R aplicado a Epidemiologia

R aplicado a Epidemiologia
Suzi Alves Camey Luciana Neves Nunes Departamento Estatística - UFRGS

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Pacotes Epidemiológicos
epibasix epicalc epiR epitools rmeta (Meta-analysis) survey (Complex survey analysis) R aplicado a Epidemiologia

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Título: A package for statistical analysis in epidemiology. Autores: Bendix Carstensen, Martyn Plummer, Esa Laara, Michael Hills et. al. Conteúdo: Funções para análise demográficas e epidemiológicas no Diagrama de Lexis, isto é, registro e acompanhamento de dados de coorte, incluindo intervalos com dados censurados e representação de multiestados de dados. Também apresenta algumas funções úteis para tabulação e gráficos. Contém alguns bancos de dados epidemiológicos. Endereço: R aplicado a Epidemiologia

ROC: data(births) help(births) attach(births) ROC(gestwks,(1-lowbw),plot="ROC“,MI=FALSE) R aplicado a Epidemiologia

epibasix Título: Elementary Epidemiological Functions for a Graduate Epidemiology Course Autor: Michael A Rotondi Conteúdo: Esse pacote contém ferramentas elementares para análise de problemas epidemiológicos comuns, tais como cálculo de tamanho de amostra, análise de tabelas 2x2 e medidas de concordância (kappa, sensibilidade/especificidade). Saídas e resumos apropriados são produzidos de maneira a facilitar a interpretação sempre que possível. Esse pacote está em desenvolvimento, portanto comentários e sugestões são bem vindos. O código é comentado para facilitar modificações. R aplicado a Epidemiologia

epibasix Tamanho da amostra para ensaio clínico randomizado: Suponha que uma nova droga promete reduzir o risco da doença de 0.10 para 0.03. n4props(0.03, 0.10, AR=1, alpha=0.05, power=0.80) R aplicado a Epidemiologia

epicalc Título: Epidemiological calculator Autor: Virasakdi Chongsuvivatwong Conteúdo: Funções para fazer o R fácil para cálculos epidemiológicos. Endereço: Dica: Curso On Line - Próxima turma Jan/09 R aplicado a Epidemiologia

epicalc Medidas de efeito table1 <- make2x2(25,70,22,7) cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1) cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1) table1 <- make2x2(70,7,22,25) R aplicado a Epidemiologia

epiR Título: Functions for analysing epidemiological data Autores: Mark Stevenson with contributions from Telmo Nunes, Javier Sanchez, and Ron Thornton. Conteúdo: Um pacote para analisar dados epidemiológicos. Contém funções para ajustar, direta ou indiretamente, medidas de freqüências das doenças. Endereço: R aplicado a Epidemiologia

epiR Estimação de prevalência: Uma amostra aleatória simples de 150 mulheres é selecionada de uma população de 2560. Cada mulher é avaliada por um instrumento rastreador de depressão. Sensibilidade = 96% Especificidade = 89% Casos positivos = 23 epi.prev(23, 150, 2560, se = 0.96, sp = 0.89, conf.level = 0.05) R aplicado a Epidemiologia

epitools Título: Epidemiology Tools Autor: Tomas Aragon Conteúdo: Pacote R para dados e gráficos epidemiológicos. Endereço: R aplicado a Epidemiologia

epitools Risco relativo pessoa/ano Exemplo: Rothman 1998, p. 238 bc <- c(Unexposed = 15, Exposed = 41) pyears <- c(Unexposed = 19017, Exposed = 28010) rateratio.wald(bc,pyears) R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr Instalação como os demais pacotes Carregar: Na primeira vez vai solicitar a instalação de pacotes auxiliares R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: banco de dados R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: banco de dados - texto
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Rcmdr: banco de dados - SPSS

Rcmdr: banco de dados - Excel

Rcmdr: Descritivas R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Qui-quadrado R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Qui-quadrado O R representa os números com notação científica. 7.764e-09 = R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Qui-quadrado O Rcmdr só permite análises compatíveis com o tipo de variável que há no banco de dados R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Regressão logística

A função summary não exibe a estimativa do O.R. Usar função logistic.display do pacote epicalc para obter O.R. R aplicado a Epidemiologia

Para usar a função o pacote deve estar carregado Digitar o comando e clicar em submeter R aplicado a Epidemiologia

Comando para regressão logística condicional (caso-controle pareado). Precisa do pacote survival R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Regressão de Poisson
Precisamos dos pacotes carregados nessa ordem: epicalc Rcmdr lmtest sandwich R aplicado a Epidemiologia

Clicar 2x em “poisson” para mudar a função link R aplicado a Epidemiologia

O erro padrão da estimativa apresentada nessa saída não é robusta para resposta binária. Nesse caso devemos usar um estimador robusto. R aplicado a Epidemiologia

Antes de estimar o erro padrão robusto temos que tratar os valores faltantes adequadamente. Caso contrário não conseguimos fazer a estimativa robusta. R aplicado a Epidemiologia

Comandos para comparar modelos e estimar o erro padrão robusto. O erro padrão cai de para R aplicado a Epidemiologia

Comando para calcular a exponencial do parâmetro e o respectivo IC. Estimativa e IC95% R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: teste t R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: teste t Primeiro testar se as variâncias são iguais!

Rcmdr: teste t p>0,05  variâncias iguais
p0,05  variâncias diferentes R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova Primeiro categorizar variável women em três grupos com igual amplitude. R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova Para escolher mais do que um fator pressionar Ctrl

Rcmdr: Anova Essa tabela de Anova não é a que usamos tradicionalmente. Teremos que construir a tabela tradicional. R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova Este é o comando Tabela Anova R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova Comando para teste de Tukey para comparações múltiplas. Novo modelo deve ser construído para as comparações múltiplas do fator principal a ser testado. R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova Comando para calcular médias e IC para a interação dos dois fatores. É necessário o pacote effects Médias e IC para a interação dos dois fatores. R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Anova Comando para gráficos das médias e IC para a interação dos dois fatores. R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Regressão linear

Rcmdr: Salvar – resultados

Rcmdr: Salvar – dados R aplicado a Epidemiologia

Rcmdr: Salvar – sintaxe

Rcmdr: Exportar dados R aplicado a Epidemiologia

BOM CONGRESSO!

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