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Vhd-mms/tutorial/base/intro- copertina L.Guglielmi - F.Pinciroli B ANCO DE I MAGENS DO S ER H UMANO V ISÍVEL S ÍTIO E SPELHO DE M ILÃO ®

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Apresentação em tema: "Vhd-mms/tutorial/base/intro- copertina L.Guglielmi - F.Pinciroli B ANCO DE I MAGENS DO S ER H UMANO V ISÍVEL S ÍTIO E SPELHO DE M ILÃO ®"— Transcrição da apresentação:

1 vhd-mms/tutorial/base/intro- copertina L.Guglielmi - F.Pinciroli B ANCO DE I MAGENS DO S ER H UMANO V ISÍVEL S ÍTIO E SPELHO DE M ILÃO ®

2 vhd-mms/tutorial/base/intro /2 Projeto Ser Humano Visível a idéia... z A National Library of Medicine, depois de um longo trabalho, inseriu no seu plano de metas o seguinte item: (a NLM deve)..”investigar de maneira completa e sistemática os requisitos técnicos e práticos para instituir uma biblioteca de imagens biomédicas”.

3 vhd-mms/tutorial/base/intro /2 Projeto Ser Humano Visível a idéia... z Durante uma reunião sobre imagens anatômicas em 3D, que ocorreu no Lister Hill National Center for Biomedical Communications da NLM, os participantes recomendaram à NLM que contribuísse concretamente para o progresso dessa área de aplicação, investindo diretamente no desenvolvimento de um banco de imagens do corpo inteiro de um homem e de uma mulher.

4 vhd-mms/tutorial/base/intro-1.2 Projeto Ser Humano Visível a evolução... z O comitê de diretores da NLM começou a estudar a idéia e a avaliar o papel da NLM nessa área, tão variável, de imagens eletrônicas. z 1990, Abril - O mesmo comitê aprova um relatório que diz literalmente : (A)”NLM deve empreender um primeiro projeto, construindo uma biblioteca de imagens digitais com dados volumétricos que representem um homem e uma mulher completos”.

5 vhd-mms/tutorial/base/intro-1.3 Projeto Ser Humano Visível o anúncio... z A NLM fez uma acordo com alguns médicos da Universidade do Colorado com o objetivo de obter um bom cadáver para adquirir as imagens necessárias para o projeto. z 1994, 28 de Novembro - A NLM anuncia que já disponibiliza um banco de imagens anatômicas digitais de um homem completo.

6 vhd-mms/tutorial/base/intro /3 Projeto Ser Humano Visível Aquisição das imagens CT e MR z Já que estudos pilotos haviam confirmado que as imagens CT e MR podem sofrer degradação devido às condições de congelamento, as imagens foram obtidas, quando possível, antes dos corpos serem congelados. z Aquisição de imagens MR no Hospital da Universidade do Colorado (a casuística masculina) xformato: Matriz General Electric Genesis 256x256x16-bit xinício da operação: 18 horas após a morte xfim da operação: horas após a morte xarmazenamento: via ethernet para a Faculdade de Medicina da Universidade do Colorado, e dali diretamente para cartuchos DAT de 4mm.

7 vhd-mms/tutorial/base/intro /3 Projeto Ser Humano Visível Aquisição de imagens CT e MR z A aquisição de imagens CT necessita da imobilização do cadáver com um material plástico que mantém sua forma. yAquisição de imagens CT no Hospital da Universidade do Colorado (a casuística masculina) x dimensões dos passos: 1/3/5-mm x início da operação: 22.5 horas após a morte x fim da operação: 25.5 horas após a morte

8 vhd-mms/tutorial/base/intro /3 Projeto Ser Humano Visível Aquisição de imagens CT e MR z Congelamento do cadáver yinício da operação: 26 horas após a morte ycolocado em uma câmara especial de congelamento até 15 de outubro de yremovido para outra câmara de congelamento à temperatura constante de -7°C z Aquisição das imagens CT congeladas y espaçamento de 1mm y primeira etapa: (da cabeça até a panturilha) 29 de agosto de y Segunda etapa: (da panturilha até os dedos dos pés) 14 de outubro de Homem

9 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.2 Projeto Ser Humano Visível Técnica de Fotografia zTodas as fatias foram fotografadas em vermelho, verde e azul (RGB). zTodas as fotos nas três tonalidades (juntas formando um versão totalmente colorida) foram armazenadas no formato TIFF 2048x2048x14-bit (“imagens originais”).

