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3091-3862. Sinopse Introdução Estrutura geral de um artigo científico Esboço de um artigo Título, autoria, afiliações, palavras-chave.

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2 Sinopse Introdução Estrutura geral de um artigo científico Esboço de um artigo Título, autoria, afiliações, palavras-chave Resumo Introdução Materiais e Métodos Resultados, Discussões e Conclusões

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4 Escrever: Uma decisão! Escrever um artigo científico é uma tomada de decisão e implica no crescimento do profissional e sua carreira (Secaf, 2001)

5 O profissional não escreve, ou escreve e não divulga seu artigo científico porque seus possíveis erros ou falhas podem ser conhecido pelos demais. Para aprender mais e poder crescer é necessário escrever, mesmo que as imperfeições existam e apareçam, pois só assim nos aperfeiçoamos e nos desenvolvemos (Secaf, 2001)

6 Há uma certa ironia no fato de ensinarmos nossos cientistas a utilizarem instrumentos e técnicas complicadíssimas, muitos dos quais jamais utilizarão em sua vida profissional, e, no entanto não os ensinarmos a escrever. Escrever é o que eles precisarão fazer todos os dias! (Barrass, 1986)

7 É grande o poder das palavras corretamente escolhidas. Não há atalhos para escrever melhor. Aprendemos através da prática, comentários de professores, colegas, revisores e LENDO. (Barrass, 1986)

8 Escrever: Qualidade ou Quantidade?

9 O que você quer dizer? Escreva para pessoas não para máquinas Corte partes do seu trabalho. Isto é particularmente doloroso mas usualmente melhora o resultado Tenha certeza que o trabalho é legível. Alguns trabalhos são rejeitados porque eles são incompreensíveis ou desorganizados e não porque eles não tem nada a dizer. Papers são rejeitados, não você

10 ESCOLHA DO PERIÓDICO Escopo Público-alvo Fator de impacto Periódicos online – acesso irrestrito Cobrança de taxas para publicação

11 AVALIAÇÃO DA PUBLICAÇÃO  Fator de Impacto  (I.S.I. – Institute for Scientific Information) Como encontrar o Índice de Impacto na Internet entrar no site: clicar em: ISI Journal Citation Reports (JCR) clicar em: ISI Journal Citation Reports  Qualidade das revistas: CAPES (Qualis A, B, C) Revistas Nacionais e Internacionais

12 TÍTULO / PALAVRAS-CHAVE / AUTORES-AFILIAÇÕES/ RESUMO INTRODUÇÃO – por quê foi feito o trabalho? MATERIAL ( ou MATERIAIS) E MÉTODOS – como foi feito? RESULTADOS E DISCUSSÕES – o quê foi observado? Por quê? CONCLUSÕES AGRADECIMENTOS / REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS FIGURAS, TABELAS, FOTOGRAFIAS, DESENHOS

13 Proporciona a visualização COMPLETA do artigo

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15 A importância do título reside em propiciar, juntamente com as palavras-chave, a devida INDEXAÇÃO e, assim, uma forma fácil e correta de recuperar a informação desejada.

16 Poucos lêem o artigo inteiro, no entanto, muitos lerão o título e o resumo.

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18 PALAVRAS-CHAVE Keywords: solubilization, micelles, surfactant head group, ibuprofen. Keywords: glucose-6-phosphate dehydrogenase, fed-batch fermentation, recombinant yeast, Saccharomyces cerevisiae.

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20 Quem são os autores? a simples coleta de dados não justifica que os elementos que realizaram apenas isso sejam considerados autores por razões éticas, legais e boas normas de convivência, o ideal é que haja consenso (nem que seja verbal) entre todos os participantes sobre quem serão os autores todos os autores devem ler o artigo a ser publicado Para pensar... Algum participante pode ter contribuído com um reagente muito precioso e querer fazer parte da autoria... Decisão de todos envolvidos! Algum participante pode ter contribuído com uma nova linhagem de célula e querer fazer parte da autoria... Decisão de todos envolvidos! Algum participante pode ter contribuído com uma técnica muito específica e querer fazer parte da autoria... Decisão de todos envolvidos!

