BANCO DE IMAGENS DO SER HUMANO VISÍVEL SÍTIO ESPELHO DE MILÃO®

Apresentação em tema: "BANCO DE IMAGENS DO SER HUMANO VISÍVEL SÍTIO ESPELHO DE MILÃO®"— Transcrição da apresentação:

1 BANCO DE IMAGENS DO SER HUMANO VISÍVEL SÍTIO ESPELHO DE MILÃO®
L.Guglielmi - F.Pinciroli vhd-mms/tutorial/base/intro-copertina

2 Projeto Ser Humano Visível a idéia...
VHD-MMS - L.Guglielmi, F.Pinciroli vhd-mms/tutorial/base/ Projeto Ser Humano Visível a idéia... A National Library of Medicine, depois de um longo trabalho, inseriu no seu plano de metas o seguinte item: (a NLM deve)..”investigar de maneira completa e sistemática os requisitos técnicos e práticos para instituir uma biblioteca de imagens biomédicas”. vhd-mms/tutorial/base/intro-1.1-1/2 All rights reserved

3 Projeto Ser Humano Visível a idéia...
VHD-MMS - L.Guglielmi, F.Pinciroli vhd-mms/tutorial/base/ Projeto Ser Humano Visível a idéia... Durante uma reunião sobre imagens anatômicas em 3D, que ocorreu no Lister Hill National Center for Biomedical Communications da NLM, os participantes recomendaram à NLM que contribuísse concretamente para o progresso dessa área de aplicação, investindo diretamente no desenvolvimento de um banco de imagens do corpo inteiro de um homem e de uma mulher. vhd-mms/tutorial/base/intro-1.1-2/2 All rights reserved

4 Projeto Ser Humano Visível a evolução...
VHD-MMS - L.Guglielmi, F.Pinciroli vhd-mms/tutorial/base/ Projeto Ser Humano Visível a evolução... O comitê de diretores da NLM começou a estudar a idéia e a avaliar o papel da NLM nessa área, tão variável, de imagens eletrônicas. 1990, Abril - O mesmo comitê aprova um relatório que diz literalmente : (A)”NLM deve empreender um primeiro projeto, construindo uma biblioteca de imagens digitais com dados volumétricos que representem um homem e uma mulher completos”. vhd-mms/tutorial/base/intro-1.2 All rights reserved

5 Projeto Ser Humano Visível o anúncio...
A NLM fez uma acordo com alguns médicos da Universidade do Colorado com o objetivo de obter um bom cadáver para adquirir as imagens necessárias para o projeto. 1994, 28 de Novembro - A NLM anuncia que já disponibiliza um banco de imagens anatômicas digitais de um homem completo. vhd-mms/tutorial/base/intro-1.3

6 Projeto Ser Humano Visível Aquisição das imagens CT e MR
Já que estudos pilotos haviam confirmado que as imagens CT e MR podem sofrer degradação devido às condições de congelamento, as imagens foram obtidas, quando possível, antes dos corpos serem congelados. Aquisição de imagens MR no Hospital da Universidade do Colorado (a casuística masculina) formato: Matriz General Electric Genesis 256x256x16-bit início da operação: 18 horas após a morte fim da operação: horas após a morte armazenamento: via ethernet para a Faculdade de Medicina da Universidade do Colorado, e dali diretamente para cartuchos DAT de 4mm. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.1-1/3

7 Projeto Ser Humano Visível Aquisição de imagens CT e MR
A aquisição de imagens CT necessita da imobilização do cadáver com um material plástico que mantém sua forma. Aquisição de imagens CT no Hospital da Universidade do Colorado (a casuística masculina) dimensões dos passos: 1/3/5-mm início da operação: 22.5 horas após a morte fim da operação: 25.5 horas após a morte vhd-mms/tutorial/base/intro-2.1-2/3

8 Projeto Ser Humano Visível Aquisição de imagens CT e MR
Homem Congelamento do cadáver início da operação: 26 horas após a morte colocado em uma câmara especial de congelamento até 15 de outubro de 1993. removido para outra câmara de congelamento à temperatura constante de -7°C Aquisição das imagens CT congeladas espaçamento de 1mm primeira etapa: (da cabeça até a panturilha) 29 de agosto de 1993. Segunda etapa: (da panturilha até os dedos dos pés) 14 de outubro de 1993. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.1-3/3

9 Projeto Ser Humano Visível Técnica de Fotografia
Todas as fatias foram fotografadas em vermelho, verde e azul (RGB). Todas as fotos nas três tonalidades (juntas formando um versão totalmente colorida) foram armazenadas no formato TIFF 2048x2048x14-bit (“imagens originais”). vhd-mms/tutorial/base/intro-2.2

