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1 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana.

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1 1 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes Objetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança).

2 2 Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses) Sequências alinhadas Árvores Comprimento dos ramos Modelos de substituição Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

3 3 Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L) Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

4 4 Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G Árvore com dois nós Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

5 5 Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

6 6 Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios? Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

7 7 Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança? O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

8 8 ln L = 1589,77447 e t = 0,03091825 Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro. t número esperado de substituições por sítio ln L Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

9 9 O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t Quem é t? –Produto da taxa de substituição pelo tempo Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens t = comprimento do ramo = 0,03091825 Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

10 10 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes

11 11 Inferência Bayesiana distribuição de probabilidade a posteriori constante de normalização distribuição de probabilidade a priori função de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

12 12 216 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

13 13 216 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

14 14 217 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

15 15 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

16 16 217 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

17 17 216 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

18 18 218 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

19 19 221 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

20 20 224 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

21 21 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes

22 22

23 23 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes


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