Professoras Celina e Marília, Maio de 2011.. Estudo e Implementação de e Expectativas Futuras sobre a Técnica. Ordenação por Reversão com Sinal Professoras.

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1 Professoras Celina e Marília, Maio de 2011.

2 Estudo e Implementação de e Expectativas Futuras sobre a Técnica. Ordenação por Reversão com Sinal Professoras Celina e Marília, Maio de 2011.

3 Estudo e Implementação de e Expectativas Futuras sobre a Técnica. Ordenação por Reversão com Sinal por Fernando Chirigati, Rafael Dahis, Rafael Lopes e Victor Bursztyn, Engenharia de Computação & Informação. Professoras Celina e Marília, Maio de 2011.

4 Introdução

5 Implementação

6 IntroduçãoImplementaçãoConclusões

7 IntroduçãoImplementaçãoConclusõesTrabalhos Futuros

8 IntroduçãoImplementaçãoConclusõesTrabalhos Futuros Comparar genomas = descobrir a distância entre genes Reversão = um tipo de operação de reorganização das bases de um gene Ordenação por reversão = reordenar uma cadeia utilizando somente reversões 3 5 2 1 4 3 1 2 5 4 L -3 +3 +2 -2 +1 -1 -4 +4 +5 -5 R

9 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução Desenvolvimento em C Alocação dinâmica de memória Limitação de Escopo: não consideramos tratamento de componentes ruins Mas devemos sempre fazer o teste! Algoritmo termina se encontrar alguma

10 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução Desenvolvimento em C Limitação de Escopo: não consideramos tratamento de componentes ruins Mas devemos sempre fazer o teste! Vamos ao que interessa...

11 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução Fluxo: 1- Pré-processamento da entrada 2- Criação das arestas de desejo 3- Criação das arestas de realidade 4- Procurar todas as componentes 5- Enquanto número de ciclos != n +1 : aplicar reversões, “making sure” que elas não criaram componentes ruins 6- Criar arquivo de saída, salvar output

12 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução 4- Procurar todas as componentes Numerar as arestas de realidade Caminhar pelas arestas Encontrando ciclos Definindo componentes (conjunto de ciclos) Componente será ruim se não houver ao menos duas arestas divergentes em um de seus ciclos

13 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução 5- Enquanto número de ciclos != n +1 : aplicar reversões, “making sure” que elas não criaram componentes ruins Para cada componente, para cada ciclo dentro do componente: se houver arestas divergentes: Reverter ! (inverter essas arestas de realidade) Se essa reversão não criou ciclos ruins: prosseguir. Caso contrário: testar outra possível reversão

14 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução Exemplo de arquivo de saída

15 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos FuturosIntrodução

16 ImplementaçãoConclusõesTrabalhos Futuros Tudo sobre os trabalhos futuros aqui (Victor) Introdução

17 Obrigado. Perguntas? por Fernando Chirigati, Rafael Dahis, Rafael Lopes e Victor Bursztyn, Engenharia de Computação & Informação. Professoras Celina e Marília, Maio de 2011.