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O GBIF visto pelo fornecedor de dados

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Apresentação em tema: "O GBIF visto pelo fornecedor de dados"— Transcrição da apresentação:

1 O GBIF visto pelo fornecedor de dados
- Domínio Microbiano - Isabel M. Santos & Nelson Lima Micoteca da Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica Braga - Portugal

2 Objectivos do GBIF Promover Facultar Compilação Padronização
Digitalização Dados sobre a BIODIVERSIDADE Facultar Acessibilidade a esses dados à escala global Registos de observações geográficas e ecológicas (in situ) Referentes a Espécimens em colecções de história natural / herbários (...)

3 Conceito de Estirpe ≠ Espécimen
Colecções de microrganismos Estirpes Cultura activa Estado mais ou menos dormente Conceito de Estirpe Espécimen Organismo vivo conservado numa colecção Implicações ao nível de procedimentos curatoriais e de gestão

4 Colecções de microrganismos
Várias estirpes da mesma espécie Informação associada Taxonomia Origem Propriedades Atributos particulares Penicillim expansum Link MUM 99.19 Penicillim expansum Link MUM 99.23 Penicillim expansum Link MUM 04.04 (…) O grosso do volume de dados coligido e armazenado dizem respeito à estirpe Os dados referentes à espécie representam uma fracção menor da totalidade da informação

5 Colecções de microrganismos
Armazenamento de dados Registo em suporte de papel Folha Excel Base de dados em Microsoft Access Sistema Gestor de Bases de Dados Disseminação de dados Catálogo em papel Catálogo electrónico Ligação em rede (WDCM, BioCISE) Adesão a outras iniciativas (MINE, CABRI)

6 O caso da Micoteca da Universidade do Minho
A MUM foi criada institucionalmente na UM em 1996 Missão: Desenvolver uma colecção de fungos filamentosos com o objectivo principal de manter e fornecer estirpes para a investigação em biotecnologia e para laboratórios de ensino, actuando também como um centro de conhecimento, informação e formação, em articulação com outras colecções de culturas de Portugal.

7 Depósito confidencial
O caso da Micoteca da Universidade do Minho Conservação de fungos Política de aquisição/Critérios de aceitação Sistema informático Gestão de dados Gestão de stocks Disseminação da informação Documentos Dados Distribuição Depósito confidencial Formação Consultoria Adopção de procedimentos curatoriais e experimentais rigorosos e bem documentados obedecendo a padrões de qualidade reconhecidos. Obter reconhecimento como um BRC e consequente integração em sistemas de informação internacionais

8 Normas e recomendações
WFCC Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms Gams et al. (1988) Structuring strain data for storage and retrieval of information of fungi and yeasts in MINE, the Microbial Information Network Europe NPEN 1619 (1999) Biotecnologia – Processos e produção em grande escala. Requisitos para a gestão e organização dos procedimentos para conservação de estirpes CABRI (Common Access to Biological Resources and Information) guidelines OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: general requirements for all BRCs OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: mandatory guidance for micro-organism domain BRCs OECD (2003) Minimum Data Set (MDS) for describing BRCs and the domain of microbes

9 Procedimentos de documentação e gestão da informação

10 Procedimentos na recepção de culturas
Critérios admissão Informar depositante Rejeição estirpe Pedido de depósito de estirpe Política aquisição Formulário admissão Estirpe aceite Estado sanitário Autenticidade Pureza Quarentena Recepção estirpe Número de ordem MDS Aviso de recepção Verificação Pedir novo material Não Número único e não reutilizável Nº MUM

11 Procedimentos na conservação de estirpes
2 técnicas FD / -80 ºC 1. Comunicar Nº MUM 2. Enviar formulário para verificação pelo depositante Nº MUM Conservação Não Armazenamento Inserção de dados na BD Viabilidade & Pureza Banco colecção Banco trabalho (NP EN 1619) Controlo periódico de qualidade Todos os procedimentos e operações efectuadas sobre as culturas são devidamente registados e documentados

