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1 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima 1.Conceito de verossimilhança (Likelihood) 2.Cálculo da verossimilhança 3.Busca de árvores ótimas Objetivos:

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1 1 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima 1.Conceito de verossimilhança (Likelihood) 2.Cálculo da verossimilhança 3.Busca de árvores ótimas Objetivos: Compreender como o critério de verossimilhança pode ser aplicado na inferência de árvores filogenética e, também, a necessidade de busca de árvores ótimas.

2 2 Método de verossimilhança máxima 1. Conceito de verossimilhança 181

3 3 Métodos de distâncias 1. Distâncias genéticas 181

4 4 Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses) Sequências alinhadas Árvore Comprimentos dos ramos Modelos de substituição Métodos de distâncias 1. Distâncias genéticas

5 5 T Método de verossimilhança máxima 1. Conceito de verossimilhança 183

6 6 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima 1.Conceito de verossimilhança (Likelihood) 2.Cálculo da verossimilhança 3.Busca de árvores ótimas

7 7 Método de verossimilhança máxima 2. Cálculo da verossimilhança

8 8 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima 1.Conceito de verossimilhança (Likelihood) 2.Cálculo da verossimilhança 3.Busca de árvores ótimas

9 9 183 Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas

10 Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas

11 11 The number of (unrooted) binary tree topologies increases tremendously with the number of taxa (n), which can be computed according to 190 Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas

12 12 Número de possíveis árvores filogenéticas Número de árvores com raiz com bifurcações, N R, para n OTUs Número de árvores sem raiz com bifurcações, N U, para n OTUs Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas

13 13 945

14 Full-tree rearrangement Full-tree rearrangement operations change the structure of a given tree with n leaves. They employ the following principle. From a starting tree a number of trees (the neighborhood of the starting tree) are generated according to specified rules. Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas 190

15 15 191

16 Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas

17 17 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima 1.Conceito de verossimilhança (Likelihood) 2.Cálculo da verossimilhança 3.Busca de árvores ótimas


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