Uma das atividades em bioinformática é formar aglomerados de todas as sequências geradas no projeto (as figurinhas de um álbum) Podemos saber quantas.

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2 Uma das atividades em bioinformática é formar aglomerados de todas as sequências geradas no projeto (as figurinhas de um álbum) Podemos saber quantas vezes um gene foi seqüenciado e detectar os freqüentes! Usa-se também para validar bibliotecas E para expressão diferencial Aglomerados ou Clusters

3 Programas para agrupar transcritos Icatools Phrap Cap3, PCAP Stack Pack MegaBLAST TGICL (MegaBLAST + Cap3) Um aglomerado = Um gene

4 Qualidade das bibliotecas (100 primeiras ESTs) Freqüência em que uma EST foi amostrada Boa biblioteca? Número de seqüências 1 2 3 4 5 7 9 11

5 Organização das sequências do GenBank em um conjunto de aglomerados Cada aglomerado do UniGene contém as sequências que representam um gene único E também informações relacionadas, como em que tecidos o gene é expresso, etc. E também onde está mapeado UniGene

6 MegaBLAST gera o UniGene Todas ESTs contra todas Detecção de homologia > 96% de identidade > 70% do potencial Aglomerar

7 Etapa Número de seqüências no aglomerado Número de algomerados Construção de UniGene para AW1 (5.145 ESTs correspondem a 2.026 clusters) identidade > 96 % alinhamento > 70 % do potencial