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Sítio de Seqüência Dirigida (Sequence-tagged sites) Sequence-Tagged Microssatélites (STMS) ou SSR ou Microssatélites Microssatélites ancorados –Inter-Simple.

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1 Sítio de Seqüência Dirigida (Sequence-tagged sites) Sequence-Tagged Microssatélites (STMS) ou SSR ou Microssatélites Microssatélites ancorados –Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) Sequence-characterized amplified regions (SCARs) Cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) Fonte: IPGRI

2 Microssatélites (SSR) Sequence-Tagged Microsatélites (STMS) –também conhecido como microssatélite ou Simple Sequence Repeat (SSR) Normalmente locus simples e multi- alélico Co-dominante Altamente reprodutível

3 Microssatélites (SSR) altamente informativo - vários alelos por locos detecção por PCR facilmente transferível entre labs. distribuição homogênea no genoma

4 Microssatélites (SSR) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CACACACACACACACACAC NNNNNNNNN NNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GTGTGTGTGTGTGTGTGTG NNNNNNNNNNNNNN Primer REV Primer FOR Repetição CA

5 Microssatélites Bananeira 3x e 4x Ma 1.27 Ma 1.17

6 Microssatélites Bananeira 3x e 4x Cir 24.25

7 Microssatélites Bananeira 2x Cir 24.25

8 SCARs SCARs - sequence-characterised amplified regions –proposto por Paran & Michelmore (1993) –marcador locus-único derivado de fragmentos sequenciados de RAPD, ISSR, AFLP –maior estabilidade - primers específicos –analisado para presença/ausência –possibilidade de simplificação de análise e automação

9 SCARs R * S clonar Primer específicoSeqüenciar

10 SCAR - Feijoeiro ROC20 460

11 SCAR - Feijoeiro SCF3

12 Amplified Fragment Length Polymorphism - AFLP Combinação de RFLP e PCR Resulta em padrões muito informativos Marcador dominante

13 DNA genômico digestão com duas enzimas adaptadores EcoRI MseI pré-amplificação amplificação seletiva ligação MseI EcoRI

14 GAATTCCN CTTAAGCN NTTAA NAATT ATTCCN GCN NT NAAT DNA digestão EcoRI MseI ATTCCN GCN NT N ATTAA ligação TA ATTCCN TAAGCN NTTA NAAT pré- amplificação primer +1 A C amplificação primer +3 ATTCCA TAAGCT GTTA CAAT AAC

15

16 Exemplo - Gel de AFLP

17 AFLP de cana com 33 P

18

19 AFLP de feijão gel desnaturante corado com prata

20 AFLP de feijão gel não desnaturante e prata

21 Primers E- ACA x M- CAA PBNN Primers E- AGC x M- CTC PBN N AFLP

22 COMPARAÇÃO ENTRE MARCADORES MOLECULARES

23 Escolha de Marcadores Característica RFLP RAPD SSR AFLP ISSR CAPS Polimorfismo Pontual Pontual # Pontual Pontual Pontual InDel InDel Rep. InDel InDel InDel Nível de Polimorfismo médio médio alto médio médio baixo Abundância alta m.alta média m.alta média alta Dominância CoDom Dom CoDom Dom Dom CoDom [DNA] 10 g 25 ng 50 ng 500 ng 25 ng 25 ng Seqüência não não sim não não sim Marcação sim/não não não sim/não não não Repetibilidade alta baixa alta média baixa alta

24 Escolha de Marcadores Característica RFLP RAPD SSR AFLP ISSR CAPS Informação/ Corrida Patenteado não sim não sim não não Investimento alto baixo alto médio baixo alto Custo médio baixo alto médio baixo médio Karp 96 US$ 2,00 1,00 1,00 1,50 nd. nd. Risterucci 97 FF/100 ind. 3,14 1,71 3,21 1,10 nd. nd.


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