar dados. Criação de bancos específicos baseados na seqüência primária. Fornece pesquisa livre e links

6 Users per day 300,000 200,000 100,000 400,000 1998 1999 2000 2001 200220032004 500,000 600,000 2005 Christmas and New Years Day Tráfego de navegação ao NCBI 65 milhões de pb 61 milhões de seqüências 65 milhões de pb 61 milhões de seqüências

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9 01/21/2007 9/19/2006

10 Organismo -Tradicional PRI (28) Primate ROD (15) Rodent PLN (20) Plant and Fungal BCT (18) Bacterial/Archeal INV (7) Invertebrate VRT (7) Other Vertebrate VRL (4) Viral MAM (2) Mammalian PHG (1) Phage SYN (1) Synthetic ENV (4) Envir. samples UNA (1) Unannotated Functional - Bulk EST (570) Expressed Sequence Tag GSS (197) Genome Survey Sequence HTG (88) High Throughput Genomic PAT (27) Patent STS (9) Sequence Tagged Site CON (1) Contigs, virtual EST (570) Expressed Sequence Tag GSS (197) Genome Survey Sequence HTG (88) High Throughput Genomic PAT (27) Patent STS (9) Sequence Tagged Site CON (1) Contigs, virtual Organizado por taxonomia Submissões diretas (Sequin/Bankit) Acuracidade (~1 error per 10,000 bp) Bem caracterizado Organizado por tipo de sequencia Submissões por (ftp/email) Menos acurado Pouco caracterizado Divisões do GENBANK

11 GenBank EST STS GSS HTG Expressed Sequence Tag – Uma única passagem de leitura do cDNA Genome Survey Sequence – Uma única passagem de leitura do gDNA High Throughput Genomic – Seqüências incompletas de clones Sequence Tagged Site – PCR-based mapping reagents GENBANK funcional

12 Pouco caracterizada Banco de Seqüências do tipo EST

13 shred Whole BAC insert (or genome) isolate clonessequence GSS division or trace archive Draft sequence ( HTG division ) assembly whole genome shotgun assemblies (wgs projects) GSS, HTG, WGS

14 Sequencias não concluidas de BAC Gaps e pedaços fora de ordem Sequencias não concluidas de BAC Gaps e pedaços fora de ordem LOCUS AC141845 147720 bp DNA linear HTG 19-MAR-2004 DEFINITION Apis mellifera clone CH224-4A2, WORKING DRAFT SEQUENCE, 14 unordered pieces. ACCESSION AC141845 VERSION AC141845.1 GI:29124029 KEYWORDS HTG; HTGS_PHASE1; HTGS_DRAFT. LOCUS AC141845 147720 bp DNA linear HTG 19-MAR-2004 DEFINITION Apis mellifera clone CH224-4A2, WORKING DRAFT SEQUENCE, 14 unordered pieces. ACCESSION AC141845 VERSION AC141845.1 GI:29124029 KEYWORDS HTG; HTGS_PHASE1; HTGS_DRAFT. HTG: Honeybee Draft Sequence

15 685 projetos Bactéria (320) Sequencias ambientais (14) Archaea (8) Eucariotos (140), incluem: Frango, em ratinhos, ratos, cães (2), chimpanzé, humano Peixe (2) Abelha, Anopheles, moscas das frutas (3) Nematóides (2) As leveduras (8), Aspergillus (2) Arroz (2) 685 projetos Bactéria (320) Sequencias ambientais (14) Archaea (8) Eucariotos (140), incluem: Frango, em ratinhos, ratos, cães (2), chimpanzé, humano Peixe (2) Abelha, Anopheles, moscas das frutas (3) Nematóides (2) As leveduras (8), Aspergillus (2) Arroz (2) Genomas completos - Projetos Shotgun

16 wgs master[properties] ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/wgs/ Projetos Genomas Completos (WGS)

17 GENBANK: procurando por seqüências – Regiões regulatórias. – Regiões não-traduzíveis. – Regiões codificantes para proteínas. – Regiões intergênicas. – Regiões regulatórias. – Regiões não-traduzíveis. – Regiões codificantes para proteínas. – Regiões intergênicas.

18 Swiss-prot

19 O swiss-prot foi criado durante a tese de Amos Bairoch em 1986 ligado ao Swiss Institute of Bioinformatics (SIB). Contém todas as seqüências protéicas de proteínas com funções conhecidas. Swiss-prot está disponível no endereço eletrônico www.expasy.ch/sprot/ conectado ao servidor ExPAsy. ExPASy: Expert Protein Analysis System contém banco de dados + ferramentas on line úteis. Colaboração: European Bioinformatics Institute (EBI). Automated TrEMBL (TRanslation of EMBL nucleotide sequences)

20 Típico swiss-prot entry Proteína Função proteíca bibliografia Links com outros bancos: – Estrutura – Domínio – Função