National Center for Biotechnology Information - é uma das principais fontes de informação sobre genes e proteínas da atualidade.
Ferramenta para pesquisa de similaridade de seqüências de DNA e proteínas O que é o BLAST BLAST – Basic Local Alignment Search Tool Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básica Compara uma seqüência de DNA ou aminoácido com um banco de dados de seqüências de DNA ou aminoácidos.
QueryQuery: seqüência submetida pelo usuário. SubjectSubject: seqüência do banco de dados similar à query E-valueE-value: controla o quanto a seqüência do banco de dados deve ser similar à query para ser listada. ScoreScore: medida da perfeição do alinhamento encontrado.
BLASTNBLASTN - seqüência de nucleotídeos contra um banco também de nucleotídeos. BLASTPBLASTP - seqüência de aminoácidos contra um banco também de aminoácidos. BLASTXBLASTX - seqüência de nucleotídeos traduzida nos seis quadros de leitura contra um banco de aminoácidos.
TBLASTNTBLASTN - seqüência de aminoácidos contra um banco de nucleotídeos traduzido nos seis quadros de leitura. TBLASTXTBLASTX - seqüência de nucleotídeos traduzida nos seis quadros de leitura contra um banco de nucleotídeos também traduzido nos seis quadros de leitura.
Valor E SignificadoSignificado - determina a probabilidade do alinhamento ser devido ao acaso ObservarObservar - quanto menor seu valor, melhor (quer dizer que há menor chance do alinhamento ter ocorrido ao acaso, ou seja, as seqüências são homólogas) DependeDepende do comprimento da seqüência query e do comprimento do banco de dados
Como usar o BLAST filtro regiões de baixa complexidade banco de dados Seqüência (FASTA) máximo valor de E
Total de seqüências no banco de dados Resultado do BLAST - cabeçalho Seqüência submetida resultado gráfico
Resultado do BLAST – lista de seqüências similares Identificação no banco score valor E descrição
Resultado do BLAST - alinhamento estatísticas query subject
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