12 Documentos padronizados - 1
Recepção Mod. A 1.1 Formulário de admissão Mod. A 1.2 Formulário de isolamento e ID Conservação Mod. C 1.1 Formulário de conservação - Liofilização Mod. C 2.1 Formulário de conservação - Crioconservação Mod. C 3.1 Formulário de conservação - Água, Óleo, Sílica Ofícios padrão Mod. O 1.1 Aviso de recepção de culturas Mod. O 2.1 Rejeição de uma estirpe Mod. O 3.1 Comunicação de Nº MUM Mod. O 4.1 Comunicação de aceitação de reclamação Mod. O 5.1 Comunicação de rejeição de reclamação

13 Documentos padronizados - 2
Distribuição Mod. E 1.1 Aceitação de responsabilidade pelo material recebido Mod. E 2.1 Disclaimer Mod. E 3.1 Aceitação de responsabilidade por materiais potencialmente patogénicos Mod. E 4.1 Lista de conteúdos Mod. E 5.1 Relatório de envio Mod. E 6.1 Instruções para o rejuvenescimento de estirpes Mod. E 7.1 Lista de meios de cultura Mod. E 8.1 Ficha de dados de segurança (categoria 1) Mod. E 9.1 Ficha de dados de segurança (categoria 2) Testes Mod. T 1.1 Formulário para verificação conformidade material pelo depositante

14 Formulário de Admissão de Culturas (Mod. A1.1)

15 Formulário de Admissão de Culturas (Mod. A1.1)

16 Estrutura geral da base de dados
BD implementada Microsoft SQL Server 2000 Aplicação de gestão e relatórios implementados para ambiente web Level 1 E/C L,R,C,P Level 2 E/C L,R Level 3 E/C L Level 4 C L MDS Type of record L,R,C,P Electronic catalogue min. stock Shelf-life Nº units ≤ min. stock Storage ≥ Shelf-life User/date creation User/date last alteration Unique MUM Nº Unique lot Nº Internal validations:

17 Estrutura dos campos de informação
Registo de estirpes Campos agrupados por temas Identificação Estatuto Imagem Administração da estirpe Proveniência/ História Interacções Biológicas Sexualidade Genótipo e genética Condições de crescimento Propriedades e aplicações Bibliografia conjunto mínimo dados MINE/ CABRI

18 Registo de estirpes Identificação Imagem Estatuto Nome da espécie
Sinónimos Estado alternativo Nomes incorrectos Referências (taxonomia) Observações (taxonomia) Estatuto Estatuto nomenclatural da estirpe: tipo, neotipo, ...

19 Registo de estirpes Administração da estirpe Proveniência/ História
Número Número noutras colecções Data de entrada na colecção Data de recepção Nº de ordem Autenticidade Restrições Categoria Tipo de depósito (L, R, C, P, ...) Forma de envio Substrato/ hospedeiro Origem geográfica Recolhido por Isolado por Método de isolamento Identificado por Depositante Herbário História Nomes prévios

20 Utilização da Base de Dados
Registo de estirpes Conservação Métodos de conservação Novo Gestão dos lotes Saídas Relatórios Relatório de envio Imagem Ficheiro pdf Impressora Ficheiro de imagem Pesquisas Número MUM Nome da espécie ...

21 Consulta externa da Base de Dados
Catálogo electrónico Por nome da espécie Por número da estirpe WDCM (http://wdcm.nig.ac.jp) BioCISE (http://bgbm3.bgbm.fu-berlin.de/biocise)

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23 Guia CABRI para produção de catálogo
Conjunto de dados mínimo (Bactérias e Archaea)

24 Guia CABRI para produção de catálogo
Conjunto de dados mínimo (Fungos)

25 Guia CABRI para produção de catálogo
Padronização dos dados

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