Marcadores mais utilizados Almir R. Pepato. Definição de marcador molecular Uma sequência nucleotídica ou de aminoácidos detectável experimentalmente.

Apresentação em tema: "Marcadores mais utilizados Almir R. Pepato. Definição de marcador molecular Uma sequência nucleotídica ou de aminoácidos detectável experimentalmente."— Transcrição da apresentação:

1 Marcadores mais utilizados Almir R. Pepato

2 Definição de marcador molecular Uma sequência nucleotídica ou de aminoácidos detectável experimentalmente

3 Marcadores mais utilizados na literatura recente

4 Genes Ribossomais 27 de 64 artigos empregam sequências oriundas dos genes ribossomais Metáfases de Serrasalmus serrulatus marcadas para o 18S (Nakayama et al, 2008) Todos os genomas apresentam genes ribossomais (Procariotos, Mitocôndrias, Cloroplastos, Nucleares) Nos Eucariotos há várias cópias agrupadas em diversos cromossomos

5 Estrutura dos genes Ribossomais Nas mitocôndrias esses genes são ainda mais compactos: SSU: 12S LSU: 16S

6 Estrutura secundária

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8 Vantagens do emprego dos rDNA Primers conservados Múltiplas cópias, evolução concertada Poucos problemas de paralogia É um dos únicos marcadores que pode ser sequenciado em qualquer ser vivo A estrutura secundaria auxília no alinhamento das sequências e fornece outros caracteres.

9 Genes codificantes

10 Dos trabalhos examinados, 64 utilizam sequências de genes codificantes. Oriundos dos genomas nucleares (24) ou de organelas (Mit.: 29, CP: 11) Dificuldades técnicas: Poucas cópias na amostra reduz a quantidade de substrato para a reação de PCR. Propriedades semelhantes aos dos genes ribossomais

11 Genes codificantes Exemplo de gene com multiplas cópias, com evidências de evolução concertada. A Histona H3 foi utilizada em um dos artigos examinados

12 Genes codificantes Alternativa para a obtenção de genes de cópia simples: Transcriptase Reversa- PCR (Utilizado também para ESTs, apenas um artigo).

13 ITS e outros introns Empregado em 23 artigos (ITS 14, outros introns 9) Os introns são regiões excluídas do mRNA graças ao mecanismo de splicing. Como são regiões que não codificam proteínas estão menos sujeitas à seleção natural estabilizadora e assim acumulam mais substituições. Geralmente empregados para recuperar histórias evolutivas recentes.

14 DNA organelar Empregado em 49 dos artigos investigados (Mit.: 40, CP: 11)

15 DNA organelar O genoma mitocondrial completo foi utilizado em cinco artigos

16 DNA organelar Fênomeno comum nos genomas mitocôndriais, o viés no emprego de nucleotídeos pode levar a erros nas inferências filogenéticas