DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução.

Apresentação em tema: "DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução."— Transcrição da apresentação:

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2 DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução

3 DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução

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8 Guanina Citosina Timina Adenina BASES

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10 Resposta Ótima Lento Smith - Waterman Resposta aproximada Rápido BLAST

11 Usuário Cenário atual 2 - Problema

12  Interface voltada para biólogos  rápido  saída do alinhamento personalizada  Disponível na web  Smith-Waterman  Custo-benefício

13 7,5 GB

14  Interface Complexa  Penalidades  Saída pouco legível  Blast  Informatas  Servidor  Blast  Informatas  Desktop  Limitado a um usuário

15 Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução

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18 BD WEB FPGAs

19 TarefaPrazo PrevistoNovo Prazo Efetivamente Realizado ProblemasResponsável Levantamento de Requisitos Escolher algoritmo31/08- Gerente de Desenvolvimento de Hardware Escolher interface de comunicação FPGA- PC 31/08- Equipe de Desenvolvimento de Hardware Escolher FPGA31/08-Gerente de Desenvolvimento de Hardware

20 TarefaPrazo PrevistoNovo Prazo Efetivamente Realizado ProblemasResponsável Tarefas de Estudo Algoritmo16/0830/09 Algoritmo possui detalhes específicos da implementação. Plano corretivo: Continuar estudando. Bernardo Reis Pedro Bello Estudar Stratix II16/08-Diogo Lages Thiago Lessa

21 TarefaPrazo PrevistoNovo Prazo Efetivamente Realizado ProblemasResponsável Tarefas de Estudo Processador Nios II 16/0830/09 Realocação de pessoal causou atrasos. Plano corretivo: Tutorial com o pessoal do HPCin, mais alocação de tarefas para o novo pessoal. André Felipe Leyla Manoella Protocolo de comunicação 16/0830/09Protocolo bastante complicado. Plano corretivo: Continuar estudando. Diogo Lages Thiago Lessa

22 TarefaPrazo PrevistoNovo Prazo Efetivamente Realizado ProblemasResponsável Tarefa de Modelagem Arquitetura paralela do Smith- Waterman 23/09-Pedro Bello Arquitetura do sistema em FPGA 23/09- Gerente de Desenvolvimen to de Hardware Implementação e Teste de Protótipo 23/09-Pré-requisito: Aquisição da Placa Bernardo Reis Pedro Bello

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24 TarefaPrazo PrevistoResponsável Implementar protótipo do algoritmo segundo Byang 07/10 Bernardo Reis Pedro Bello Estudar módulo Ethernet para NIOS II 07/10 Diogo Lages Thiago Lessa Implementar NIOS II customizado 07/10André Felipe Leyla Manoella

25 Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivame nte Realizado ProblemasResponsável Tarefas de Estudo Ferramentas de Bancos de Dados 21/09André e Thiago Modelagem do Banco de Dados das Cadeias de DNA 21/0925/09Reunião com os Clientes Adiada. André e Thiago

26 TarefaPrazo PrevistoNovo Prazo Efetivamente Realizado ProblemasResponsável Levantamento de Requisitos Escolha do Servidor 21/0930/09 Devido a realocação. André e Thiago Pesquisa com os clientes 21/0925/09Reunião com os Clientes Adiada. André e Thiago

27 TarefaPrazo PrevistoNovo Prazo Efetivament e Realizado ProblemasResponsável Tarefa de Modelagem Implementação do Servidor 11/10André e Thiago

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29 Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivament e Realizado ProblemasResponsável Levantamento de Requisitos Escolher da linguagem 31/0830/09 Equipe de Desenvolvimento de Interface Viabilidade de ferramentas e material de estudo 31/0830/09Equipe de Desenvolvimento de Interface

30 Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivament e Realizado ProblemasResponsável Tarefas de Estudo Api das linguagens web e linguagem padrão: CSS, HTML 20/0830/09 Devido a realocação Paulo Orlando Jonathan Estudo da linguagem do servidor 20/08-Dependência da escolha do servidor Paulo Orlando Jonathan

31 Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivament e Realizado ProblemasResponsável Tarefa de Modelagem Criar prototipagem 1.0 16/921/09 Paulo Orlando Jonathan Criar prototipagem 2.0 28/9-Paulo Orlando Jonathan

32 Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivament e Realizado ProblemasResponsável Levantamento de Requisitos Analisa os requisitos com o cliente 21/0930/09Problema de reunião Paulo Orlando Jonathan

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34 TarefaPrazo PrevistoResponsável Teste de ferramentas/Testes das APIS 06/10 Equipe de Desenvolvimento de Interface Reuniões com os clientes06/10 Equipe de Desenvolvimento de Interface Prototipagem 2.006/10Equipe de Desenvolvimento de Interface

35  Software de Imagens:  Adobe Fireworks  Corel Drawn  MovieGear4  Linguagens de Programação  Ajax  JavaScript  HTML  CSS  Adobe FlexBuilder Professional/Aptana/DreamweaverCS4 – IDES

36  IDES  Adobe FlexBuilder  Professional  Aptana  DreamweaverCS4

37  Uma Interface organizada.  Respostas Organizadas  Entradas que aceitem mais de um contig  Privacidade no Banco de Dados  Usar formato FASTA  Velocidade de análise das sequências de DNAS  Sem penalidades temporais

38  Melhora no fluxo da informação  Interface com Diversos Bancos de Dados  Atualização automática do Banco de Dados Mundial  Colocar dados Estatísticos

39  10 horas semanais