Até 1620 o balanço do governo filipino é positivo pois registou-se uma melhoria na situação económica e na defesa do império. A partir de 1620 o governo filipino entra numa fase negativa devido à crise espanhola (a Espanha está em crise económica pois as riquezas da América (prata) diminuíram e está envolvida em guerras internas e externas) e à crise portuguesa (Portugal sofre as consequências de estar unido a Espanha).
O império português é atacado pelos inimigos de Espanha (Holanda, Inglaterra e França); A Burguesia é prejudicada nos seus negócios devido aos ataques ao império e ao aumento dos impostos; A Nobreza perde cargos e rendimentos e vê- se obrigada a participar nas guerras de Espanha; O Povo fica na miséria devido ao aumento dos impostos.
A ameaça de perda da Independência e o medo da iniciativa popular, vai levar um pequeno grupo da Nobreza a aclamar, em Lisboa D. João IV, duque de Bragança, como rei de Portugal.
De início a reacção de Espanha foi fraca pois estava envolvida noutros conflitos (Guerra dos 30 anos, revolta da Catalunha); Durante esse período Portugal refez alianças (Inglaterra e França), recuperou parte do Império perdido e preparou a sua defesa. Quando a Espanha voltou as suas atenções para Portugal, este foi capaz de se defender. Só em 1668, após 28 anos de guerra, é que os 2 países assinaram um Tratado de Paz no qual a Espanha reconhecia a independência Portuguesa.