10 Projeto Ser Humano Visível A escolha do homem
A busca pelos cadáveres Firmado um consórcio com os SABs (State Anatomical Board) do Colorado, Texas e Maryland. Os corpos humanos disponíveis para pesquisa e ensino de medicina são obtidos, na maioria dos estados americanos, por doação dos cidadãos para o SAB. Inventário do maior número possível de cadáveres, divididos por sexo e por um processo de seleção no qual foram revisados os registros médicos de todos os candidatos. Escolha final do cadáver vhd-mms/tutorial/base/intro-2.3-1/5

11 Projeto Ser Humano Visível A escolha do homem
Condições do cadáver morto às 0h31min de 5 de agosto de (por uma injeção letal ordenada pela Corte Suprema do Texas, Departamento de Correções de Huntsville) o corpo chegou ao SAB do Texas aproximadamente 1.5 horas depois da morte testes finais (exames prévios mostraram a “normalidade” do candidato; somente uma apendicectomia aos 21 anos e a retirada do testículo esquerdo aos 15 anos; o dente 14 foi extraído aos 38 anos) o corpo chegou ao SAB do Colorado aproximadamente 8 horas após a morte depois de 12.5 horas da morte foram obtidas 15 radiografias que depois foram digitalizadas. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.3-2/5

12 Projeto Ser Humano Visível A escolha final do homem
2 de Setembro de 1993 A Comissão de Seleção do Projeto Ser Humano Visível da NLM, composta por anatomistas e radiologistas, discutiu sobre as imagens CT e MR de dois cadáveres anônimos. A Comissão decidiu, por unanimidade, que o cadáver número 6022 seria o Homem Visível. E isso deu início aos procedimentos técnicos necessários para a secção do cadáver e a aquisição das imagens. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.3-3/5

13 Projeto Ser Humano Visível A escolha da mulher Características
Morte: setembro de 1993 Causa: falência cardio-pulmonar Ocupação: dona de casa Etnia: caucasiana Idade: 58 anos vhd-mms/tutorial/base/intro-2.3-4/5

14 Projeto Ser Humano Visível A escolha da mulher Condições gerais
Nenhuma fratura ou sub-luxação Mineralização óssea normal Variações degenerativas bilaterais nos níveis L4-5 e L5-S1 Variações degenerativas mínimas no nível cervical Os pés estavam contraídos, mas não mostravam anormalidades Os ventrículos possuíam dimensões normais vhd-mms/tutorial/base/intro-2.3-5/5

15 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver
Homem O sistema de corte foi desenvolvido no Departamento de Anatomia da Faculdade de Medicina da Universidade do Colorado O aparelho consistia de um dispositivo de corte cujos controles eram automatizados e permitiam manter a precisão mesmo sob congelamento intenso. Lâminas: discos de 14 polegadas de diamêtro 20 dentes especialmente duros montados ao redor da lâmina velocidade de rotação: 300 rpm Foi dividido com sucesso em blocos de tecido de 0,1 mm de espessura. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.4-1/5

16 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver
Homem Em 20 de janeiro de 1994, o cadáver foi transferido de uma câmara portátil mantida a -7°C para uma câmara de congelamento a -70°C. Depois de 2 dias, o cadáver foi removido da câmara de congelamento. Em 24 de janeiro de 1994, o cadáver congelado, foi imobilizado em um molde Alpha Cradle, posicionado e fixado à cama de uma serra. Os 4 blocos iniciais obtidos consistiam de: pernas, tornozelos e pés coxas e joelhos abdome e pelve cabeça, pescoço e tórax A perda total foi de aproximadamente 1.5 mm vhd-mms/tutorial/base/intro-2.4-2/5

17 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver
Homem Cada bloco foi embebido em um meio adequado, que depois de congelado permitiria estabilidade para o processo de corte. Depois da gelatina sólida, o molde contendo o cadáver congelado foi transferido para um ultra-freezer(-85°C) por pelo menos 12 horas. O molde foi então removido e parcialmente desmontado. A seguir, o molde foi remontado com outra camada de gelatina. Após a solidificação desta, o molde foi novamente transferido para o ultra-frezer para completar o congelamento e o armazenamento. Operação de corte início: 17 de fevereiro de 1994 fim: 19 de maio de 1994 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.4-3/5

18 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver
Mulher O banco de imagens da mulher, ao contrário do homem, foi seccionado de maneira diferente, na direção Z. etapa de secção da mulher = 0,33mm etapa de secção do homem = 1mm vvhd-mms/tutorial/base/intro-2.4-4/5

