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PublicouNathan Canal Alterado mais de 10 anos atrás
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National Center for Biotechnology Information - é uma das principais fontes de informação sobre genes e proteínas da atualidade. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
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Ferramenta para pesquisa de similaridade de seqüências de DNA e proteínas O que é o BLAST BLAST – Basic Local Alignment Search Tool Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básica Compara uma seqüência de DNA ou aminoácido com um banco de dados de seqüências de DNA ou aminoácidos.
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QueryQuery: seqüência submetida pelo usuário. SubjectSubject: seqüência do banco de dados similar à query E-valueE-value: controla o quanto a seqüência do banco de dados deve ser similar à query para ser listada. ScoreScore: medida da perfeição do alinhamento encontrado.
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BLASTNBLASTN - seqüência de nucleotídeos contra um banco também de nucleotídeos. BLASTPBLASTP - seqüência de aminoácidos contra um banco também de aminoácidos. BLASTXBLASTX - seqüência de nucleotídeos traduzida nos seis quadros de leitura contra um banco de aminoácidos.
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TBLASTNTBLASTN - seqüência de aminoácidos contra um banco de nucleotídeos traduzido nos seis quadros de leitura. TBLASTXTBLASTX - seqüência de nucleotídeos traduzida nos seis quadros de leitura contra um banco de nucleotídeos também traduzido nos seis quadros de leitura.
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Valor E SignificadoSignificado - determina a probabilidade do alinhamento ser devido ao acaso ObservarObservar - quanto menor seu valor, melhor (quer dizer que há menor chance do alinhamento ter ocorrido ao acaso, ou seja, as seqüências são homólogas) DependeDepende do comprimento da seqüência query e do comprimento do banco de dados
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Como usar o BLAST filtro regiões de baixa complexidade banco de dados Seqüência (FASTA) máximo valor de E
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Total de seqüências no banco de dados Resultado do BLAST - cabeçalho Seqüência submetida resultado gráfico
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Resultado do BLAST – lista de seqüências similares Identificação no banco score valor E descrição
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Resultado do BLAST - alinhamento estatísticas query subject
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www.ebi.ac.uk/embl/ The EMBL Nucleotide Sequence Database DDBJ Homepage www.ddbj.nig.ac.jp/ Protein Data Bank www.rcsb.org/pdb/ the Gene Ontology www.geneontology.org/
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