Extração de pau-brasil e o escambo O pau-brasil (que os índios chamavam de ibirapitanga) era a principal riqueza de crescente demanda na Europa. Estima-se que havia, na época do descobrimento, mais de 70 milhões de árvores do tipo, abundando numa faixa de 18km do litoral do Rio Grande do Norte até a Guanabara. Quase todas foram derrubadas e levadas para a Europa. A extração foi tanta que atualmente a espécie é protegida para não sofrer extinção. Para explorar a madeira, a Coroa adotou a política de oferecer a particulares, em geral cristãos-novos, concessões de exploração do pau-brasil mediante certas condições: os concessionários deveriam mandar seus navios descobrirem 300 léguas de terra, instalar fortalezas nas terras que descobrissem, mantendo-as por três anos; do que levassem para o Reino, nada pagariam no primeiro ano, no segundo pagariam um sexto e no terceiro um quinto. Os navios ancoravam na costa, algumas dezenas de marinheiros desembarcavam e recrutavam índios para trabalhar no corte e carregamento das toras, em troca de pequenas mercadorias como roupas, colares e espelhos (prática chamada de “escambo"). Cada nau carregava em média 5.000 toras de 1,5m de comprimento e 30kg de peso.

Capitânias Hereditárias A apatia só iria cessar quando D. João III ascendeu ao trono. Na década de 1530, Portugal começava a perder a hegemonia do comércio na África do sul e no Indico. Circulavam insistentes notícias da descoberta de ouro e de prata na América Espanhola. Então, em 1532, o rei decidiu ocupar as terras pelo regime de capitanias, mas num sistema hereditários, pelo qual a exploração passaria a ser direito de família. O capitão e governador, títulos concedidos ao donatário, teria amplos poderes, dentre os quais o de fundar povoamentos (vilas e cidades), conceder sesmarias e administrar a justiça. O sistema decapitânias Hereditarias implicava na divisão de terras vastíssimas, doadas a capitães-donatários que seriam responsáveis por seu controle e desenvolvimento, e por arcar com as despesas de colonização. Foram doadas aos que possuíssem condições financeiras para custear a empresa da colonização, e estes eram principalmente "membros da burocracia estatal" e "militares e navegadores ligados à conquista da Índia" (segundo Eduardo Bueem "História de Brasil"). De acordo com o mesmo autor, a sugestão teria sido dada ao rei por Diogo De Gouveia, ilustre humanista português, e respondia a uma "absoluta falta de interesse da alta nobreza lusitana" nas terras americanas. Foram criadas, nesta divisão, quinze faixas longitudinais de diferentes larguras que iam de acidentes geográficos no litoral até o Meridiano das Tordesilias, e foram oferecidas a doze donatários. Destes, quatro nunca foram ao Brasil; três faleceram pouco depois; três retornaram a Portugal; um foi preso por heresia (Tourinho) e apenas um se dedicou à colonização (Duarte coelho em Pernambuco).

Governos Gerais Tomé de Sousa-Após o fracasso do projeto de capitanias, o rei João III unificou as capitanias sob um Governo-Geral do Brasil e em 7 de janeiro de 1549 nomeou Tomé de Sousa para assumir o cargo governador-geral. A expedição do primeiro governador chegou ao Brasil em 29 de março do mesmo ano, com ordens para fundar uma cidade para abrigar a sede da administração colonial. O local escolhido foi a Baía de Todos os Santos e a cidade foi chamada de São salvador da baía de todos os santos. As condições favoráveis da terra, o clima quente, o solo fértil, a excelente posição geográfica, fizeram com que o rei decidisse reverter a capitania para a Coroa (expropriando-a do donatário Pereira Coutinho). As tarefas de Tomé de Sousa eram tornar efetiva a guarda da costa, auxiliar os donatários, organizar a ordem política e jurídica na colônia. O governador organizou a vida municipal, e sobretudo a produção açucareira: distribuiu terras e mandou abrir estradas, além de fazer construir um estaleiros.