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Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga,

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1 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho O GBIF visto pelo fornecedor de dados - Domínio Microbiano - Isabel M. Santos & Nelson Lima Micoteca da Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica Braga - Portugal

2 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho n Facultar – Acessibilidade a esses dados à escala global Dados sobre a BIODIVERSIDADE n n Promover – – Compilação – – Padronização – – Digitalização Registos de observações geográficas e ecológicas (in situ) Referentes a Espécimens em colecções de história natural / herbários (...) Objectivos do GBIF

3 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho n Estirpes – Cultura activa – Estado mais ou menos dormente Conceito de Estirpe Conceito de Espécimen Implicações ao nível de procedimentos curatoriais e de gestão Colecções de microrganismos Organismo vivo conservado numa colecção

4 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho n Informação associada – Taxonomia – Origem – Propriedades – Atributos particulares n n Os dados referentes à espécie representam uma fracção menor da totalidade da informação Penicillim expansum Link MUM Penicillim expansum Link MUM Penicillim expansum Link MUM (…) n n Várias estirpes da mesma espécie n n O grosso do volume de dados coligido e armazenado dizem respeito à estirpe Colecções de microrganismos

5 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho n Armazenamento de dados – Registo em suporte de papel – Folha Excel – Base de dados em Microsoft Access – Sistema Gestor de Bases de Dados n n Disseminação de dados – – Catálogo em papel – – Catálogo electrónico – – Ligação em rede (WDCM, BioCISE) – – Adesão a outras iniciativas (MINE, CABRI) Colecções de microrganismos

6 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho O caso da Micoteca da Universidade do Minho Missão: Desenvolver uma colecção de fungos filamentosos com o objectivo principal de manter e fornecer estirpes para a investigação em biotecnologia e para laboratórios de ensino, actuando também como um centro de conhecimento, informação e formação, em articulação com outras colecções de culturas de Portugal. Missão: Desenvolver uma colecção de fungos filamentosos com o objectivo principal de manter e fornecer estirpes para a investigação em biotecnologia e para laboratórios de ensino, actuando também como um centro de conhecimento, informação e formação, em articulação com outras colecções de culturas de Portugal. A MUM foi criada institucionalmente na UM em 1996

7 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Conservação de fungos Política de aquisição/Critérios de aceitação Sistema informático Gestão de dados Gestão de stocks Disseminação da informação Documentos Dados Distribuição Depósito confidencial FormaçãoConsultoria Adopção de procedimentos curatoriais e experimentais rigorosos e bem documentados obedecendo a padrões de qualidade reconhecidos. Obter reconhecimento como um BRC e consequente integração em sistemas de informação internacionais O caso da Micoteca da Universidade do Minho

8 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Normas e recomendações WFCC Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms Gams et al. (1988) Structuring strain data for storage and retrieval of information of fungi and yeasts in MINE, the Microbial Information Network Europe NPEN 1619 (1999) Biotecnologia – Processos e produção em grande escala. Requisitos para a gestão e organização dos procedimentos para conservação de estirpes CABRI (Common Access to Biological Resources and Information) guidelines OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: general requirements for all BRCs OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: mandatory guidance for micro-organism domain BRCs OECD (2003) Minimum Data Set (MDS) for describing BRCs and the domain of microbes Normas e recomendações WFCC Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms Gams et al. (1988) Structuring strain data for storage and retrieval of information of fungi and yeasts in MINE, the Microbial Information Network Europe NPEN 1619 (1999) Biotecnologia – Processos e produção em grande escala. Requisitos para a gestão e organização dos procedimentos para conservação de estirpes CABRI (Common Access to Biological Resources and Information) guidelines OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: general requirements for all BRCs OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: mandatory guidance for micro-organism domain BRCs OECD (2003) Minimum Data Set (MDS) for describing BRCs and the domain of microbes

9 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Procedimentos de documentação e gestão da informação

10 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Procedimentos na recepção de culturas Número único e não reutilizável Política aquisição Critérios admissão Informar depositante Rejeição estirpePedido de depósito de estirpe Nº MUM Formulário admissão Estirpe aceite Aviso de recepção Recepção estirpe Número de ordem MDS Verificação Pedir novo material Não Estado sanitário Autenticidade Pureza Quarentena