21 AUTOR PARA CORESPONDÊNCIA  Geralmente é o docente responsável pelo laboratório de pesquisa  Trabalhos em colaboração - grupo no qual surgiu a proposta  Ás vezes, pós-doutor ou pesquisador colaborador Representa uma referência para o leitor que quiser entrar em contato. É importante que o autor para correspondência não seja “volátil”

22 - Pesquisador - Orientado & Orientador - Orientados & Orientador - Orientados, Colaboradores & Orientador

23 Journal of Neuroimmunology 156 (2004) 146–152 Neutrophils as a specific target for melatonin and kynuramines: effects on cytokine release S.O. Silva a,1, M.R. Rodrigues a,1, V.F. Ximenes a, A.E.B. Bueno-da-Silva b,c, G.P. Amarante-Mendes b,c, A. Campa a,* * Corresponding author. Tel.: ; fax: address: (A. Campa). 1 The contributions of these authors were equal.

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26 RESUMOS

27 Resumos – Redação FONTE: Contexto Declarar proeminência do tópico Familiarizar termos, objetos e processos Citar resultados de pesquisas anteriores Apresentar hipóteses Lacuna Citar problemas/dificuldades Citar necessidades/requisitos Citar a ausência ou falta da pesquisa anterior Propósito Apresentar o propósito principal Detalhar/Especificar o propósito Apresentar mais propósitos Apresentar o propósito com a metodologia Apresentar o propósito com os resultados Metodologia Listar critérios ou condições Citar/Descrever materiais e métodos Justificar a escolha pelos materiais e métodos Resultado Descrever os resultados Indicar os resultados Comentar/Discutir os resultados Conclusão Apresentar conclusões Apresentar contribuições/valor da pesquisa Apresentar recomendações Apresentar lista de tópicos abordados no trabalho

28 Página em construção: está incompleta.

29 CONTEXTO (Porque ?) - informações para a compreensão e entendimento do tópico - afirmações amplamente aceitas sobre a área de trabalho - guiar o leitor em direção ao tópico do estudo.

30 Contexto -> Declarar proeminência do tópico 1)Oxidative injury is implicated in the development of chronic lung disease in infants with respiratory distress.

31 Citar resultados de pesquisas anteriores 1)Recent studies have suggested that antibodies can catalyze the generation of previously unknown oxidants including dihydrogen trioxide (H 2 O 3 ) and ozone (O 3 ) from singlet oxygen ( 1 O * 2 ) and water.

32 Contexto -> Apresentar hipóteses 1)Given that neutrophils have the potential both to produce 1 O * 2 and to bind antibodies, we considered that these cells could be a biological source of O 3.

33 LACUNA (o que falta?) - indicar que há tópico de pesquisa que não foi investigado - tópico não suficientemente desenvolvido - indicar algum tipo de falha em estudos anteriores - preparar o leitor para focalizar o estudo em questão - justifica o estudo em questão.

34 Lacuna -> Citar problemas/dificuldades 1)Experiments in many laboratories have been limited by the availability of the enzyme, and its production required at least a week of work to complete its purification.

35 Lacuna -> Citar necessidades/requisitos 1)To make a colonic delivery system practical for medical use, in vitro testing methods need to be established in order to determine the specifications of the preparations.

36 Lacuna -> Citar a ausência ou falta da pesquisa anterior 1)Although DNA codon optimization is a standard molecular biology strategy to overcome poor gene expression, to date no public software exists to facilitate this process.

37 PROPÓSITO - mostrar o objetivo específico do estudo - anunciá-lo após a lacuna - é a resposta à lacuna - deve ser uma afirmação clara e objetiva.

38 Propósito -> Apresentar o propósito principal 1)The objective in this study was to determine if a simple, fed-batch, process strategy-pulsed addition of limiting-carbon source-could be used to reduce fungal broth viscosity, and increase productivity of an industrially relevant recombinant enzyme (glucoamylase).

39 Propósito -> Apresentar o propósito com a metodologia 1)This paper presents an integrated process for the primary recovery of intracellular glyceraldehyde 3- phosphate dehydrogenase (G 3 PDH) and other proteins from bakers' yeast wherein cell disruption and aqueous two-phase systems (ATPS) were operated simultaneously.

40 METODOLOGIA (como ?) - descrever objetivamente a metodologia empregada - expor de forma concisa o processo de desenvolvimento da pesquisa - expor os métodos, técnicas, etc. envolvidos

41 Estratégia escolhida Metodologia -> Listar condições 1)Starch-processing wastewater was anaerobically treated to produce acetic acid in laboratory-scale, continuously stirred tank reactors.

42 Metodologia -> Citar/Descrever materiais e métodos 2) To determine the effect of pulse-feeding, three additional fermentations were carried out with limiting- carbon added in 90-second pulses, during repeated five-minute cycles.

43 RESULTADOS - não criar suspense sobre os seus resultados - pode-se apresentar na introdução os principais resultados - devem descrever os produtos resultantes do estudo

44 Resultado -> Descrever os resultados 2) A yield of 40 mg/litre/day of a recombinant antibody fragment was obtained with the fermenter, which was 15-fold more than the yield of 2.5 mg/litre/day achieved in shake flasks.

