Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group1 A database made in.

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1 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group1 A database made in Portugal for the analysis of transcription regulatory associations in yeast Regulators Search Yeast And Consensus Tracking Transcriptional

2 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group2 Motivation For a given ORF/Gene, identify regulatory associations Search for Transcription Factors (TFs) acting on that ORF/Gene Use SGD or RSAT to retrieve the promoter sequence Use TRANSFAC or SCPD to get a list of TFs binding sites Use RSAT to search TFs bind sites within the promoter region Use PUBMED to search for bibliographic references TRY TO IDENTIFY REGULATORY ASSOCIATIONS...

3 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group3 Motivation www.yeastract.com

4 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group4 Concepts Gene Ontology Process Function Component Gene Protein Consensus

5 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group5 Conceptual Model

6 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group6 Data Extraction YEASTRACT txt RSA Tools 34400 RA from >1000 bibliographic references

7 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group7 Graphic depictions of Transcriptional Regulatory Networks

8 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group8 Yeastract-Discoverer

9 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group9 Motif finders output

10 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group10 # Accesses to YEASTRACT 28 Jul 2008 – 28 Jul 2009 >80 different countries >300 different institutions >16 000 visits >160 000 pageviews

11 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group11 Origin of YEASTRACT users Map overlay – city view

12 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group12 Origin of YEASTRACT users Ranking of Countries – top 20 1.United States 2.Portugal 3.Germany 4.Spain 5.United Kingdom 6.France 7.China 8.Japan 9.Taiwan 10.Mexico 11. India 12. Switzerland 13. Brazil 14. Poland 15. Canada 16. Australia 17. Italy 18. Sweden 19. Netherlands 20. Israel

13 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa technology from seed 30-07-09KDBIO Group13 An example of successful cooperation