19 Projeto ser Humano Visível Secção do cadáver
Mulher Os 4 blocos iniciais obtidos consistiam em: 1o cabeça, pescoço e tórax 2o abdome e pelve 3o coxas e joelhos 4o pernas, tornozelos e pés vhd-mms/tutorial/base/intro-2.4-5/5

20 Projeto Ser Humano Visível Alinhamento das imagens CT/MR coloridas
VHD-MMS - L.Guglielmi, F.Pinciroli vhd-mms/tutorial/base/ Projeto Ser Humano Visível Alinhamento das imagens CT/MR coloridas Cada imagem colorida individual, CT e MR, foi analisada de modo a verificar a relação entre cada uma delas e estabelecer o alinhamento anatômico (O número de imagens não é o mesmo para as três cores, algumas foram perdidas no corte) As fatias CT e anatômicas foram renumeradas para refletir a correspondência, começando em e seguindo até As imagens MR foram renumeradas para refletir alguma correspondência anatômica com as fatias CT e anatômicas. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.5 All rights reserved

21 Projeto Ser Humano Visível Processamento digital das imagens
Homem Todas as imagens digitais foram reduzidas de 42 bits (14 de vermelho, verde e azul) para 24 bits por compressão independente e logarítmica de cada 14 bits em canais de 8 bits. As imagens foram organizadas na dimensão anteroposterior e reduzidas de para pixels. vhd-mms/tutorial/base/intro-2.6.1

22 Projeto Ser Humano Visível Formato dos Dados
Homem Colorido: arquivos no formato de 24 bits (originais) CT: formato General Electric Genesis Fresco Congelado MR: formato General Electric Genesis vhd-mms/tutorial/base/intro-2.6.2

23 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Imagens
Homem Imagens MRI: axial da cabeça e pescoço com espaçamento de 4mm coronal do corpo com espaçamento de 4mm 256x256 pixels (12 bits de cinza por pixel) Formato General Electric Imagens CT: axial com espaçamento de 1mm 512x512 pixel (12 bits de cinza por pixel) vhd-mms/tutorial/base/intro /5

24 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Imagens
Homem Imagens coloridas: axiais (alinhadas com as imagens CT) espaçamento 1mm para o homem espaçamento de 0,33mm para a mulher (mais de imagens somente para as anatômicas) 2048x1216 pixel (24 bits de cor por pixel) Formato “original” , comprimido em UNIX (ex.: xxx.raw.Z) vhd-mms/tutorial/base/intro /5

25 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.6.3-3/5
Mulher Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Imagens Coloridas Resolução: voxel 0,33mm (mesmo espaçamento nas três dimensões) Formato Fotográfico: TIFF (com 14 bits significativos por canal RGB) Formato das Imagens: formato “original” de 24 bits (8 bits por canal RGB) vhd-mms/tutorial/base/intro /5

26 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Características
Mulher Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Características Imagens coloridas: Bloco 1 (cabeça, pescoço, tórax) x2048x14 bit x RGB, formato TIFF Blocos 2,3,4 (os outros) x1280x14 bit RGB, formato TIFF Exceto as primeiras 34 imagens do bloco 2 (abdome e pelve) x1280x14bit RGB, formato TIFF vhd-mms/tutorial/base/intro /5

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Mulher Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Imagens MRI, CT e Raio-X MRI: formato General Electric Genesis x256x16 bits CT: formato General Electric Genesis espaçamento de 1mm Raio-X: formato TIFF vhd-mms/tutorial/base/intro /5

28 Projeto Ser Humano Visível Dimensões do Banco de Imagens
Homem: aproximadamente 15 GigaBytes Mulher: aproximadamente 40 GigaBytes vhd-mms/tutorial/base/intro-2.6.4

29 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem colorida
Homem vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.1

30 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.2
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem (CT) do cadáver fresco Homem vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.2

31 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.3
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem CT do cadáver congelado Homem vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.3

32 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem MRI
Homem vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.4

33 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.5
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de visualização do aplicativo vhd-mms/tutorial/base/intro-2.7.5

34 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Acesso ao Banco de Imagens
Diretamente da National Library of Medicine ( Via Internet por FTP Aquisição de cassetes (4mm ou8mm) vhd-mms/tutorial/base/intro-3.1

35 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Acesso Administrativo
Diretamente da National Library of Medicine ( Assinatura da Licença diretamente com a National Library of Medicine recebimento de um nome de usuário e de senha para o acesso ao banco de imagens via FTP no servidor da NLM (acesso gratuito) (contato gratuito para download) envio dos cassetes com o banco de imagens (por solicitação explícita) (gastos somentes com a postagem e o suporte de hardware) vhd-mms/tutorial/base/intro-3.2

