No entanto, não seria por muito tempo que a Ordem de Malta se localizaria na sua sede original, em Jerusalém: São João de Acre 1.dali transferiu-se para São João de Acre (1221); Chipre 2.posteriormente, transitou para Chipre (1291); Rodes 3.mais tarde, para Rodes (1310); Malta 4.para Malta (1530 – por concessão de Carlos V); Roma 5.e, finalmente, para Roma (1834).

O seu primeiro propósito foi, assim, o hospitalar, na assistência aos peregrinos cristãos. No entanto as condições que se empunham na altura levaram a que a Ordem adoptasse uma faceta militar, de modo a poder proteger os peregrinos e toda a Cristandade no Oriente. Mantendo a sua missão histórica de assistência aos doentes, aos necessitados e aos mais desfavorecidos, a Ordem continua, actualmente, o seu trabalho em mais de 120 países.

Os seus programas incluem: a assistência médica e social; o auxílio às vítimas dos conflitos armados ou das catástrofes naturais; os serviços de emergência e de primeiros socorros; a assistência aos idosos, incapacitados e crianças necessitadas; a organização de formações em primeiros socorros; o apoio para os refugiados e deslocados internos.

Balanço dos últimos 50 anos a ajuda a refugiados durante a crise húngara de 1956; o estabelecimento e a gestão de um hospital de campanha durante a guerra do Vietname; a assistência na Tailândia durante vários anos; os serviços médicos durante as guerras civis do Líbano e El Salvador; a ajuda a refugiados durante a crise curda;

a ajuda a refugiados na região africana de Big Lakes; várias acções globais durante a crise dos Balcãs, em 1999; a ajuda nos terramotos de Itália nos finais dos anos 70 e em 1997; igualmente na Colômbia e Turquia em 1999 e El Salvador em 2000; assistência nas inundações e nos furacões na Ucrânia, Hungria e Roménia, em Honduras em 1998 e na Polónia em 1999.

Ainda, desde o princípio deste século, prestou-se ajuda: nas inundações e furacões de Moçambique em 2000 e 2001; assistência aos refugiados do Afeganistão de 2001; ajuda médica e à reconstrução no norte de Iraque em 2003; ajuda aos refugiados da República Democrática do Congo em 2003; ajuda à reconstrução após o terramoto de Bam, Irão, em 2004; ajuda aos refugiados de Darfur, Sudão, em 2004; ajuda às vítimas do terramoto do Paquistão em 2005;

ajuda depois do tsunami do Sul e Sudeste asiático em 2005; ajuda às populações vítimas da escassez de Níger e Mali em 2005; assistência para as vítimas do furacão de New Orleans, Estados Unidos, em 2005; ajuda às vítimas do terramoto do Paquistão em 2005; assistência médica às vítimas do terramoto de Java, na Indonésia, em 2006.

Muitas destas acções estiveram a cargo do Malteser International, o serviço de ajuda internacional da Ordem, que oferece assistência de emergência a vítimas de catástrofes naturais e conflitos bélicos. Também leva a cabo projectos de reabilitação e reconstrução, frequentemente em colaboração com as agências das Nações Unidas, organizações internacionais e entidades locais das regiões afectadas. Em várias ocasiões, a Ordem, através de Malteser International, assumiu os serviços médicos das missões de paz da ONU, como na América Central, Kuwait, Timor Oriental, os Balcãs e Afeganistão.