11 Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica Prática Prospecção gênica e Bioinformática Adilson Jayme de Oliveira/IFB-Planaltina, Doutorando IF.

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1 11 Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica Prática Prospecção gênica e Bioinformática Adilson Jayme de Oliveira/IFB-Planaltina, Doutorando IF Goiano Rio Verde adilson.oliveira@ifb.edu.br

2 Aula Prática Bioinformática (Individual ou Duplas) 1ª parte –Acesso aos links com os exemplos sugeridos –Para quem preferir a tradução do Inglês para o Português, acesse os links no Google CHROME 2ª parte –Livre acesso de acordo com a área de interesse individual.

3 Sequencia bruta Retirada Vetor Fase aberta de leitura (ORF) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ gorf/gorf.html) Consensos da expressão gênica (transcrição e tradução) (http://www- bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/) Comparação com seqüências depositadas (www.ncbi.nlm.nih.gov) Análise estrutural (Vlahoviček, Kristian et al. 2003) http://hydra.icgeb.trieste.it/dn a/index.php) Consenso com elementos repetitivos (transposons) Ações necessárias e anotações genéticas mais frequentes

4 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Ferramenta para obtenção e análise de sequências/estruturas de ácidos nucléicos e peptídeos Ferramentas Bioinformática

5 Registro e confirmação por email

6 Tutoriais e Redes Sociais

7 Após a anotação (automática ou manual) as sequência são disponibilizadas nos bancos de dados. Ferramentas Bioinformática 1) O pesquisador obteve a sequência e quer saber do que se trata. ?

8 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/ blink.cgi?mode=query MGTHGTSNGTHGAIRVTGVHDTGILGGGGHTGMPGAAGMGPM ARVTAPQHKTGGILRRSSSSSSSSSSEDDGMGGCRMKGLKEKI KEKMPGGHKGNQGKATAPGAYSGMTGYTGPTSTGTTGGHGT TTTKGTHEKKRFMEKVKEKLPGQH Sequencia de Aminoácidos (Proteína)

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10

11

12 Lista de hits

13 Clique sem selecionar

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15 GenPept

16 Identical Protein

17 FASTA

18 Graphics

19 Graphics: referências RNAm

20 GenBank

21 Graphics: referências RNAm

22 Full Report LOC101778762

23 Map Viewer LOC101778762

24 NW_004675968.1 (not localized on the chromosome)

25 Map Viewer LOC101778762

26 NW_004675968.1 (not localized on the chromosome)

27 Full Report LOC101778762

28 Link externo => 2º exemplo

29 Voltar ao Resultado Inicial

30 Distance tree of results

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32 Multiple alignment

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34 PubMed

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38 Ferramentas Bioinformática 2) O pesquisador tem um problema biológico e quer obter o DNA de interesse. ? Bioativos X Produtividade X tolerância a doenças (?)

39 http://www.genome.jp/kegg/

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41 Setaria italica (foxtail millet)

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44 Beta caroteno ABA Castasterona Brassinosteroide

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48 CYTR - Citocromo c oxidase (complexo IV), sensível ao cianeto CYTR desempenha um papel importante na transferência de elétrons a partir de compostos de ricos em elétrons (nucleotídeos de piridina reduzidos, malato e succinato para sintetizar ATP e água).

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50 Tela abaixo

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53 Blast + completo

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58

59 Ortholog

60 Paralog

61 GFit

62 Motif

63 Align

64 N-J Tree

65 Dendogram

66 http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind_sub?mode=bfind&max_hit=1000&dbkey=pathway&keywords=carotenoid&mode=bfind http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?map00906 Mapa vias de biossíntese de carotenóide Mandioca Arroz Soja

67 Luteína Zetacaroteno Beta-caroteno Ácido Abscísico Violaxantina

68 Luteína Zetacaroteno B- caroteno Ácido Abscísico Violaxantina

69 KEGG - Banco de vias metabólicas http://www.genome.jp/kegg

70 Ácido Abscísico Violaxantina

71 Interligação entre as vias

72 Lista das vias depositadas http://www.genome.jp/kegg/pathway.html

73 Mapa metabólico não elaborado - busca do gene

74 Usuário x Bioinformatas Nem todos os genes estão depositados nas bases de dados: retiradas ou com patentes envolvidas) Estresse (seca, frio, calor): desencadeiam proteínas similares Estratégia: –buscar as sequencias nas rotas metabólicas (metabolômicas) –armazenar em bibliotecas as sequencias de interesse e comparar com outras rotas metabólicas (CLUSTALW) É importante fazer parceria com Bioinformatas para buscas mais detalhadas.

75 Outros programas

76 http://proteome.tmig.or.jp/2D/index_body.html

77 Fibroblasto http://proteome.tmig.or.jp/2D/index_body.html

78 http://net.icgeb.org/index.php?id=4

79 Prospecção gênica e Bioinformática Grato pela atenção Apresentador: Adilson Jayme-Oliveira – adilson.oliveira@ifb;edu.br Orientadora: ana-maria.costa@embrapa.br - (61) 3388.9804 - Embrapa Cerrados