Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

Apresentação em tema: "Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima"— Transcrição da apresentação:

1 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
Conceito de verossimilhança (Likelihood) Cálculo da verossimilhança Busca de árvores ótimas Objetivos: Compreender como o critério de verossimilhança pode ser aplicado na inferência de árvores filogenética e, também, a necessidade de busca de árvores ótimas.

2 Método de verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança 181

3 Métodos de distâncias 1. Distâncias genéticas 181

4 Comprimentos dos ramos Modelos de substituição
Métodos de distâncias 1. Distâncias genéticas Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L)  Probabilidade (Amostra | Hipóteses) Sequências alinhadas Árvore Comprimentos dos ramos Modelos de substituição

5 Método de verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança T 183

6 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
Conceito de verossimilhança (Likelihood)  Cálculo da verossimilhança Busca de árvores ótimas

7 Método de verossimilhança máxima
2. Cálculo da verossimilhança

8 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
Conceito de verossimilhança (Likelihood)  Cálculo da verossimilhança  Busca de árvores ótimas

9 Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas 183

10 Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas 189

11 Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas The number of (unrooted) binary tree topologies increases tremendously with the number of taxa (n), which can be computed according to 190

12 Número de possíveis árvores filogenéticas
Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas Número de possíveis árvores filogenéticas Número de árvores com raiz com bifurcações, NR, para n OTUs Número de árvores sem raiz com bifurcações, NU, para n OTUs

13 945

14 6.4.2 Full-tree rearrangement
Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas 6.4.2 Full-tree rearrangement Full-tree rearrangement operations change the structure of a given tree with n leaves. They employ the following principle. From a starting tree a number of trees (the neighborhood of the starting tree) are generated according to specified rules. 190

15 191

16 Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas 190

17 Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
Conceito de verossimilhança (Likelihood)  Cálculo da verossimilhança  Busca de árvores ótimas 