Prática Prospecção gênica e Bioinformática

Apresentação em tema: "Prática Prospecção gênica e Bioinformática"— Transcrição da apresentação:

1 Prática Prospecção gênica e Bioinformática
Dr. Adilson Jayme de Oliveira Instituto Federal de Brasília – Campus Planaltina

2 Aula Prática Bioinformática (Individual ou Duplas)
1ª parte Acesso aos links com os exemplos sugeridos Para quem preferir a tradução do Inglês para o Português, acesse os links no Google CHROME 2ª parte Livre acesso de acordo com a área de interesse individual.

3 Ações necessárias e anotações genéticas mais frequentes
Análise estrutural (Vlahoviček, Kristian et al. 2003) Sequencia bruta Retirada Vetor Fase aberta de leitura (ORF) ( Comparação com seqüências depositadas ( -  - -  -  -  Consenso com elementos repetitivos (transposons) Consensos da expressão gênica (transcrição e tradução) (

4 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Ferramentas Bioinformática
Ferramenta para obtenção e análise de sequências/estruturas de ácidos nucléicos e peptídeos

5 Registro e confirmação por email

6 Tutoriais e Redes Sociais

7 ? Ferramentas Bioinformática
1) O pesquisador obteve a sequência e quer saber do que se trata. ? Após a anotação (automática ou manual) as sequência são disponibilizadas nos bancos de dados.

8 MGTHGTSNGTHGAIRVTGVHDTGILGGGGHTGMPGAAGMGPMARVTAPQHKTGGILRRSSSSSSSSSSEDDGMGGCRMKGLKEKIKEKMPGGHKGNQGKATAPGAYSGMTGYTGPTSTGTTGGHGTTTTKGTHEKKRFMEKVKEKLPGQH Sequencia de Aminoácidos (Proteína) Aula prática copiar e colar MGTHGTSNGTHGAIRVTGVHDTGILGGGGHTGMPGAAGMGPMARVTAPQHKTGGILRRSSSSSSSSSSEDDGMGGCRMKGLKEKIKEKMPGGHKGNQGKATAPGAYSGMTGYTGPTSTGTTGGHGTTTTKGTHEKKRFMEKVKEKLPGQH

9

10

11

12 Lista de hits

13 Clique sem selecionar

14

15 GenPept

16 Identical Protein

17 FASTA

18 Graphics

19 Graphics: referências
RNAm

20 GenBank

21 Graphics: referências
RNAm

22 Full Report LOC

23 Map Viewer LOC

24 NW_004675968.1 (not localized on the chromosome)

25 Map Viewer LOC

26 NW_004675968.1 (not localized on the chromosome)

27 Full Report LOC

28 Link externo => 2º exemplo

29 Voltar ao Resultado Inicial

30 Distance tree of results

31

32 Multiple alignment

33

34 PubMed

35

36

37

38 Bioativos X Produtividade X tolerância a doenças (?)
Ferramentas Bioinformática 2) O pesquisador tem um problema biológico e quer obter o DNA de interesse. Bioativos X Produtividade X tolerância a doenças (?) ?

39

40

41 Setaria italica (foxtail millet)

42

43

44 Beta caroteno Castasterona Brassinosteroide ABA

45

46

47

48 CYTR - Citocromo c oxidase (complexo IV), sensível ao cianeto
CYTR desempenha um papel importante na transferência de elétrons a partir de compostos de ricos em elétrons (nucleotídeos de piridina reduzidos, malato e succinato para sintetizar ATP e água).

