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National Center for Biotechnology Information - é uma das principais fontes de informação sobre genes e proteínas da atualidade.

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Apresentação em tema: "National Center for Biotechnology Information - é uma das principais fontes de informação sobre genes e proteínas da atualidade."— Transcrição da apresentação:

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2 National Center for Biotechnology Information - é uma das principais fontes de informação sobre genes e proteínas da atualidade.

3 Ferramenta para pesquisa de similaridade de seqüências de DNA e proteínas O que é o BLAST BLAST – Basic Local Alignment Search Tool Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básica Compara uma seqüência de DNA ou aminoácido com um banco de dados de seqüências de DNA ou aminoácidos.

4 QueryQuery: seqüência submetida pelo usuário. SubjectSubject: seqüência do banco de dados similar à query E-valueE-value: controla o quanto a seqüência do banco de dados deve ser similar à query para ser listada. ScoreScore: medida da perfeição do alinhamento encontrado.

5 BLASTNBLASTN - seqüência de nucleotídeos contra um banco também de nucleotídeos. BLASTPBLASTP - seqüência de aminoácidos contra um banco também de aminoácidos. BLASTXBLASTX - seqüência de nucleotídeos traduzida nos seis quadros de leitura contra um banco de aminoácidos.

6 TBLASTNTBLASTN - seqüência de aminoácidos contra um banco de nucleotídeos traduzido nos seis quadros de leitura. TBLASTXTBLASTX - seqüência de nucleotídeos traduzida nos seis quadros de leitura contra um banco de nucleotídeos também traduzido nos seis quadros de leitura.

7 Valor E SignificadoSignificado - determina a probabilidade do alinhamento ser devido ao acaso ObservarObservar - quanto menor seu valor, melhor (quer dizer que há menor chance do alinhamento ter ocorrido ao acaso, ou seja, as seqüências são homólogas) DependeDepende do comprimento da seqüência query e do comprimento do banco de dados

8 Como usar o BLAST filtro regiões de baixa complexidade banco de dados Seqüência (FASTA) máximo valor de E

9 Total de seqüências no banco de dados Resultado do BLAST - cabeçalho Seqüência submetida resultado gráfico

10 Resultado do BLAST – lista de seqüências similares Identificação no banco score valor E descrição

11 Resultado do BLAST - alinhamento estatísticas query subject

12 The EMBL Nucleotide Sequence Database DDBJ Homepage Protein Data Bank the Gene Ontology


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