45 Estratégia escolhida Resultado -> Comentar/Discutir os resultados 1)However, the cell debris generated during the integrated process also concentrated in the upper phase which limited the potential application of the system.

46 CONCLUSÃO - situar os resultados específicos dentro de um contexto de pesquisa mais amplo - indicar recomendações, contribuições - expressar o valor/importância do trabalho - indicar benefícios práticos que podem resultar da aplicação dos resultados da pesquisa - enfatizar a importância teórica do estudo no avanço do estado da arte em uma área de pesquisa específica.

47 Conclusão -> Apresentar conclusões 1)We show that the proteases are primarily responsible for the destruction of the bacteria. 2) Extraction of the control enzyme from clarified cell broth indicated that broth components did not significantly interfere with partitioning.

48 Conclusão -> Apresentar contribuições/valor da pesquisa 1)Our results offer an explanation for the conflicting literature reports of the effects of chelating agents and catalase on cysteine oxidation, and emphasize the need for buffer purification or addition of DFO in studies concerned with the oxidation or cytotoxicity of this thiol. 2) This discovery of the production of such a powerful oxidant in a biological context raises questions about not only the capacity of O 3 to kill invading microorganisms but also its role in amplification of the inflammatory response by signaling and gene activation.

49 Conclusão -> Apresentar recomendações 1) This information can be used to improve the efficiency of glucose utilization even further by metabolic engineering strategies that increase carbon flux through the pentose phosphate pathway./

50 Abstracts: exercícios Exercício 1 – solução: 4 – 1 – 3 – – Exercício 2 – solução: 3 – 5 – 8 – – 7 – Exercício 3 – solução: 4 – 5 – 2 – – 7 – 1 - 3

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52 1)O assunto que foi investigado 2)O que se sabe atualmente sobre o assunto (Estado da Arte) 3)O que não se sabe sobre o assunto 4)Os pontos polêmicos do assunto 5)As perguntas que se pretende responder no trabalho

53 Contexto Declarar proeminência do tópico/área Familiarizar termos ou objetos ou processos Revisão da literatura Revisão histórica da área Tendências atuais na área Progresso na área Requisitos para o progresso na área Citações de trabalhos anteriores do autor Lacuna Existência de conflitos ou problemas não resolvidos Restrições em trabalhos anteriores Questões ainda não consideradas INTRODUÇÃO

54 Propósito Apresentar uma nova abordagem Apresentar melhorias/avanços em um tópico da literatura Apresentar uma extensão de um trabalho anterior do autor Apresentar um trabalho comparativo Metodologia Indicar critérios ou condições Descrever materiais e métodos Justificar escolhas por materiais e métodos Resultado Apresentação de resultados Listagem dos resultados Comentários sobre os resultados Justificativa/Valor Valor da pesquisa Estrutura Indicar as seções do artigo Eventualmente podem aparecer na Introdução. Depende dos autores incluírem e das revistas aceitarem.

55  Citar apenas as referências relevantes e necessárias.  Referências estrangeiras/sem significância e redundantes não contribuem para o mérito científico do artigo, somente o tornam mais extenso  Assegure-se de que todas as referências listadas no final do texto foram de fato citadas no trabalho  Confira as datas, autores e fontes das referências  Evite citar referências de difícil acesso (de fontes não publicadas, por exemplo)  Obedecer as normas de citação de cada revista (nome, número, sobrescrito, entre parênteses, etc...)  Ler o manual de instruções – varia de acordo com a revista

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58 Uma boa metodologia mostra domínio e experiência sobre o assunto.

59 Mostrar precisão: especificações, unidades de medida, pureza dos reagentes, evitar nomes comerciais.

60 MATERIAIS E MÉTODOS Materiais Listagem dos materiais utilizados no estudo Detalhamento da Fonte dos materiais utilizados Fornecimento de informações a respeito dos materiais Procedimento Detalhamento dos procedimentos utilizados Fornecimento de justificativa sobre os procedimentos Equipamentos Equipamentos utilizados Análise dos Dados Procedimentos de análise dos dados

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64 Deve-se apresentar os dados representativos da pesquisa e não obrigatoriamente todos os dados!

65 A colocação dos resultados em uma seqüência similar à que foi usada em Materiais e Métodos pode auxiliar seu entendimento.

66 A divisão do assunto, em tópicos, indicados por sub-títulos ajuda muito o leitor a acompanhar a leitura de uma seção que pode, às vezes, ser um pouco árida.