11 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Procedimentos na conservação de estirpes 1. Comunicar Nº MUM 2. Enviar formulário para verificação pelo depositante Nº MUM Conservação Não Armazenamento Inserção de dados na BD Viabilidade & Pureza Controlo periódico de qualidade Banco colecção Banco trabalho (NP EN 1619) 2 técnicas FD / -80 ºC Todos os procedimentos e operações efectuadas sobre as culturas são devidamente registados e documentados

12 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Documentos padronizados - 1 Recepção Mod. A 1.1Formulário de admissão Mod. A 1.2Formulário de isolamento e ID Conservação Mod. C 1.1Formulário de conservação - Liofilização Mod. C 2.1Formulário de conservação - Crioconservação Mod. C 3.1Formulário de conservação - Água, Óleo, Sílica Ofícios padrão Mod. O 1.1Aviso de recepção de culturas Mod. O 2.1Rejeição de uma estirpe Mod. O 3.1Comunicação de Nº MUM Mod. O 4.1Comunicação de aceitação de reclamação Mod. O 5.1Comunicação de rejeição de reclamação

13 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Documentos padronizados - 2 Distribuição Mod. E 1.1Aceitação de responsabilidade pelo material recebido Mod. E 2.1Disclaimer Mod. E 3.1Aceitação de responsabilidade por materiais potencialmente patogénicos Mod. E 4.1Lista de conteúdos Mod. E 5.1Relatório de envio Mod. E 6.1Instruções para o rejuvenescimento de estirpes Mod. E 7.1Lista de meios de cultura Mod. E 8.1Ficha de dados de segurança (categoria 1) Mod. E 9.1Ficha de dados de segurança (categoria 2) Testes Mod. T 1.1Formulário para verificação conformidade material pelo depositante

14 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Formulário de Admissão de Culturas ( Mod. A1.1)

15 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Formulário de Admissão de Culturas ( Mod. A1.1)

16 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Estrutura geral da base de dados MDS Type of record L,R,C,P min. stock Shelf-life Level 1 E/C L,R,C,P Level 2 E/C L,R Level 3 E/C L Level 4 C L Electronic catalogue User/date creation User/date last alteration Nº units min. stock Storage Shelf-life Unique MUM NºUnique lot NºInternal validations: BD implementada Microsoft SQL Server 2000 Aplicação de gestão e relatórios implementados para ambiente web

17 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Estrutura dos campos de informação Registo de estirpes Campos agrupados por temas n n Identificação n n Estatuto n n Imagem n n Administração da estirpe n n Proveniência/ História n n Interacções Biológicas n n Sexualidade n n Genótipo e genética n n Condições de crescimento n n Propriedades e aplicações n n Bibliografia conjunto mínimo dados MINE/ CABRI

18 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Registo de estirpes Identificação n n Nome da espécie n n Sinónimos n n Estado alternativo n n Nomes incorrectos n n Referências (taxonomia) n n Observações (taxonomia) Imagem Estatuto n n Estatuto nomenclatural da estirpe: tipo, neotipo,...

19 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Registo de estirpes Administração da estirpe n n Número n n Número noutras colecções n n Data de entrada na colecção n n Data de recepção n n Nº de ordem n n Autenticidade n n Restrições n n Categoria n n Tipo de depósito (L, R, C, P,...) n n Forma de envio Proveniência/ História n n Substrato/ hospedeiro n n Origem geográfica n n Recolhido por n n Isolado por n n Método de isolamento n n Identificado por n n Depositante n n Herbário n n História n n Nomes prévios

20 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Novo Gestão dos lotes Saídas Registo de estirpes Conservação Métodos de conservação Relatórios Relatório de envio Imagem Ficheiro pdf Impressora Ficheiro de imagem Pesquisas Número MUM Nome da espécie... Utilização da Base de Dados

21 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Consulta externa da Base de Dados Catálogo electrónico Por nome da espécie Por número da estirpe WDCM (http://wdcm.nig.ac.jp) BioCISE (http://bgbm3. bgbm.fu-berlin.de/biocise)

22 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho

23 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Guia CABRI para produção de catálogo Conjunto de dados mínimo (Bactérias e Archaea)

24 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Guia CABRI para produção de catálogo Conjunto de dados mínimo (Fungos)

25 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Guia CABRI para produção de catálogo Padronização dos dados

26 Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho


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