36 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.1
Banco de Imagens do Ser Humano Visível - Sítio Espelho de Milão® Motivações Solucionar problemas dos usuários europeus que baixavam os arquivos diretamente da NLM e encontravam dificuldades na conexão. Oferecer um serviço de repositório para todos os aplicativos usados no Projeto Ser Humano Visível. Oferecer aos usuários uma interface simples, potente e rápida para encontrar aquilo que eles precisam. Estabelecer um ponto de referência europeu para o Projeto Ser Humano Visível da NLM. Estabelecer um ponto de referência e desenvolvimento para aplicativos baseados no Projeto Ser Humano Visível. vhd-mms/tutorial/base/intro-4.1

37 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.2
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Objetivos Cópia oficial para a Europa Continental do banco de imagens dos servidores da NLM. Banco de Imagens do Homem: aproximadamente 15 GigaBytes Banco de Imagens da Mulher: aproximadamente 40 GigaBytes Armazenamento do banco de imagens inteiro em discos RAID (aproximadamente 60 GigaBytes!) para download on-line Interface Web para as imagens, download via FTP Referência Européia e serviço de ajuda para quem necessita de informação sobre o Projeto Ser Humano Visível. vhd-mms/tutorial/base/intro-4.2

38 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.3-1/2
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Promoção Acordo entre o Politécnico de Milão (Departamento de Bioengenharia) e CILEA (Consortium of the Italian NorthWest Universities) para a criação e manutenção do sítio espelho da Europa Continental. vhd-mms/tutorial/base/intro-4.3-1/2

39 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.3-2/2
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Patrocinadores Patrocínio para manter o sítio do Projeto Ser Humano Visível - Espelho de Milão com um serviço da mais alta qualidade: vhd-mms/tutorial/base/intro-4.3-2/2

40 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.1
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho Milão® Informações Técnicas Disponível on-line 365 dias/ano para todas as imagens, armazenamento em discos SCSI com tecnologia RAID (60Gb) Interface Web também para download via FTP Excelente rede de acesso para usuários europeus e italianos nodo GARR (Rede Acadêmica Italiana) próximo ao gateway entre GARR ISPs comerciais próximo ao principal ponto gateway italiano de ISPs comerciais vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.1

41 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.2
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Hardware/Software HP Netserver LX PRO Bi-processador Pentium 200 9 discos RAID, cada um com 9Gb Servidor Aberto SCO UNIX Servidor Netscape Web Fasttrack vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.2

42 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.3
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Conexão à Internet >8Mb/s Internet MIX NSP #n NSP #n NSP #n > 34Mb/s 2Mb/s NAP #n NAP CILEA 512Kb/s GARR VHD-MMS 2Mb/s vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.3

43 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.4
Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Sítio Web vhd-mms/tutorial/base/intro-4.4.4

44 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.5.1
Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Sistema de ajuda contínua e qualificada Coordenador Prof. Francesco Pinciroli Tel. (39) (2) Diretor Técnico Dott. Luciano Guglielmi Tel. (39) (2) Informações: vhd-mms/tutorial/base/intro-4.5.1

45 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.5.2
Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Acesso contínuo aos dados via FTP, utilizando também a interface Web vhd-mms/tutorial/base/intro-4.5.2

46 Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ®
Reunir os produtos baseados no Banco de Imagens do Ser Humano Visível Construir uma coleção de produtos baseados no Projeto Ser Humano Visível na Biblioteca do Depto. de Bioengenharia do Politécnico de Milão, fazendo-os disponíveis no mercado. O acesso ao repositório de perguntas sobre disponibilidade e intenções de empréstimo, estará pronto assim que possível. vhd-mms/tutorial/base/intro

47 Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão®
Disponível no Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão® Sítio Web em todas as línguas da Europa vhd-mms/tutorial/base/intro

48 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.5.3.3
Serviços oferecidos pelo Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão® Espaço em disco disponível para armazenamento e distribuição via internet e qualquer tipo de aplicativos construídos que utilizem o Banco de Imagens do Ser Humano Visível (especialmente aqueles construídos por indivíduos ou grupos originários da Europa continental) Disponibilidade confirmada Esperando requisições... vhd-mms/tutorial/base/intro

49 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ®
Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão® Contribuição logística e financeira Contribuições, logísticas ou financeiras, com o objetivo de promover PhD científicos e trabalhos universitários, baseados no uso deste banco de imagens e sua otimização são oferecidos pelo Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® vhd-mms/tutorial/base/intro

50 Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão®
”Ajude-nos a serví-lo melhor…” Linha direta com os usuários para receber: Recomendações Observações Críticas Sugestões Elogios vhd-mms/tutorial/base/intro