67 A ordem cronológica em que as várias observações foram feitas ou em que os experimentos foram realizados não é mais tão importante. O autor necessita organizar uma seqüência que permita ao leitor acompanhar passo a passo o relato das observações e assimilar os achados de cada etapa.

68 Ter sempre em mente:  incluir apenas tabelas e figuras que sejam necessárias para a compreensão do artigo,  assegure-se de que as tabelas e figuras são claras,  procure utilizar apenas abreviações padrão, símbolos que a revista usualmente emprega,  os mesmos símbolos devem ser usados do princípio ao fim do artigo para indicação de valores ou ocorrências da mesma natureza.

69 lembrando que a maior parte das pessoas examina as figuras sem ler o texto A legenda deve ser completa, clara e concisa.

70 1)Análise e interpretação dos resultados. 2)Comparação com os resultados já publicados na literatura 3)Postular hipóteses, propor explicações 4)Relevância do trabalho para o conhecimento do problema

71 1)Resumo dos resultados (quando estas seções forem separadas) 2)Análise de alguma metodologia 3)Sugestões de como resolver problemas ainda restantes e indicação de futuros trabalhos

72 É permitido apresentar argumentos a favor de uma idéia, assim como argumentos contrários. Naturalmente esta argumentação deve ser SEMPRE baseada nos resultados do próprio artigo e de outros autores.

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74 Evite usar linguagem vaga, sem definir claramente as observações  “After the treatment with ethanol, the erythrocytes morphology was different.  The effect of the solvent on the protein was good.  A clear alteration was observed after the experimental treatment.

75 EXERCÍCIO

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78 Table legend Column Titles Table body Demarcating Lines Footnotes Anatomy of a Table

79 As Figuras e Tabelas devem ser auto-explicativas, ou seja, devem ser corretamente interpretadas sem que seja necessário recorrer ao texto. Baseado nessa hipótese, proponha melhorias no título das tabelas seguintes para que se tornem auto-explicativas.

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81 EQUAÇÕES Geralmente são apresentadas separadamente do texto Devem receber numeração independente Descrever todos os termos presentes na equação Always consult the Journal’s Guide for Authors

82 As conclusões são apresentadas no decorrer da argumentação, assim como podem ser novamente colocadas num item separado de conclusões.

83 A seção Conclusão é a última do texto e dessa forma deve ter a função de finalizar o assunto. A conclusão deve proporcionar um resumo sintético, porém completo, da argumentação. É por isso que se diz que, em certo sentido, a conclusão é uma volta à introdução. Além de desempenhar o papel de fecho de uma demonstração, a conclusão pode – e deve – servir para: abrir novos horizontes, apontar caminhos, despertar novas questões ou dúvidas.

84 Precisas e claras Devem estar “amarradas” com os objetivos Relacionar com os resultados obtidos Ao seu final, evidenciar o que foi conquistado com o estudo Evidenciar a aplicação dos resultados Pode sugerir outros estudos para aquilo que não foi objeto de pesquisa deste artigo Pode incluir recomendações de ordem prática

85 1 a Fase: redação do artigo com escolha da revista e adaptação do artigo às suas normas 2 a Fase: - Preparar carta a ser enviada ao Conselho Editorial: bem redigida, curta, esclarecedora e sem erros......”espero que este artigo lhes pareça excedente”, ao invés de “excelente” - Guardar cópia de tudo: cópia impressa do artigo, carta, comprovante do correio ou e.mail

86 3 a Fase: recebimento dos pareceres emitidos pelos “revisores ou referees” e pelo “editor” com as seguintes possibilidades: aceito sem correções aceito após pequenas (“minor”) correções aceito após muitas (“major”) correções recusado

87 4 a Fase: - se o artigo foi aceito: 1) fazer as correções NO TEXTO sugeridas pelos revisores e que os autores CONCORDAM. Algumas revistas pedem que sejam feitas em cor vermelha para facilitar a checagem. 2) responder a carta comentando TODAS as sugestões dos revisores. Aquelas que foram incluídas no texto deverão ser novamente mencionadas e aquelas que os autores NÃO CONCORDAM devem ser justificadas – COM SEGURANÇA, MAS EDUCADAMENTE... - se o artigo foi recusado: 1) fazer as correções sugeridas pelos revisores e que os autores CONCORDAM. 2) enviar para outra revista – ajustar ao seu formato Etapa Final: - revisão tipográfica – nessa etapa o artigo já saiu da mão dos revisores e já está na gráfica (editora). Não pode ser feita correção de conteúdo. - assinar o “Copyright Transfer Agreement” – de preferência todos os autores