10 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível A escolha do homem z A busca pelos cadáveres yFirmado um consórcio com os SABs (State Anatomical Board) do Colorado, Texas e Maryland. Os corpos humanos disponíveis para pesquisa e ensino de medicina são obtidos, na maioria dos estados americanos, por doação dos cidadãos para o SAB. yInventário do maior número possível de cadáveres, divididos por sexo e por um processo de seleção no qual foram revisados os registros médicos de todos os candidatos. yEscolha final do cadáver

11 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível A escolha do homem z Condições do cadáver ymorto às 0h31min de 5 de agosto de 1993 (por uma injeção letal ordenada pela Corte Suprema do Texas, Departamento de Correções de Huntsville) yo corpo chegou ao SAB do Texas aproximadamente 1.5 horas depois da morte ytestes finais (exames prévios mostraram a “normalidade” do candidato; somente uma apendicectomia aos 21 anos e a retirada do testículo esquerdo aos 15 anos; o dente 14 foi extraído aos 38 anos) yo corpo chegou ao SAB do Colorado aproximadamente 8 horas após a morte ydepois de 12.5 horas da morte foram obtidas 15 radiografias que depois foram digitalizadas.

12 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível A escolha final do homem z2 de Setembro de 1993 A Comissão de Seleção do Projeto Ser Humano Visível da NLM, composta por anatomistas e radiologistas, discutiu sobre as imagens CT e MR de dois cadáveres anônimos. A Comissão decidiu, por unanimidade, que o cadáver número 6022 seria o Homem Visível. E isso deu início aos procedimentos técnicos necessários para a secção do cadáver e a aquisição das imagens.

13 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível A escolha da mulher Características zMorte: setembro de 1993 zCausa: falência cardio-pulmonar zOcupação: dona de casa zEtnia: caucasiana zIdade: 58 anos

14 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível A escolha da mulher Condições gerais zNenhuma fratura ou sub-luxação zMineralização óssea normal zVariações degenerativas bilaterais nos níveis L4-5 e L5-S1 zVariações degenerativas mínimas no nível cervical zOs pés estavam contraídos, mas não mostravam anormalidades zOs ventrículos possuíam dimensões normais

15 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver zO sistema de corte foi desenvolvido no Departamento de Anatomia da Faculdade de Medicina da Universidade do Colorado yO aparelho consistia de um dispositivo de corte cujos controles eram automatizados e permitiam manter a precisão mesmo sob congelamento intenso. yLâminas: xdiscos de 14 polegadas de diamêtro x20 dentes especialmente duros montados ao redor da lâmina xvelocidade de rotação: 300 rpm xFoi dividido com sucesso em blocos de tecido de 0,1 mm de espessura. Homem

16 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver zEm 20 de janeiro de 1994, o cadáver foi transferido de uma câmara portátil mantida a -7°C para uma câmara de congelamento a -70°C. Depois de 2 dias, o cadáver foi removido da câmara de congelamento. zEm 24 de janeiro de 1994, o cadáver congelado, foi imobilizado em um molde Alpha Cradle, posicionado e fixado à cama de uma serra. yOs 4 blocos iniciais obtidos consistiam de: xpernas, tornozelos e pés xcoxas e joelhos xabdome e pelve xcabeça, pescoço e tórax yA perda total foi de aproximadamente 1.5 mm Homem

17 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver zCada bloco foi embebido em um meio adequado, que depois de congelado permitiria estabilidade para o processo de corte. zDepois da gelatina sólida, o molde contendo o cadáver congelado foi transferido para um ultra-freezer(-85°C) por pelo menos 12 horas. O molde foi então removido e parcialmente desmontado. A seguir, o molde foi remontado com outra camada de gelatina. Após a solidificação desta, o molde foi novamente transferido para o ultra-frezer para completar o congelamento e o armazenamento. zOperação de corte yinício: 17 de fevereiro de 1994 yfim: 19 de maio de 1994 Homem

18 vvhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Secção do cadáver zO banco de imagens da mulher, ao contrário do homem, foi seccionado de maneira diferente, na direção Z. yetapa de secção da mulher = 0,33mm yetapa de secção do homem = 1mm Mulher

19 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto ser Humano Visível Secção do cadáver zOs 4 blocos iniciais obtidos consistiam em: y1 o cabeça, pescoço e tórax y2 o abdome e pelve y3 o coxas e joelhos y4 o pernas, tornozelos e pés Mulher

20 vhd-mms/tutorial/base/intro-2.5 Projeto Ser Humano Visível Alinhamento das imagens CT/MR coloridas zCada imagem colorida individual, CT e MR, foi analisada de modo a verificar a relação entre cada uma delas e estabelecer o alinhamento anatômico (O número de imagens não é o mesmo para as três cores, algumas foram perdidas no corte) zAs fatias CT e anatômicas foram renumeradas para refletir a correspondência, começando em e seguindo até As imagens MR foram renumeradas para refletir alguma correspondência anatômica com as fatias CT e anatômicas.