49

50 Tela abaixo MWRGGATAAYAARALRSRLLPDPIHHPVASLALIASTRASSSAPSAAAANNVVEEAAAAA AVSVSQQAGSVSDALRHYGRCYWELSKARLSALVVATSGAGYVLGSGNIVDIAGLCCTCA GTMMVAASANTLNQVFEIKNDAKMKRTMRRPLPSGRISPAHAAMWATSVGATGTALLAWK ANGLAAGLAASNLVLYAFVYTPLKQIHPVNTWVGAVVGAIPPLLGWAAACTELSLNAMIL PAALYYWQIPHFMALAYLCRNDYLAGGYRMFSFADPTGKRTAWVSLRNCLYMLPLGLFAY NWGLTSEWFGVEASLLTMGLTIGALSFVLEPSPKTARRMFYGSLLYLPAFMAGLLLHRLP NKQNAHNLAETSELGGVLYRADLQDNERARQKHEDRKPSRVQSRPPVAYASVAPFPFLPV PIYES atgtggaggggcggcgccaccgcggcctacgccgcgagggctctacgctctcgcctcctc cctgaccccatccaccacccggtcgcgtcgctcgctcttatcgcctcgacgcgtgcctcc tcgtccgcaccctccgccgcagcagcgaacaacgtcgttgaagaagcagcggcggcggcg gctgtatccgtttcgcagcaggccggatccgtctccgacgcgctgcggcactacgggagg tgctactgggagctctccaaagcccgcctcagtgctcttgttgtggcaacttcgggggct ggctatgtgcttggtagtggcaacatcgtggacatcgccggactttgttgcacatgtgct ggtacaatgatggttgcagcatctgcaaataccctcaaccaggtgttcgagataaaaaat gatgctaaaatgaaaaggacaatgcggcggcccttgccatcaggtcgcattagtcctgca catgctgctatgtgggctacgagtgttggagctacaggaacagctttgttggcctggaag gctaatggcttggcagctgggcttgcagcttctaatcttgttctgtacgcatttgtatat actccattgaagcaaatacacccagttaatacatgggtaggagcagttgttggtgccatt ccaccacttctggggtgggcagcagcttgtactgaattgtcactaaatgctatgattctc cctgccgcattgtactattggcaaataccccattttatggcgctcgcatacttatgtcgc aatgattaccttgctggagggtaccgtatgttttcttttgctgaccctactggtaaaaga actgcgtgggtatcgctcagaaattgtctgtacatgctgcctttgggattgtttgcatac aactggggcctcacatctgagtggttcggtgttgaagcatcacttctaacgatgggcctt accattggagctctatcgtttgtgctggaaccaagtccaaaaactgcaaggagaatgttc tatggaagcctgctgtatctccctgccttcatggctggacttctattacatcggctgcct aacaaacaaaatgcgcacaacctggctgagacaagtgagctcggtggagttctttacagg gccgatctgcaggacaacgaaagagcgagacagaaacacgaagacaggaaaccttctcgt gtgcaatcacgccctccagtcgcctatgcttctgtggctccattccctttcttaccagta cccatatacgagtcatga

51

52

53 Blast + completo

54

55

56 MGTHGTSNGTHGAIRVTGVHDTGILGGGGHTGMPGAAGMGPMARVTAPQHKTGGILRRSS SSSSSSSSEDDGMGGCRMKGLKEKIKEKMPGGHKGNQGKATAPGAYSGMTGYTGPTSTGT TGGHGTTTTKGTHEKKRFMEKVKEKLPGQH atgggaacccatggtaccagcaacggtacgcacggcgccatcagggtgaccggagtgcac gacaccgggatcctgggtggaggcggccacaccggcatgcccggagccgcaggaatggga cccatggcgcgggtcacggcgccacagcacaagacgggcggcatccttcgccgctctagc agctccagctctagctcgtcatctgaggatgacggcatgggcggttgtaggatgaagggc ctcaaggagaagatcaaggagaaaatgcccggaggccacaagggcaaccagggcaaggcg acggctcccggagcatacagcgggatgactgggtatactgggccgaccagcaccggcacc accgggggacatgggacgacgacgacgaaggggacacacgagaagaagaggttcatggag aaggtcaaggagaagctccccggtcagcactga

57

58

59 Ortholog

60 Paralog

61 GFit

62 Motif

63 Align

64 N-J Tree

65 Dendogram

66 Mapa vias de biossíntese de carotenóide
Soja Mandioca Arroz

67 Zetacaroteno Luteína Beta-caroteno Violaxantina Ácido Abscísico

68 Zetacaroteno Luteína B- caroteno Violaxantina Ácido Abscísico

69 KEGG - Banco de vias metabólicas

70 Violaxantina Ácido Abscísico

71 Interligação entre as vias

72 Lista das vias depositadas

73 Mapa metabólico não elaborado - busca do gene

74 Usuário x Bioinformatas
Nem todos os genes estão depositados nas bases de dados: retiradas ou com patentes envolvidas) Estresse (seca, frio, calor): desencadeiam proteínas similares Estratégia: buscar as sequencias nas rotas metabólicas (metabolômicas) armazenar em bibliotecas as sequencias de interesse e comparar com outras rotas metabólicas (CLUSTALW) É importante fazer parceria com Bioinformatas para buscas mais detalhadas.

75 Outros programas

76

77 Fibroblasto

78

79 Prospecção gênica e Bioinformática
Grato pela atenção Apresentador: Adilson Jayme-Oliveira – Orientadora: - (61) Embrapa Cerrados