88 EXERCÍCIO: ABSTRACTS 1) Nome ______________________________________ No USP__________ Abaixo está um abstract (apresentado na forma de recortes) de um artigo científico na área das Ciências Farmacêuticas. Monte este abstract e escreva, abaixo, a seqüência correta em que ele deve estar escrito. Resposta: _______________________________________________________________ Pharmaceutical design of a novel colo-targeted delivery system using two-layer-coated tablets of three different pharmaceutical formulations, supported by clinical evidence in humans. However, it is difficult to ensure that an oral preparation disintegrates specifically in the human colon. These facts strongly suggest that this novel delivery system may be useful for the delivery of drugs to the human colon. To make a colonic delivery system practical for medical use, in vitro testing methods need to be established in order to determine the specifications of the preparations. Drug delivery systems to the colon are being actively investigated in order to develop oral preparations of peptides and treat local colonic diseases. To achieve this objective, three pharmaceutical preparations, designed to have different tablet disintegration times, were used to examine three buffers in seven combinations intended to simulate pH changes in the stomach, small intestine, and colon of humans. A three-way crossover trial by scintigraphy revealed that the three formulations---in spite of presenting different in vitro tablet disintegration profiles---have comparable transit profiles and excellent colon-targeting properties in the human gastrointestinal tract regardless of gender and age. To validate the in vitro methodology, furthermore, the fate of all the formulations was examined in the gastrointestinal (GI) tract of healthy volunteers.

89 Overexpression and rapid purification of Escherichia coli formamidopyrimidine- DNA glycosylase 1.Comparative studies showed that the excision of 8-hydroxyguanine, 2,6-diamino-4- hydroxy-5-formamidopyrimidine, and 4,6-diamino-5-formamidopyrimidine, and to a lesser extent, 8-hydroxyadenine was virtually identical for the Fpg purified using this method and for the Fpg purified by the original method. 2.We have devised a new method that decreases the time and expense of purification of Fpg that should render this protein accessible to any laboratory. 3.Formamidopyrimidine DNA glycosylase (Fpg) is a DNA glycosylase with an associated AP lyase activity. 4.Fpg was subcloned into a k PL promoter-containing vector (pRE) and overproduced in the appropriate Escherichia coli host cells to about 25% of the total cellular protein. 5.As a DNA repair enzyme, Fpg excises several modified bases from DNA associated with exposure to oxidizing agents such as free radicals. 6.Therefore, this method should prove useful for a large number of laboratories and further research on oxidative DNA damage. 7.Fpg was purified to homogeneity in a simple two-step procedure with a 50% saving in time when compared to the previously known procedure. 8.Experiments in many laboratories have been limited by the availability of the enzyme, and its production required at least a week of work to complete its purification.

90 Gene expression profiling provides insight into the pathophysiology of chronic granulomatous disease 1.Notably, altered Bcl2-associated X protein synthesis accompanied defective neutrophil apoptosis in XCGD patients. 2.In addition, XCGD patients develop tissue granulomas that obstruct vital organs, the mechanism(s) for which are unknown. 3.We hypothesize that granuloma formation in XCGD patients reflects both increased proinflammatory activity and defective PMN apoptosis, and we conclude that ROS contribute directly or indirectly to the resolution of the inflammatory response by influencing PMN gene transcription. 4.Human polymorphonuclear leukocytes (PMNs or neutrophils) kill invading microorganisms with reactive oxygen species (ROS) and cytotoxic granule components. 5.PMNs from individuals with X-linked chronic granulomatous disease (XCGD) do not produce ROS, thereby rendering these individuals more susceptible to infection. 6.Genes encoding mediators of inflammation and host defense, including CD11c, CD14, CD54, FcR1, FcR, CD120b, TLR5, IL-4R, CCR1, p47phox, p40phox, IL-8, CXCL1, Nramp1, and calgranulins A and B, were up-regulated constitutively in unstimulated XCGD patient PMNs. 7.By comparing transcript levels in normal and XCGD PMNs after phagocytosis, we discovered 206 genes whose expression changed in the presence and the absence of ROS, respectively. 8.To gain insight into the molecular processes that contribute to the pathophysiology of XCGD, including formation of granulomas, we compared global gene expression in PMNs from XCGD patients and healthy control individuals.

91 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS Seguir orientações da revista na qual o artigo será submetido.

92 Exercício 1)Você considera que a estrutura do artigo está suficientemente clara? 2) Em quais seções dos artigos estão apresentados os objetivos? Aponte-os. 3) Qual a justificativa para a realização deste trabalho científico?


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