21 vhd-mms/tutorial/base/intro Projeto Ser Humano Visível Processamento digital das imagens zTodas as imagens digitais foram reduzidas de 42 bits (14 de vermelho, verde e azul) para 24 bits por compressão independente e logarítmica de cada 14 bits em canais de 8 bits. zAs imagens foram organizadas na dimensão anteroposterior e reduzidas de para pixels. Homem

22 vhd-mms/tutorial/base/intro Projeto Ser Humano Visível Formato dos Dados zColorido: arquivos no formato de 24 bits (originais) zCT: formato General Electric Genesis yFresco yCongelado zMR: formato General Electric Genesis Homem

23 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Imagens z Imagens MRI: y axial da cabeça e pescoço com espaçamento de 4mm y coronal do corpo com espaçamento de 4mm y 256x256 pixels (12 bits de cinza por pixel) y Formato General Electric zImagens CT: y axial com espaçamento de 1mm y 512x512 pixel (12 bits de cinza por pixel) y Formato General Electric Homem

24 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Imagens z Imagens coloridas: y axiais (alinhadas com as imagens CT) xespaçamento 1mm para o homem xespaçamento de 0,33mm para a mulher (mais de imagens somente para as anatômicas) y 2048x1216 pixel (24 bits de cor por pixel) y Formato “original”, comprimido em UNIX (ex.: xxx.raw.Z) Homem

25 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Imagens Coloridas zResolução: voxel 0,33mm (mesmo espaçamento nas três dimensões) zFormato Fotográfico: TIFF (com 14 bits significativos por canal RGB) zFormato das Imagens: formato “original” de 24 bits (8 bits por canal RGB) Mulher

26 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Características zImagens coloridas: yBloco 1 (cabeça, pescoço, tórax) 2048x2048x14 bit x RGB, formato TIFF yBlocos 2,3,4 (os outros) 2048x1280x14 bit RGB, formato TIFF yExceto as primeiras 34 imagens do bloco 2 (abdome e pelve) 1760x1280x14bit RGB, formato TIFF Mulher

27 vhd-mms/tutorial/base/intro /5 Projeto Ser Humano Visível Conteúdo do Banco de Dados Imagens MRI, CT e Raio-X zMRI: formato General Electric Genesis 256x256x16 bits zCT: formato General Electric Genesis espaçamento de 1mm zRaio-X: formato TIFF Mulher

28 vhd-mms/tutorial/base/intro Projeto Ser Humano Visível Dimensões do Banco de Imagens z Homem: aproximadamente 15 GigaBytes z Mulher: aproximadamente 40 GigaBytes

29 vhd-mms/tutorial/base/intro Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem colorida Homem

30 vhd-mms/tutorial/base/intro Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem (CT) do cadáver fresco Homem

31 vhd-mms/tutorial/base/intro Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem CT do cadáver congelado Homem

32 vhd-mms/tutorial/base/intro Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de imagem MRI Homem

33 vhd-mms/tutorial/base/intro Banco de Imagens do Ser Humano Visível Exemplo de visualização do aplicativo

34 vhd-mms/tutorial/base/intro-3.1 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Acesso ao Banco de Imagens z Via Internet por FTP z Aquisição de cassetes (4mm ou8mm) Diretamente da National Library of Medicine (http://www.nlm.nih.gov/visible/visible_human.html)http://www.nlm.nih.gov/visible/visible_human.html

35 vhd-mms/tutorial/base/intro-3.2 Banco de Imagens do Ser Humano Visível Acesso Administrativo zAssinatura da Licença diretamente com a National Library of Medicine National Library of Medicine yrecebimento de um nome de usuário e de senha para o acesso ao banco de imagens via FTP no servidor da NLM (acesso gratuito) (contato gratuito para download) (contato gratuito para download) yenvio dos cassetes com o banco de imagens (por solicitação explícita) (gastos somentes com a postagem e o suporte de hardware) Diretamente da National Library of Medicine (http://www.nlm.nih.gov/visible/visible_human.html)http://www.nlm.nih.gov/visible/visible_human.html

36 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.1 B anco de I magens do S er H umano V isível - S ítio E spelho de M ilão ® Motivações zSolucionar problemas dos usuários europeus que baixavam os arquivos diretamente da NLM e encontravam dificuldades na conexão. zOferecer um serviço de repositório para todos os aplicativos usados no Projeto Ser Humano Visível. zOferecer aos usuários uma interface simples, potente e rápida para encontrar aquilo que eles precisam. zEstabelecer um ponto de referência europeu para o Projeto Ser Humano Visível da NLM. zEstabelecer um ponto de referência e desenvolvimento para aplicativos baseados no Projeto Ser Humano Visível.

