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Bases Nitrogenadas nos Ácidos Nucleicos
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Purinas Pirimidinas 5-Metildicetopirimidina Dicetopirimidina
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Purificação de DNA por gradiente de Cloreto de Césio e visualização por luz U.V.
O CsCl tem sua solução aquosa com uma gravidade específica próxima a do DNA . Quando esta solução é centrifugada por um longo período de tempo e em alta velocidade, atinge-se um equilíbrio com a formação de um gradiente de densidade contínuo, com a porção mais concentrada de CsCl no fundo do tubo e a porção menos concentrada no topo.
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DOSAGEM DE ÁCIDOS NUCLEICOS POR ABSORÇÃO DE LUZ U.V.
D.O 260nm = 1,0 corresponde a 50g/mLde DNA dupla fita 40 g/mL de DNA ou RNA simples fita 20 g/mL de oligonucleotídeos. D.O 260nm/ D.O 280nm : fornece a pureza de uma preparação de ácidos nucleicos (1,8 e 2,0 para DNA e RNA respectivamente). Valores inferiores indicam contaminação com fenol e proteínas.
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MARCAÇÃO NÃO RADIOATIVA DO DNA VIA BASES NITROGENADAS
DIGOXIGENINA: O DNA é ligado ao glicosídeo digoxigenina-11-UTP BIOTINA: O DNA é ligado à biotina COMPOSTOS FLUORESCENTES: O DNA é ligado a compostos fluorescentes como Texas Red.
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dUTP-Digoxigenina dUTP- Biotina
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Grupamentos Fosfatos nos ácidos nucleicos
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dATP
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α β
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MARCAÇÃO DO DNA MARCAÇÃO RADIOATIVA:
Isótopos: Átomos que tem o mesmo número de prótons e diferentes números de nêutrons são chamados isótopos uns dos outros. Os isótopos são ditos radioativos quando contém uma combinação instável de prótons e nêutrons. A quebra e desintegração do isótopo radioativo, resulta na liberação de energia. As sondas genéticas podem ser marcadas com nucleotídeos marcados com radiosótopos no fosfato α, por exemplo α 32P .
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AÇÚCARES DOS ÁCIDOS NUCLEICOS
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Ligação P-O sensível a alkali e enzimas
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Ligações Fosfodiéster
Ligações fosfodiéster constituem o núcleo principal da vida já que são parte da constituição básica de todos os ácidos nucleicos. A hidrólise das ligações fosfodiester são catalisadas pelas fosfodiesterases (quebra do DNA)
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Grupos fosfatos das ligações fosfodiester são carregados negativamente
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Por quê o mesmo tamanho molecular pode migrar diferentemente no gel de eletroforese?
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Etanol e isopropanol: A natureza higroscópica do DNA forma precipitados quando colocado em presença de etanol ou isopropanol e pequenas concentrações de cátions monovalentes.
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Base-Pareamento nos ácidos nucleicos
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Tratamento ácido: depurinação
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A: desidratada B: Helicoidal alongada Laboratório de Biofísica do Kings College Química de formação : Rosalind Franklin ( ): Novembro de Cadeia de fosfato-desoxiribose no exterior com bases no interior havendo entre 2 e 4 hélices co-axiais.
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Maurice Wilkins 15/12/ /10/2004
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25 de abril de 1953 - Prêmio Nobel em 1962 junto com Maurice Wilkins)
Uma estrutura de ferro e madeira, imitando uma hélice dupla, foi a forma que os biólogos James Watson e Francis Crick encontraram para demonstrar como é a forma da molécula de DNA.
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DNA B Hélice gira para a direita e a rotação entre 2 pares de bases é de 34,6° Volta completa da hélice a cada 10,4 pb Diâmetro da hélice é de 2,37nm Uma volta percorre 3,4nm e cada base adiciona 0,34nm
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Estrutura e propriedades dos RNAs
80% do material genético das células: rRNA 15%: tRNA 5%: mRNA 2%: sn RNA e scRNA Regiões dupla fita (Pontes de H) são rompidas por altas temperaturas e calor (como no DNA!) Ligações fosfodiester são rompidas por alkalis (NÃO OCORRE NO DNA!!!!)
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BASE PAREAMENTO RNA-DNA (FORMAÇÃO DE HETERODUPLEXES ou Hélices híbridas)
dA : rU (+estável) rA : dT (+ estável) dG : rC (++ estável) dC : rG (+++ estável) HOMODUPLEXES DNA dC : dG (+ estável) dA : dT HOMODUPLEXES RNA rA : rU rG : rC rG : rU (---- estável)
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Número aproximado de tipos nas células
Tipos de RNA Número aproximado de tipos nas células Tamanho aproximado Distribuição tRNA 80-100 75-90 P, E 5S rRNA 1-2 120 5,8 S rRNA 1 155 E 16S rRNA 1.600 P 23 S rRNA 3.200 18 S rRNA 1.900 28S rRNA 5.000 mRNA milhares variável hn RNA sc RNA dezenas 90-330 sn RNA 58-220 P= procariotos, E= eucariotos
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Transcrição do mRNA
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Cap: Consiste de uma guanina modificada que é ligada ao terminal 5’ do pré-mRNA e é adicionada pela RNA polymerase II. Protege o mRNA de degradação por enzimas que degradam a partir do terminal 5’ e serve como ponto de encontro (“asssemby”) das proteínas necessárias para recrutar a subunidade ribossomal menor para iniciar a tradução. Cauda Poli A: É uma agregação de adeninas adicionadas pela RNAP II ao terminal 3’do mRNA. Completa a molécula deixando-a pronta para ser transportada para o citoplasma.
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mRNA RNA polimerase II: Transcreve os genes do mRNA (e também o snRNA).
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Ribosomos são compostos por moléculas de RNA e proteínas formando grandes complexos que compreendem a maior parte da massa de uma célula. O ribossomo tem um coeficiente de sedimentação de 70S, e pode ser dividido em duas subunidades: 50S e 30S. Estas subunidades são compostas por unidades separadas: a subunidade 50S possui 2 moléculas de RNA, uma de 23S e outra de 5S bem como 34 proteínas diferentes. A subunidade 30S tem como subunidades a molécula de rRNA de 16S e 21 proteínas diferentes.
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rRNA RNA polymerase I (Pol I): Transcreve os genes do rRNA dos precursores 23S e 16S RNA polymerase III (Pol III): Transcreve os genes para o rRNA 5S
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tRNA RNA polymerase III (Pol III): Transcreve os genes para os tRNAs.
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