A apresentação está carregando. Por favor, espere

A apresentação está carregando. Por favor, espere

R aplicado a Epidemiologia Suzi Alves Camey Luciana Neves Nunes Departamento Estatística - UFRGS.

Apresentações semelhantes


Apresentação em tema: "R aplicado a Epidemiologia Suzi Alves Camey Luciana Neves Nunes Departamento Estatística - UFRGS."— Transcrição da apresentação:

1 R aplicado a Epidemiologia Suzi Alves Camey Luciana Neves Nunes Departamento Estatística - UFRGS

2 R aplicado a Epidemiologia R Página do R: –http://www.r-project.org/http://www.r-project.org/ Página com excelente tutorial do R: –http://leg.ufpr.br/~paulojus/http://leg.ufpr.br/~paulojus/ Página com material do curso: –http://euler.mat.ufrgs.br/~camey/http://euler.mat.ufrgs.br/~camey/

3 R aplicado a Epidemiologia R: Links para download > CRANCRAN > > WindowsWindows > basebase > R win32.exeR win32.exe Para instalação execute o arquivo

4 R aplicado a Epidemiologia Pacotes Epidemiológicos Epi epibasix epicalc epiR epitools rmeta (Meta-analysis) survey (Complex survey analysis)

5 R aplicado a Epidemiologia Instalar e carregar pacotes Instalar: > Pacotes > Instalar pacote(s) > Brazil(PR) > OK > > OK

6 R aplicado a Epidemiologia Instalar e carregar pacotes Carregar: > Pacotes > Carregar pacote > > OK

7 R aplicado a Epidemiologia Epi Título: A package for statistical analysis in epidemiology. Autores: –Bendix Carstensen, Martyn Plummer, Esa Laara, Michael Hills et. al. Conteúdo: –Funções para análise demográficas e epidemiológicas no Diagrama de Lexis, isto é, registro e acompanhamento de dados de coorte, incluindo intervalos com dados censurados e representação de multiestados de dados. Também apresenta algumas funções úteis para tabulação e gráficos. Contém alguns bancos de dados epidemiológicos. Endereço:

8 R aplicado a Epidemiologia Epi ROC: data(births) help(births) attach(births) ROC(gestwks,(1-lowbw),plot="ROC,MI=FALSE)

9 R aplicado a Epidemiologia epibasix Título: Elementary Epidemiological Functions for a Graduate Epidemiology Course Autor: Michael A Rotondi Conteúdo: Esse pacote contém ferramentas elementares para análise de problemas epidemiológicos comuns, tais como cálculo de tamanho de amostra, análise de tabelas 2x2 e medidas de concordância (kappa, sensibilidade/especificidade). Saídas e resumos apropriados são produzidos de maneira a facilitar a interpretação sempre que possível. Esse pacote está em desenvolvimento, portanto comentários e sugestões são bem vindos. O código é comentado para facilitar modificações.

10 R aplicado a Epidemiologia epibasix Tamanho da amostra para ensaio clínico randomizado: –Suponha que uma nova droga promete reduzir o risco da doença de 0.10 para n4props(0.03, 0.10, AR=1, alpha=0.05, power=0.80)

11 R aplicado a Epidemiologia epicalc Título: Epidemiological calculator Autor: Virasakdi Chongsuvivatwong Conteúdo: Funções para fazer o R fácil para cálculos epidemiológicos. Endereço: Dica: Curso On Line - Próxima turma Jan/09Curso On Line - Próxima turma Jan/09

12 R aplicado a Epidemiologia epicalc Medidas de efeito table1 <- make2x2(25,70,22,7) cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1) cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1) table1 <- make2x2(70,7,22,25) cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1) cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)

13 R aplicado a Epidemiologia epiR Título: Functions for analysing epidemiological data Autores: –Mark Stevenson with contributions from Telmo Nunes, Javier Sanchez, and Ron Thornton. Conteúdo: Um pacote para analisar dados epidemiológicos. Contém funções para ajustar, direta ou indiretamente, medidas de freqüências das doenças. Endereço:

14 R aplicado a Epidemiologia epiR Estimação de prevalência: Uma amostra aleatória simples de 150 mulheres é selecionada de uma população de Cada mulher é avaliada por um instrumento rastreador de depressão. –Sensibilidade = 96% –Especificidade = 89% –Casos positivos = 23 epi.prev(23, 150, 2560, se = 0.96, sp = 0.89, conf.level = 0.05)

15 R aplicado a Epidemiologia epitools Título: Epidemiology Tools Autor: Tomas Aragon Conteúdo: Pacote R para dados e gráficos epidemiológicos. Endereço:

16 R aplicado a Epidemiologia epitools Risco relativo pessoa/ano –Exemplo: Rothman 1998, p. 238 bc <- c(Unexposed = 15, Exposed = 41) pyears <- c(Unexposed = 19017, Exposed = 28010) rateratio.wald(bc,pyears)

17 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr Instalação como os demais pacotes Carregar: –Na primeira vez vai solicitar a instalação de pacotes auxiliares

18 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: banco de dados

19 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: banco de dados - texto

20 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: banco de dados - SPSS

21 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: banco de dados - Excel

22 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: banco de dados - Excel

23 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Descritivas

24 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

25 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

26 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado O R representa os números com notação científica e-09 =

27 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

28 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado O Rcmdr só permite análises compatíveis com o tipo de variável que há no banco de dados

29 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

30 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

31 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

32 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

33 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

34 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

35 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Qui-quadrado

36 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão logística

37 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão logística

38 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão logística A função summary não exibe a estimativa do O.R. Usar função logistic.display do pacote epicalc para obter O.R.

39 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão logística Para usar a função o pacote deve estar carregado Digitar o comando e clicar em submeter

40 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão logística

41 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão logística Comando para regressão logística condicional (caso-controle pareado). Precisa do pacote survival

42 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson Precisamos dos pacotes carregados nessa ordem: –epicalc –Rcmdr –lmtest –sandwich

43 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson

44 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson

45 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson

46 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson Clicar 2x em poisson para mudar a função link

47 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson O erro padrão da estimativa apresentada nessa saída não é robusta para resposta binária. Nesse caso devemos usar um estimador robusto.

48 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson Antes de estimar o erro padrão robusto temos que tratar os valores faltantes adequadamente. Caso contrário não conseguimos fazer a estimativa robusta.

49 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson Comandos para comparar modelos e estimar o erro padrão robusto. O erro padrão cai de para

50 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão de Poisson Comando para calcular a exponencial do parâmetro e o respectivo IC. Estimativa e IC95%

51 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

52 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

53 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

54 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

55 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

56 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t Primeiro testar se as variâncias são iguais!

57 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

58 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

59 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t p>0,05 variâncias iguais p 0,05 variâncias diferentes

60 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

61 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: teste t

62 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Primeiro categorizar variável women em três grupos com igual amplitude.

63 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova

64 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Para escolher mais do que um fator pressionar Ctrl

65 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Essa tabela de Anova não é a que usamos tradicionalmente. Teremos que construir a tabela tradicional.

66 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova

67 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Este é o comando Tabela Anova

68 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Comando para teste de Tukey para comparações múltiplas. Novo modelo deve ser construído para as comparações múltiplas do fator principal a ser testado.

69 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Médias e IC para a interação dos dois fatores. Comando para calcular médias e IC para a interação dos dois fatores. É necessário o pacote effects

70 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova Comando para gráficos das médias e IC para a interação dos dois fatores.

71 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Anova

72 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

73 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

74 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

75 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

76 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

77 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

78 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

79 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

80 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

81 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

82 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

83 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

84 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

85 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

86 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Regressão linear

87 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Salvar – resultados

88 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Salvar – dados

89 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Salvar – sintaxe

90 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Exportar dados

91 R aplicado a Epidemiologia Rcmdr: Exportar dados

92 BOM CONGRESSO!


Carregar ppt "R aplicado a Epidemiologia Suzi Alves Camey Luciana Neves Nunes Departamento Estatística - UFRGS."

Apresentações semelhantes


Anúncios Google