37 vhd-mms/tutorial/base/intro-4.2 zCópia oficial para a Europa Continental do banco de imagens dos servidores da NLM. yBanco de Imagens do Homem: aproximadamente 15 GigaBytes yBanco de Imagens da Mulher: aproximadamente 40 GigaBytes zArmazenamento do banco de imagens inteiro em discos RAID (aproximadamente 60 GigaBytes!) para download on- line zInterface Web para as imagens, download via FTP zReferência Européia e serviço de ajuda para quem necessita de informação sobre o Projeto Ser Humano Visível. B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Objetivos

38 vhd-mms/tutorial/base/intro /2 zAcordo entre o Politécnico de Milão (Departamento de Bioengenharia) e CILEA (Consortium of the Italian NorthWest Universities) para a criação e manutenção do sítio espelho da Europa Continental. B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Promoção

39 vhd-mms/tutorial/base/intro /2 zPatrocínio para manter o sítio do Projeto Ser Humano Visível - Espelho de Milão com um serviço da mais alta qualidade: B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Patrocinadores

40 vhd-mms/tutorial/base/intro zDisponível on-line 365 dias/ano para todas as imagens, armazenamento em discos SCSI com tecnologia RAID (60Gb) zInterface Web também para download via FTP zExcelente rede de acesso para usuários europeus e italianos ynodo GARR (Rede Acadêmica Italiana) ypróximo ao gateway entre GARR ISPs comerciais ypróximo ao principal ponto gateway italiano de ISPs comerciais B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho M ilão ® Informações Técnicas

41 vhd-mms/tutorial/base/intro HP Netserver LX PRO Bi-processador Pentium discos RAID, cada um com 9Gb Servidor Aberto SCO UNIX Servidor Netscape Web Fasttrack B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Hardware/Software

42 vhd-mms/tutorial/base/intro Internet VHD-MMS  GARR NAP #n 2Mb/s 512Kb/s NSP #n NAP CILEA MIX NSP #n > 34Mb/s >8Mb/s 2Mb/s B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Conexão à Internet

43 vhd-mms/tutorial/base/intro B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Sítio Web

44 vhd-mms/tutorial/base/intro zCoordenador Prof. Francesco Pinciroli Tel. (39) (2) z Diretor Técnico Dott. Luciano Guglielmi Tel. (39) (2) Informações: Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Sistema de ajuda contínua e qualificada

45 vhd-mms/tutorial/base/intro FTP Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Acesso contínuo aos dados via FTP, utilizando também a interface Web

46 vhd-mms/tutorial/base/intro Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Reunir os produtos baseados no Banco de Imagens do Ser Humano Visível Construir uma coleção de produtos baseados no Projeto Ser Humano Visível na Biblioteca do Depto. de Bioengenharia do Politécnico de Milão, fazendo-os disponíveis no mercado. O acesso ao repositório de perguntas sobre disponibilidade e intenções de empréstimo, estará pronto assim que possível.

47 vhd-mms/tutorial/base/intro Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Disponível no B anco de I magens do S er H umano V isível S ítio E spelho de M ilão ® Sítio Web em todas as línguas da Europa

48 vhd-mms/tutorial/base/intro Serviços oferecidos pelo Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Espaço em disco disponível para armazenamento e distribuição via internet e qualquer tipo de aplicativos construídos que utilizem o Banco de Imagens do Ser Humano Visível (especialmente aqueles construídos por indivíduos ou grupos originários da Europa continental) zDisponibilidade confirmada zEsperando requisições...

49 vhd-mms/tutorial/base/intro Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® Contribuição logística e financeira Contribuições, logísticas ou financeiras, com o objetivo de promover PhD científicos e trabalhos universitários, baseados no uso deste banco de imagens e sua otimização são oferecidos pelo Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ®

50 vhd-mms/tutorial/base/intro Serviços do Banco de Imagens do Ser Humano Visível Sítio Espelho de Milão ® ”Ajude-nos a serví-lo melhor…” Linha direta com os usuários para receber: Recomendações Observações Críticas Sugestões Elogios


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