Seqüenciamento e genômica

Apresentação em tema: "Seqüenciamento e genômica"— Transcrição da apresentação:

1 Seqüenciamento e genômica
Descrição rápida de algumas estratégias de seqüenciamento e anotação.

2 Alguns genomas... Haemophilus influenzae, Science 1995:
“Whole genome random sequencing na Assembly of Haemophilus influenzae Rd.” No Brasil, Xylella fastidiosa, Nature 2000 The genome sequence of the plant pathogen “Xylella fastidiosa.” Genoma humano: Science e Nature, fevereiro de 2001

3 Shotgun

4 Shotgun hierárquico

5 ESTs Etiquetas de genes expressos – Expressed sequence tags
Biblioteca de cDNA – mRNA amplificados por uma transcriptase reversa clonado em plasmídeos Permite comparações entre tecidos ou ciclos/fases da vida do organismo (estudos de expressão)

6 ORESTES – ORF ESTs PCR inespecífico Dias-Neto (2000) PNAS 97(7):3491

7 Vetores... YAC - BAC – Cosmídeos Plasmídeos

8 Base calling

9 Base calling PHRED – um dos programas mais utilizados
PHRED quality = - 10 log (Pe) Regiões de baixa qualidade

10 Base calling Pe PHRED Quality 0,1 10 0,01 20 0,001 30 O,0001 40
0,00001 50 0,000001 60

11 Mascaramento de vetores e “trimming”
Mascaramento das seqüências de baixa qualidade “trimming” – remoção dos primers Mascaramento das seqüências dos vetores de clonagem Cross Match – compara a seqüência obtida com um banco de dados de seqüências a serem removidas

12 Agrupamento de seqüências
PHRAP CAP3 TIGR Assembler Formação de contigs GAPS!!!

13 Agrupamento de seqüências - Gaps
Seqüências repetitivas: AAATTAAA; AAAGGAAA; AAACCAAA AAAGGAAACCAAATTAAA? AAAGGAAATTAAACCAAA? AAACCAAAGGAAATTAAA? AAATTAAACCAAAGGAAA????

14 Agrupamento de seqüências - Gaps
Segmentos do genoma não clonado Incompatibilidade com o vetor? Acaso? Genes letais?

15 Agrupamento de seqüências - Visualização
PHRAP View CONSED

16 Agrupamento de seqüências - Visualização
Interface do programa Consed

17 Anotação O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs???

18 Anotação O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs??? Buscas por similaridade
Programas de previsão ORFs GENESCAN, GENOMESCAN Sabiá, para anotação de bactérias, LNCC Bancos de dados biológicos!!!

19 Depois do genoma??? OMAS: Estudos de expressão gênica: ESTs, ORESTEs;
Transcriptoma; Proteoma; Estudos de expressão gênica: ESTs, ORESTEs; Microarrays; SAGE; ...

20 Quantos genomas (10/2004)? 1.628 de vírus
174 de bactérias e arqueobactérias 20 de eucariotos Francisco Prosdocimi e Fabrício R. Santos. Sobre bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje, 35 (209):