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1 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana.

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1 1 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes Objetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança).

2 2 Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses) Sequências alinhadas Árvores Comprimento dos ramos Modelos de substituição Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

3 3 Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L) Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

4 4 Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G Árvore com dois nós Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

5 5 Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

6 6 Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios? Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

7 7 Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança? O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

8 8 ln L = 1589,77447 e t = 0, Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro. t número esperado de substituições por sítio ln L Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

9 9 O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t Quem é t? –Produto da taxa de substituição pelo tempo Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens t = comprimento do ramo = 0, Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima

10 10 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes

11 11 Inferência Bayesiana distribuição de probabilidade a posteriori constante de normalização distribuição de probabilidade a priori função de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

12 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

13 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

14 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

15 15 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

16 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

17 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

18 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

19 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

20 Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

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23 23 Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana 1.Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 2.Inferência filogenética Bayesiana 3.Prática: MrBayes


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