 Solucionar de forma otimizada os problemas que exijam alto esforço computacional e assim assegurar a satisfação dos clientes.

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Transcrição da apresentação:

 Solucionar de forma otimizada os problemas que exijam alto esforço computacional e assim assegurar a satisfação dos clientes

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GENE

Penalidade 2 min Pesquisa Cadeia 2 Penalidade 4 min Pesquisa Cadeia 3 1 min Pesquisa Cadeia 1 Cálculo rápido: - 1 minuto por cadeia cadeias por arquivo - Total: ~ 5 dias + penalidade: ~ 7 dias

GENBANK 7,5 GB BANCO PRIVADO

 Não armazenamento de configurações do usuário  Processamento muito demorado  Uso do algoritmo blast (menos preciso que o Smith- Waterman)  Penalidades aumentam muito o tempo de busca  Saída não corresponde às reais necessidades do usuário.  Em pesquisa realizada com 10 usuários, 100% respondeu que a saída é complexa e tem excesso de informações.

 Necessidade de criar programas para formatar a saída, para fazer o download dos bancos mundiais e para manter suas atualizações.  Necessidade de montar rede local para compartilhar dados entre membros de uma mesma pesquisa  Dificuldade de acesso fora da rede local

 Armazenamento de configurações de entrada e saída  Velocidade  Não existência de penalidades  Privacidade = fazer comparação com banco privado antes de integrar os dados ao banco mundial  Usar o algoritmo Smith-Waterman na comparação

 Disponibilidade = facilidade de acesso aos dados da pesquisa de qualquer lugar  Compartilhamento de dados na web = compartilhar dados entre membros da pesquisa sem precisar montar rede local  Não precisar fazer download e manter atualizações do banco mundial

Produtos on-line Produtos desktop Cubo

Pesquisador psq *******

Pesquisador *******

ALGORITMO SMITH-WATERMAN IMPLEMENTADO EM FPGA. BD WEB FPGA s

Acesso Limitado Acesso Ilimitado Propagandas

 Inserção  Cadeias, Pesquisadores, Configuração  Pesquisa Padrão e Trial  Login/Logout  Buscas  Cadeias, Pesquisas  Smith-Waterman FPGA