Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes Objetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança).
Inferência filogenética por verossimilhança máxima Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses) Sequências alinhadas Árvores Comprimento dos ramos Modelos de substituição
Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L) Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L)
Árvore com dois nós Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G Árvore com dois nós
Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor Sequência 1 — A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 — A A C A G A C A C A G T C C G
Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios? Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios?
Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança? Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança? O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t
Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro. Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima t — número esperado de substituições por sítio ln L ln L = 1589,77447 e t = 0,03091825 Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro.
t = comprimento do ramo = 0,03091825 Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t Quem é t? Produto da taxa de substituição pelo tempo Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens t = comprimento do ramo = 0,03091825
Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes
Inferência Bayesiana distribuição de probabilidade a priori Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana Inferência Bayesiana distribuição de probabilidade a priori função de verossimilhança distribuição de probabilidade a posteriori constante de normalização
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 216
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 216
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 217
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 217
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 216
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 218
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 221
Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 224
Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes
Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes