Disciplina: Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III: Sistemas de Terminologia e Classificação em Saúde Stefan Schulz Universidade de Freiburg (Alemanha) stschulz@uni-freiburg.de

Organização da disciplina Calendário: 17.11. 18:30-21:30 Introdução, Aula expositiva 18.11. 18:30-21:30 Aula expositiva 24.11. 18:30-21:30 Aula expositiva / Laboratório 25.11. 18:30-21:30 Apresentação 01 / 02 / 03 01.12. 18:30-21:30 Apresentação 04 / 05 / 06 02.12. 18:30-21:30 Apresentação 07 / 08 / 09 05.12 18:30-21:30 Aula expositiva (UMLS), Laboratório 09.12. 18:30-21:30 Laboratório 10.12. 18:30-21:30 Apresentação 10 11.12. 18:30-21:30 Avaliação Suporte na elaboração dos trabalhos a combinar

Organização da disciplina Trabalhos: 01. ICNP, NANDA, Denise, Roosewelt 25.11. 02. MeSH, Camila, Guilherme 25.11. 03. GeneOntology, Ricardo 25.22. 04. CID, ICD-9 CM, Mônica, Graziele 01.12. 05. Digital Anatomist Fernando, Elizângela 01.12. 06. SIA-SUS, SIH-SUS, Elziane, Jeferson 01.12. 07. LOINC, Gisele Josimara 02.12. 08. AMB CBHPM, Eduardo, Viviane 02.12. 09. SNOMED CT, Read Codes, Polo, Heitor 02.12. 10. GALEN Nicolau 08.12. 11. UMLS

Conteúdo da disciplina (I) Justificativa Relevância da representação de conhecimento: documentação medica, comunicação cientifica, administração, recuperação de informação, Bases teóricas da representação de conhecimento: Semiótica / Lingüística, Filosofia, Matemática / Lógica, Ciência de computação, Biblioteconomia, Psicologia

Conteúdo da disciplina (II) Introdução de terminologia específica: classe, código, conceito, disjunção, termo, objeto, herança, hiponimo, hiperonimo, indivíduo, instância, taxonomia, meronimo, precision, pre-coordenação, recall, significado,... Visão geral e tipologia de sistemas de terminologia biomédica Terminologias Terminologias Tesauros Vocabulários Classificações Nomenclaturas Ontologias

Conteúdo da disciplina (III) Casuística: Analise de sistemas concretos: CID, MeSH, ICNP, NANDA, SNOMED CT, Read Codes, LOINC, AMB CBHPM, SIA-SUS, SIH-SUS, ICD-9 CM, GeneOntology, Digital Anatomist, GALEN (baseado em trabalhos de alunos) Unified Medical Language System (UMLS) (aulas práticas usando o UMLS knowledge source server e as fontes em formato de texto)

Dados / Informações / Conhecimento em Saúde e Ciências Biomédicas ? Códigos / Vocabulário Controlado Linguagem Natural

Termos controlados/ Códigos Linguagem Natural Detalhada Individual Espontânea Natural Ambígua Imprecisa Redundante Imprevisível Exato Compacto Consistente Processável Rígido Não intuitivo Granularidade Fixa Caro (manutenção)

Exemplo (1) Estatísticas epidemiológicas: número de óbitos por malária no estado do Pará em 2000 número de óbitos por causas externas em Curitiba em 2000 http://www.datasus.gov.br/

Exemplo (2) Pesquisa bibliográfica: Recuperar artigos na MEDLINE sobre alérgicas a antibióticos Recuperar também trabalhos sobre e.g. Asma e roxitromicina Exantema associado com clindamicina Henoch-Schonlein purpura associado com claritromicina

Exemplo (3) Pesquisa em bancos de dados de medicamentos: Quais medicamentos podem causar exantema e aumento de transaminases Quais antibióticos indicados em gestantes com abscesso periamigdaliano

Exemplo (4) PEP: sistema de alerta contra efeitos colaterais: Paciente tem úlcera de duodeno – médico prescreve Voltaren® Paciente tem gastrite antral – médico prescreve AAS (regra: antiinflamatórios não esteróides + lesões do trato digestivo superior = > ALERTA

Exemplo (5) Extração de Informação de protocolo de estudo clínico: Selecionar todos os pacientes que tem alterações do transito intestinal ...

Exemplo (6) Fixar preços de procedimentos terapêuticos: Agrupar procedimentos similares em termos de custo, tempo, recursos ...

Semiótica Teoria dos signos / símbolos Um símbolo representa um objeto / uma classe de objetos reais Lingüística = Semiótica dos signos da linguagem natural (palavras, frases...) Cuidado: Não confundir signos com os objetos designados, e.g. heart is_a organ heart is_a noun

Triangulo de Odgen & Richards pensamento, referencia, interpretante, conceito objeto , instancia referente indivíduo símbolo, signo „cadeira", "chair"

Triangulo de Odgen & Richards Símbolo, signo: representação de um conceito por meio de uma linguagem Objeto, referente, instância, indivíduo: Segmento de um mundo real ou fictício pensamento, referencia, interpretante, conceito Unidade de pensamento: Abstração de um conjunto de objetos baseada em propriedades que esses objetos têm em comum

Dois classes de símbolos Dados / Informações / Conhecimento em Saúde e Ciências Biomédicas ? Códigos / Vocabulário Controlado Linguagem Natural

Triangulo de Odgen & Richards conceito de infarto de miocárdio infarto de miocárdio do paciente #123456 “infarto do miocárdio” (Português) “myocardial infarction” (Inglês) “I21” (CID-10)

Exercício Usando o triângulo semiótico, descreva ambigüidade sinonímia engano nomes próprios conceitos + amplos, conceitos + estreitos Relacione o triângulo semiótico com conceitos da teoria de conjuntos (conjunto, subconjuntos, elemento, cardinalidade)

Conceitos fundamentais de Lingüística

Signos Linguísticos em, ão cardio, hepat, hepatite hepatite tipo B fonemas em, ão morfemas cardio, hepat, palavras hepatite frases hepatite tipo B O vírus da hepatite tipo B é transmitido sobretudo por meio do sangue. sentenças Granularidade textos Os vírus da hepatite tipo B (HBV) e C (HCV) são transmitidos sobretudo por meio do sangue. Usuários de drogas injetáveis e pacientes submetidos a material cirúrgico contaminado e não-descartável estão entre as maiores vítimas

Token / Type / Lexema quantas palavras ? “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead” quantas palavras ?

Palavras são... ocorrências (tokens) formas (types) lexemas (unidades lexicais) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead” 1 2 3 4 2 5 3 6 7 8 “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead” 1 2 3 4 2 5 2 6 3 7 “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

Gramática Regras de formação de unidades lingüísticas Sintaxe: Formação de frases / sentenças Morfologia Formação de palavras

Sintaxe, Semântica sintaxe: relações internas que mantêm os signos entre si “o cachorro está latindo” “o cachorro estão latindo” semântica: relação dos signos com o seu significado: “o cachorro está latindo” “o café está latindo”

Sintaxe, Semântica: outros signos Exemplo 1: códigos CID-10: sintaxe: letra + 2-3 algarismos, ponto depois do 2º algarism: Válido: D01, S10.3, inválido: 10D, $R2 Semântica: D01 = Carcinoma in situ de outros órgãos digestivos  Exemplo 2: linguagens de programação: sintaxe: válido: sqrt(a), inválido sqrt(a,b) semântica: inválido: a= -1; b = sqrt(a)

Lexicografia Termo: signo lingüístico (não só palavra) Léxico, dicionário: lista de termos com atributos lingüísticos e significação Critérios de inclusão / exclusão: Domínio (e.g. medicina, computação) forma básica (“neoplasia”, não “neoplasias”) atomicidade (“Escherichia coli”, não “neoplasia maligna do esôfago”) Glossário: definições de termos usando linguagem natural Relacoes semanticas

Relações Léxico-Semânticas Sinônimos : sentidos semelhantes: falecer = morrer Antônimos: significação oposta: distal  proximal Homônimos: escritas ou pronunciadas de modo idêntico, significação diferente: Homófonos: cassar  caçar Homógráfos : almoço (S)  almoço(V) Homônimos perfeitos = homófonos + homógrafos (são, verão)

Relações Léxico-Semânticas

Relações Semânticas (próprias) Hiperônimos : conceito mais geral: Coração  Órgão Hipónimos: conceito mais específico: Órgão  Coração Holónimos: Merónimos } inclusão: mão  dedo dedo  mão

Relações Semânticas (próprias)

Conceitos fundamentais de Filosofia e Lógica

Semântica de Categorias Aristóteles: genus proximum et differentia specifica Significação não é atômico: Pode ser reduzido a unidades semânticas feminina adulta humana Homem - + + Mulher + + + Menina + - + Fêmea + -

Semântica e Lógica Formal Descrição de relações semânticas entre entidades (objetos, classes) usando linguagem formal: Lógica de Primeira Ordem = Cálculo de Predicados Predicados unários classificam objetos: médico(Eduardo) = True médico(Roosewelt) = False M = { x | médico(x)} é o conjunto de todos os médicos Predicados binários representam relações: examina(Eduardo, João)

Semântica e Lógica Formal Introdução de variáveis e quantificadores permite asserções sobre classes de objetos: x: cirurgião(x)  médico(x) x,y: opera(x,y)  trata(x,y)

Relação taxonômica Principal relação de ordem em sistemas de classificação e terminologias Relaciona conceitos (classes) gerais com conceitos (classes) mais específicos Corresponde a Implicação entre predicados: x: A(x)  B(x) Inclusão entre conjuntos EA  EB Relação is-a entre conceitos A is-a B

Cuidados Não confundir is-a com outras relações: hexose biosynthesis is-a monosaccharide biosynthesis hexose biosynthesis is a hexose metabolism Não confundir is-a com instance-of: medico(Eduardo) Eduardo instance-of medico Eduardo  Emedico Teoria de conjuntos nem sempre aplicável: Marciano is-a Extraterrestre Preservativos previnem DST

Outras relações semânticas Propriedades algébricas: reflexiva: x: R(x,x) transitiva: x,y,z: R(x,y), R(y,z)  R(x,z) simétrica: x,y: R(x,y)  R(y,x) assimétrica: x,y: R(x,y)  not(R(y,x)) Exemplos: reflexiva transitiva simétrica assimétrica pai - - - + casado - - + - subconjunto + + - - descendente - + - +

Exercícios Caracterize as propriedades de típicas relações biomédicas UMLS SN reflexiva transitiva simétrica assimétrica part-of - + - + has-location + (?) + - + instance-of - - - + is a + + - + prevents - - (?) - + causes - + (?) - + precedes - + - + treats - - - + adjacent to - - + -

Sistemas de Terminologia Biomédica sinónimo: TERMINOLOGIAS termo geral para sistemas de codificação / classificação vocabulários (bio)médicos / clínicos nomenclaturas thesauri ontologias

Características Conceitos/classes: entidades de pensamento (abstrações de objetos) Termos: descrições dos conceitos em linguagem natural Códigos: strings de caracteres não ambíguos para designar um conceito

Conceitos, Termos, Códigos Conceitos/classes Termos, Códigos Objetos

Códigos nao significativos Exemplos de Códigos Códigos nao significativos 246.809.753-00 6711272-3 80020-100 D50.1 FR-CX 203 AIS 6671 C10.228.228.180.500 00132V-691214-004 C003221 Códigos aleatórios Códigos seqüenciais Códigos significativos

Códigos significativos vs. códigos não significativos Vantagens de códigos significativos Vantagens de códigos não significativos

Definição de Conceitos Extensão / Intensão Definição intensional: Gênero e características específicas Exemplo: Granulócitos sao leucócitos com granulos Definição extensional: conjunto de todos os conceitos mais específicos de um conceito mais amplo. Exemplo: Granulócitos: Neutrófilos, Eosinófilos, or Basófilos

Discussão Extensão / Intensão Vantagens de definições extensionais Vantagens de definições intensionais

Pré-Coordenação vs. Pós-Coordenação Termos complexos constituem uma classe Exemplo: “Neoplasia maligna da glândula tireóide” Termos complexos são construídos pela combinação de várias classes Exemplo: Patologia: “Neoplasia” Atributo: “maligno” Anatomia: “Glândula tireóide”

Interventional equipment Estrutura Categorial by technique 0.* Surgical procedure consists of 1.* Surgical deed has site has object has means has object has site has means has means has site has object Human pathology Interventional equipment Human anatomy

Semântica de Categorias Aristóteles: genus proximum et differentia specifica Significação não é atômico: Pode ser reduzido a unidades semânticas feminina adulta humana Homem - + + Mulher + + + Menina + - + Fêmea + -

Discussão Pré-Coordenação / Pós-Coordenação Vantagens de pré-coordenação de conceitos Vantagens de pós-coordenação de conceitos

Hierarquias simples / Hierarquias múltiplas árvore grafo dirigido vértice arco

Hierarquias Múltiplas / Herança múltipla Doença Infecciosa Doença do SNC Meningite Quais atributos são herdados ?

Doença inflamatória por Vírus morfologia: inflamação local: qualquer parte do sistema nervoso etiologia: vírus Doença inflamatória Doença viral Doença do SN morfologia: inflamação etiologia: vírus local: sistema nervoso central Doença inflamatória por Vírus Doença do SNC morfologia: inflamação etiologia: vírus local: sistema nervoso central Meningite Viral

Hierarquia simples Doenças inflamatórias Doenças inflamatórias causadas por vírus Doenças inflamatórias do sistema nervoso causadas por vírus Doenças inflamatórias do sistema nervoso central causadas por vírus Meningite viral

Discussão Hierarquias Simples / Hierarquias Múltiplas Vantagens de hierarquias simples Vantagens de hierarquias múltiplas

Tipologia de Sistemas de Terminologia Biomédica

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Terminologia / Tesauro Vocabulário Terminologia: Lista de Termos Tesauro: terminologia classificada por ordem alfabética ou por assunto, contendo sinônimos (e outras relações semânticas) Vocabulário: Terminologia ou Tesauro acompanhado por definições (N de Keizer, MIM 2000)

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Terminologia pâncreas aparelho digestivo fígado Brasil

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Tesauro (3) (1) has-part (2) (1) has-part (3) (1) (2) ANATOMIA (1) aparelho digestivo {trato digestivo, digestive tracet} (2) fígado {liver, hepar} (4) (3) pâncreas GEOGRAFIA (4) Brasil

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Vocabulário (3) (1) has-part (2) (1) has-part (3) (1) (2) ANATOMIA Parte do organismo onde ocorre a digestão dos alimentos (2) ANATOMIA Órgão onde ocorre a metabolização da maior parte dos nutrientes (1) aparelho digestivo {trato digestivo, digestive tracet} Glândula que produz o suco pancreático e alguns hormônios (2) fígado {liver, hepar} (4) (3) pâncreas Maior e mais populoso país da América Latina GEOGRAFIA (4) Brasil

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Sistemas de Classificação eu sou o mais organizado...

Qual é a melhor classificação ?

Sistema de Classificação Ideal Arvore (hierárquica simple) de classes subclasses Definição extensional das classes não terminais Disjunção de Classes: Nenhum indivíduo pertence a dois classes (não contando relação de inclusão de classes) Exaustão: Cada indivíduo pertence a uma classe

Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação Classes residuais “outros”, “não especificado”

Exemplo: CID 10 Capítulo I  Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99) Capítulo II  Neoplasias [tumores] (C00-D48) Capítulo III   Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos imunitários (D50-D89) Capítulo IV  Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90) Capítulo V  Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99) Capítulo VI  Doenças do sistema nervoso (G00-G99) Capítulo VII  Doenças do olho e anexos (H00-H59) Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95) Capítulo IX  Doenças do aparelho circulatório (I00-I99) Capítulo X  Doenças do aparelho respiratório (J00-J99) Capítulo XI  Doenças do aparelho digestivo (K00-K93) Capítulo XII  Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99) Capítulo XIII  Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99) Capítulo XIV  Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99) Capítulo XV  Gravidez, parto e puerpério (O00-O99) Capítulo XVI  Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96) Capítulo XVII  Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99) Capítulo XVIII  Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não classificados em outra parte (R00-R99) Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98) Capítulo XX  Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98) Capítulo XXI  Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde (Z00-Z99)

Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação Classes residuais “outros”, “não especificado”

F17.4 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de fumo - síndrome de abstinência com delirium E12.5 Diabetes mellitus relacionado com a desnutrição - com complicações circulatórias periféricas I10 Hipertensão essencial (primária) V62.2 Ocupante de um veículo de transporte pesado traumatizado em colisão com um veículo a motor de duas ou três rodas - pessoa viajando no exterior do veículo traumatizada em um acidente não-de-trânsito

Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação Classes residuais “outros”, “não especificado”

Classes residuais K13.7 Outras lesões e as não especificadas da mucosa oral K75.8 Outras doenças hepáticas inflamatórias especificadas X25.8 Contato com outros artrópodes venenosos especificados - outros locais especificados

Semântica das Classes residuais A20 Peste A20.0 Peste bubônica A20.1 Peste celulocutânea A20.2 Peste pneumônica A20.3 Peste meníngea A20.7 Peste septicêmica A20.8 Outras formas de peste A20.9 Peste, forma não especificada EA20.9 = EA20 EA20.8 = EA20 - EA20.0 - EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Nomenclaturas Sistema de termos compostos obedecendo regras de composição pré-estabelecidas Consiste em “eixos” (idealmente) ortogonais Cada eixo constitui, em si, um sistema de classificação Examples: SNOMED ICNP

11 Eixos de SNOMED Topografico (anatômico) Morfológico Diagnóstico - Procedimentos Funcional Organismos vivos Químico Agentes físicos, ações e forças Contexto social Ocupações Geral

Exemplos T-01000 (pele) M-4300 (inflamação crônica) M-01735 (eritema papulovesicular) F-C3000 (reação de hipersensibilidade alérgica) F-A2300 (coceira). T-28000 (pulmão) M-40000 (inflamação) L-25116 (Streptococcus pneumoniae) .

Problemas Práticos em Sistemas de Nomenclatura Manuseio dificil “Sinonímia” - DB-6211 Diabetic nephropathy - DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + D7-11 Nephropathy - DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + DF Disease + G-C006 Located In + T-71 Kidney Redundancia - DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-71 Kidney, NOS Inconsistência DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-11 Bone -

Nomenclaturas Classificações Coleção de Dados Classificação de dados Paciente Caso Individual População Caracterização Typing Identificação Discriminação Comunicativo Distributivo Metas implícitas de observação Metas explícitas de observação Abertos para termos novos Fechados e predeterminados Criativo Reprodutivo Identificação Discriminação Descritivo Prescritivo Intensional Extensional Pós-Coordenação Pré-Coordenação Linguagem Containeres Pré - Definidos Ingenerf & Giere, 1998

Ingenerf / Giere, 1998

Sistemas de Terminologia Tesauros Terminologia Vocabulários Sistemas de Terminologia Classificações Ontologias Nomenclaturas

Exemplos de Sistemas de Terminologia

Gene Ontology

Gene Ontology (I) Vocabulário controlado para descrição de componentes celulares, funções moleculares e processos biológicos. esforço colaborado e dirigido a necessidade da descrição do produto de genes em diferentes bases de dados. Num contexto celular o GO descreve o comportamento do produtos de gene

Gene Ontology (II) Define conceitos comuns em toda biologia Referência para classificar genes e produtos de genes de várias bases

O que a Gene Ontology não é Não é uma base de dados de seqüências de genes, nem catalogo de produtos de genes. Não é uma base de dados biológicas unificada. Não é um padrão ditado ou exigido a nomenclatura através das bases de dados.

GO: Três Sub-Ontologias Função Molecular (atividade): ação característica de um produto de gene (bioquímico) Processo Biológicos: fenômeno marcado por mudanças que conduzem a um resultado particular, medidas por produtos de gene” Componentes celular: é uma condição que é parte de um objeto maior, podendo ser uma estrutura anatômica.

Arquitetura da Gene Ontology Dois princípios classificatórios Is-a Part-of Hierarquias múltiplas Gráficos Acíclicos Dirigidos (DAGs) Conectada com um banco de dados de genes e produtos de genes

Gene caracterizado por conceitos das três sub-ontologias: Processo Biológico Componente Celular Função Molecular Gene

Bibliografia http://yanomami.fmrp.usp.br/cbab/programa.php http://www.geneontology.org/doc/GO.doc.html http://www.godatabase.org/dev/

Medical Subject Headings (MeSH)

MeSH: Tesauro MeSH Vocabulário controlado para descrever trabalhos científicos em MEDLINE Conjunto de termos denominados descritores (descriptors) em uma estrutura hierárquica que permite pesquisa em vários níveis de especificidade

MeSH: Hierarquias MeSH No nível mais geral da estrutura hierárquica estão as entradas mais amplas “Anatomia”, “Desordens Mentais” No nível mais específico são encontradas as entradas mais específicas “Tornozelo”, “Desordens de Condução Nervosa” Existem hierarquias múltiplas. Existem caminhos diferentes para alcançar um descritor

MeSH: Hierarquias Múltiplas: Exemplo Tree numbers diferentes Cells [A11] Blood Cells [A11.118] Leukocytes [A11.118.637] Leukocytes, Mononuclear [A11.118.637.555] Lymphocytes [A11.118.637.555.567] Hemic and Immune Systems [A15] Blood [A15.145] Blood Cells [A15.145.229] Leukocytes [A15.145.229.637] Leukocytes, Mononuclear [A15.145.229.637.555] Lymphocytes [A15.145.229.637.555.567] Immune System [A15.382] Leukocytes [A15.382.490] Leukocytes, Mononuclear [A15.382.490.555] Lymphocytes [A15.382.490.555.567] MeSH ID comum: D008214

MeSH: Registro completo de um descritor ID, tree number(s) Termo preferencial (MeSH heading) Anotações Definição em texto livre (scope note) Sinônimos (entry terms) Atributos (qualifiers) Histórico do termo

MeSH: Atributos (qualifiers) Especificam o descritor de forma ortogonal Conjunto de atributos permitidos dependente do descritor Exemplos: Terapia Etiologia Prognóstico

Semântica do MeSH Não é uma classificação Significação dos links hierárquicos não especificada (broader term / narrower term) Descritor D2 “narrower” D1: nem sempre ED2  ED1 (extensões), mas: Conjunto de documentos relevantes para D2 é subconjunto dos documentos relevantes para D1

Semântica do MeSH - exemplo Heart [A07.541] Heart Valve [A07.541.510] part-of Mitral Valve [A07.541.510.507] is-a O conjunto de todas as válvulas mitrais não faz parte do conjunto de todos os corações, mas: O conjunto de todos os documentos que tratam de válvula mitral é um subconjunto de todos os documentos que falam de coração

MEDLINE e MeSH MEDLINE: Banco de dados bibliográficos em ciências de saúde Cada artigo cadastrado é manualmente indexado usando termos MeSH Existem várias implementações, a mais usada: PUBMED Pubmed busca no MEDLINE mapeando a expressão de busca o usuário pra termos MeSH

MeSH / Pubmed Mesh Browser: http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

CIPE/ICNP Classificação Internacional para a Prática de Enfermagem

CIPE / INCP Elaborado desde 1991 pelo Conselho Internacional de Enfermagem (CIE), contribuição brasileira desde 1997 Linguagem universal para descrever as práticas de enfermagem numa diversidade de locais, institucionais e não-institucionais Permitir comparação dos dados de enfermagem entre populações, clínicas, locais, áreas geográficas ou tempos diferentes. Demonstrar e projetar tendências sobre a prestação de tratamentos e cuidados e sobre a alocação de recursos aos doentes Disponibilizar dados para investigação científica Fornecer dados para gestão de qualidade e promoção de mudanças na políticas de saúde

CIPE: Principais Elementos Fenômenos de enfermagem (diagnósticos de enfermaria) Ações de enfermagem (as intervenções) Resultados de enfermagem

Âmbito da CIPE/ICNP

Fenômenos de Enfermagem Ações de Enfermagem A Foco da Prática A Tipo de Ação H Portador H Beneficiário B Juízo B Alvo G Probabilidade C Freqüência G Via C Recursos Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands. F Localização anatômica F Localização D Duração D Tempo E Topologia E Topologia

CIPE: Classificação dos Fenômenos de Enfermagem Eixos: A,B: obrigatórios C,D,E,F,G,H: opcionais A Foco da Prática H Portador B Juízo G Probabilidade C Freqüência Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands. F Localização anatômica D Duração E Topologia http://www.icn.ch/pdfinfo.htm Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.

CIPE: Definições dos eixos dos Fenômenos de Enfermagem (I) A. Foco da: Área de atenção social, ex: dor, auto-estima, pobreza. B. Juízo: Opinião clínica que determina a prática do profissional de enfermagem, ex. reforçado, inadequado, melhorado. C. Freqüência: número de ocorrências durante um intervalo de tempo, ex:Intermitente, freqüente. D. Duração: intervalo de tempo durante o qual um fenômeno de enfermagem ocorre, ex: agudo, crônico

CIPE: Definições dos eixos dos Fenômenos de Enfermagem (II) E. Topologia: região anatômica em relação a um ponto mediano ou extensão desta, ex: direito, parcial Localização Anatômica: posição anatômica ou a localização no organismo de um fenômeno de enfermagem, ex: olho, dedo G. Probabilidade: possibilidade de ocorrência de um fenômeno de enfermagem, ex: risco H. Portador: entidade relativamente à qual se pode dizer que possui o fenômeno de enfermagem, ex: família, individuo, comunidade.

CIPE: Exemplo 1 Eixos selecionados Termo selecionado Foco da prática Dor (A.1.1.1.13.3.1) Julgamento Aumentada (B.9) Freqüência Intermitente ( C.2) Lugar do corpo Pé (F.19) Topologia Direito (E.2.1) Diagnóstico: Dor aumentada e intermitente no pé direito. Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

CIPE: Exemplo 2 Eixos selecionados Termo selecionado Foco da prática Edema (A.1.1.1.7.3.1) Probabilidade Alto risco para (G.1.2) Lugar do corpo Mão (F.14) Portador Mulher mastectomizada (H.1) Topologia Direito (E.2.1) Diagnóstico: Alto risco de edema ou Alto risco para edema em mão direita de mulher mastectomizada Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

CIPE: Resultados de Enfermagem Medição ou Condição de um diagnóstico de enfermagem a intervalos de tempos após uma intervenção de enfermagem. Os resultado são produtos da intervenção, medido ao longo do tempo, sob a forma de mudanças efetuadas nos diagnósticos de enfermagem. Medida para descrever os resultados relacionados com os diagnósticos de enfermagem. Contribui para modelos de resultados de saúde mais amplos e genéricos.

Resultados de Enfermagem Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

CIPE: Classificação das Ações de Enfermagem Tipo de Ação Eixos: A: obrigatório, B,C,D,E,F,G,H: opcionais Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico. H Beneficiário B Alvo G Via C Recursos F Localização D Tempo Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands. E Topologia http://www.icn.ch/pdfinfo.htm

CIPE: Ações e Intervenções Ações de Enfermagem: Comportamento das enfermeiras na prática Intervenções de Enfermagem: Ação realizada em resposta a um diagnóstico de enfermagem, com a finalidade de produzir um resultado de enfermagem. Uma intervenção de enfermagem é composto por conceitos contidos nos eixos da Classificação das Ações. Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

CIPE: Definições dos eixos das Ações de Enfermagem (I) Tipo de Ação: realizações levadas à prática por uma ação, ex: ensinar, inserir, monitorizar. B. Alvo: entidade que é afetada ou que confere conteúdo à ação de enfermagem, ex: dor, latência, serviços domiciliários. C. Recursos: entidade usada no desempenho da ação de enfermagem. Inclui os instrumento e serviços, ex.ligadura, radioterapia. D. Tempo: orientação temporal de uma ação: eventos, episódios. Ex: na alta, intra-operatório, pré-natal. Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

CIPE: Definições dos eixos das Ações de Enfermagem (II) E. Topologia: Região anatômica em relação a um ponto mediano ou extensão desta. Ex: direito, parcial F. Localização: Posição anatômica no organismo e a localização geográfica. Ex: cabeça, braço, local de trabalho, domicílio. G. Via: Trajeto através do qual se realiza uma ação de enfermagem. Ex. Oral, subcutânea. H. Portador: Entidade a favor do qual a ação é realizada. Ex: individuo, grupo. Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

CIPE: Ações: Exemplo Almost all of the nouns not recognized were nominal compounds. Segmentation of them yields word stems from standatd medical language every medical student understands.

NANDA North American Nursing Diagnosis Association

NANDA - Objetivos Direcionar a padronização de linguagem dos diagnósticos de enfermagem Auxílio n prática clínica, informática/desenvolvimento de sistemas e desenvolvimento de linguagens.

NANDA - Vantagens Linguagem comum descreve práticas de enfermagem Melhora comunicação entre enfermagem e outros Incentiva investigação articulando dados disponibilizados por SI em enf e SIS Fornecer dados da prática de enfermagem Conhecido e difundido Multiaxial

NANDA - Desvantagens Poucos diagnósticos Linguagem não é de fácil assimilação Não contempla ações de enfermagem

NANDA - Diagnóstico de Enfermagem Descreve respostas humanas a condições de saúde Forma de expressar as necessidades de cuidados de quem necessita dos mesmos Exemplo: Alto risco para lesão de pele: se necessita de intervenção de enfermagem, é uma necessidade de cuidados.

NANDA - Taxonomia II 13 domínios: baseados em padrões funcionais de saúde. Cada um com pelo menos duas classes 106 classes: cada uma congrega um ou mais conceitos diagnósticos 155 conceitos diagnósticos - diagnósticos aceitos 07 eixos

NANDA - Eixos Eixos: 1 Conceito Diagnóstic 2 Tempo 7 3 Topologia Unidade de Cuidado 6 Descritor 4 Idade 5 Potencialidade

EIXOS: DIMENSÃO DA RESPOSTA HUMANA 1) Conceito diagnóstico – Principal elemento, a origem do diagnóstico 2) Tempo – Duração de um período, agudo, crônico, intermitente e contínuo 3) Unidade de Cuidado – A que população: indivíduo, família, grupo 4) Idade – Extensão de tempo: feto, neonato, lactente, criança, etc. 5) Estado de Saúde – Posição no “continuum”de saúde: bem estar, risco, real 6) Descritor –limita ou especifica um significado : alterado, ineficaz, potencial, aumentado 7) Topologia – Partes ou estruturas do corpo: auditivo, cerebral, oral, renal, cutâneo, visual

NANDA - Exemplo Nível Conteúdo Domínio 11 Classe 2 Segurança e proteção Classe 2 Lesão Física Conceito Diagnóstico Integridade de Pele Diagnósticos Aprovados Integridade de pele prejudicada Risco para integridade de pele prejudicada

CID (ICD) Classificação Internacional de Doenças

CID: Função O CID (internacional) é designado para: classificar dados de morbi-mortalidade com propósito estatístico; indexar arquivos hospitalares por doenças; armazenamento de dados e o seu resgate para pesquisa.

Versões da CID 1893: Primeira versão da CID para a codificação das causas de morte 1946: CID-6: também morbididade CID-9 até 1995 - 2000 Hoje: CID-10 em quase todos os países, mas ainda: CID-9-CM (modificações clínicas) nos EEUU: mais refinada, contém também uma classificação de procedimentos

CID: Código significativo 1º nível: capítulos: A-Z, mas tem capítulos com 2 letras (ex. cap. I) , e uma letra para 2 capitulos (ex. letra H) 2º nível: agrupamentos 3º nível: categorias (em algumas partes não há subdivisões) 4º nível: subcategorias

CID-10 21 capítulos, totalizando 250 grupos Capítulo I  Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99) Capítulo II  Neoplasias [tumores] (C00-D48) Capítulo III   Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos imunitários (D50-D89) Capítulo IV  Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90) Capítulo V  Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99) Capítulo VI  Doenças do sistema nervoso (G00-G99) Capítulo VII  Doenças do olho e anexos (H00-H59) Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95) Capítulo IX  Doenças do aparelho circulatório (I00-I99) Capítulo X  Doenças do aparelho respiratório (J00-J99) Capítulo XI  Doenças do aparelho digestivo (K00-K93) Capítulo XII  Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99) Capítulo XIII  Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99) Capítulo XIV  Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99) Capítulo XV  Gravidez, parto e puerpério (O00-O99) Capítulo XVI  Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96) Capítulo XVII  Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99) Capítulo XVIII  Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não classificados em outra parte (R00-R99) Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98) Capítulo XX  Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98) Capítulo XXI  Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde (Z00-Z99)

nível - não possui subdivisões 1 O. nível - Capítulos 2 O. nível - Agrupamentos 3 O. Nível - Categorias 4 O. Nível - Subcategorias CID 3 O. nível - não possui subdivisões ... ... I00-I99 ... ... M00-I99 ... ... ... ... ... ... ... I00-I02 I00-I02 I10-I15 M00-M03 M05-M14 ‘ ... ... I00 I01 I02 I10 I11 I15 M00 M01 M02 M03 M05 M06 M14 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... I01.0 I01.1 I01.9 I11.0 I11.9 M03.0 M03.1 M03.2 M03.6 M14.0 M14.1 M14.8

CID: Características ideais A princípio: Semântica is_a; Hierarquias simples; Monoaxialidade, Porquê ? Classes mutuamente exclusivas - ideal para análise estatística: Todas as classes se somam para 100 %

CID: Na prática... Classificação por mais de um código: Traumatismo (capítulo XIX) + causa externa (cap.XX) Hierarquias múltiplas “disfarçadas” em classes marcadas com * que apontam para uma classe em outra parte da hierarquia marcada com “+”. Exemplo: G02.0* Meningite em doenças virais classificadas em outra parte Meningite devida a adenovírus (A87.1+) Biaxialidade “disfarçada”, por exemplo nos capítulos de distúrbios mentais: 3º dígito: etiologia, 4º dígito: sintomatologia, leva a classes pouco plausíveis, ex. F17.6 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de fumo - síndrome amnésica

CID: Classes residuais Exemplo: A20 Peste A20.0 Peste bubônica A20.1 Peste celulocutânea A20.2 Peste pneumônica A20.3 Peste meníngea A20.7 Peste septicêmica A20.8 Outras formas de peste A20.9 Peste, forma não especificada EA20.9 = EA20 EA20.8 = EA20 - EA20.0 -EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7

Links para CID http://www.datasus.gov.br/ http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/sim/obtcid9br.htm http://www.datamos.gov.br/cid10/webhelp/cid10.htm http://www.dcc.ufmg.br/pos/html/spg97/anais/doc/luciano.doc http://www.funasa.gov.br/pub/Iesus/pdfs/iesus_vol7_3/iesus_vol7_3_4347.pdf http://icd9cm.chrisendres.com/ http://www.cms.hhs.gov/medlearn/icd9code.asp Referência: Tese de doutorado da Profª Cláudia Maria Moro Barra

FMA – Foundational Model of Anatomy

Anatomia Anatomia é a base de todas as ciências biomédicas Introdução Anatomia Anatomia é a base de todas as ciências biomédicas Manifestações da saúde e doenças referenciam estruturas anatômicas que variam no tamanho das moléculas às peças de corpo Sistemas de classificação de doenças ou procedimentos referenciam implícita (ex. CID) ou explicitamente (ex. CIPE) – mas: Não se usa um sistema de terminologia anatômica na rotina clínica

Formas de representar conhecimento anatômico: Informação Formas de representar conhecimento anatômico: Modelos gráficos: Modelos simbólicos: Brain has-part BrainStem Heart has-part MitralValve MitralValve is-a HeartValve

Digital Anatomist Foundational Model of Anatomy: Modelo simbólico mais elaborado e completo da anatomia humana Motivação original: Descrever estruturas anatômicas de um atlas digital de Anatomia

FMA: Taxonomia Taxonomia simples para todos os conceitos anatômicos (sem hierarquias múltiplas) Anatomical entity Physical anatomical entity Material physical anatomical entity Organ part Organ subdivision Subdivision of brain Subdivision of forebrain Subdivision of telencephalon Cerebral hemisphere

FMA: Partonomia Partonomia (conceitos classificados por “has-part”) . Hierarquias múltiplas. Body Nervous system Neuraxis Brain Forebrain Telencephalon Cerebral hemisphere Head Head proper

FMA: Outras relações Subrelações de Part-of: regional-part systemic part Relações de ramificação: Brachial artery Ulnar artery Common interosseous artery Anterior interosseous artery

FMA e uso em medicina FMA representa anatomia canônica (anatomia ideal) Não contém conceitos de anatomia patológica (ex. cisto renal, tumor de cólon...) Interpretação estrita de part-of (A implies part-of B  B implies has-part A) dificulta uso para representar conhecimento sobre casos concretos: (Apêndice  part-of Intestino  Intestino  has-part Apêndice) ???

FMA links Foundational Model Explorer: http://fme.biostr.washington.edu:8080/FME/index.html Para comparar: Modelo simbólico da anatomia do rato: http://www.informatics.jax.org/

SIA-SUS e SIH-SUS

SIH / SAI: Conceito SIH-SUS: Faturamento Hospitalar SAI-SUS: Faturamento Ambulatorial Controlar o pagamento Ambulatorial e Procedimento Hospitalar. Ministério da Saúde – Organização Pan-Americana de Saúde

SIH / SAI: Objetivo Faturamento Ambulatorial e Hospitalar dos Estabelecimentos de Saúde, vinculados ao Sistema Único de Saúde - SUS Utilizado exclusivamente no Brasil

SIH / SAI: Subdivisão dos Procedimentos 32 Grupos, distribuídos em 3 Blocos: Bloco 01 – Procedimentos de Atenção Básica (Grupos 01 a 05) Bloco 02 – Procedimentos Especializados (Grupos 07 a 22) Bloco 03 – Procedimentos Assistenciais de Alta Complexidade (Grupos 26 a 40)

SIH / SAI: Tipologia – Is_a Sub-Grupo 1 Grupo 01 Procedimento 1 G 02 Ações Médicas Básicas Consulta Médica Domiciliar Procedimentos Clínicos Bloco 01 Procedimento n Grupo n Sub-Grupo n

SIH / SAI: Código Significativo GG.SSO.DD-DV GG = Identifica o grupo de procedimentos (2 dígitos) SS = Identifica o subgrupo de procedimentos (2 dígitos) O = Representa o nível de organização dado a um determinado conjunto de ações de saúde (1 dígito) DD = Identifica o detalhamento do procedimento (2 dígitos) DV = Identifica o Dígito Verificador do código do procedimento (1 dígito)  

Estrutura da Tabela SIA-SUS código, nome do procedimento descrição de procedimentos valor do procedimento nível de hierarquia atividade profissional serviço/classificação         tipo de atendimento grupo de atendimento faixa etária CID – 10 motivo da cobrança   

SIH / SAI: Exemplo Grupo 01 – Ações Executadas por Profissionais de Enfermagem e Outros Profissionais de Saúde de Nível Médio Sub-grupo 02 - ATENDIMENTO INDIVIDUAL 0102207-5 CURATIVO POR PACIENTE Valor total vigente: 0,00 Nível Hierárquico: 01 02 03 04 05 06 07 08 Atividade: 01 60 64 76 90 91 92 93 Não exige Serviço Classificação Tipo de Prestador: 01 02 03 04 05 06 07 08 09 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Tipo de Atendimento: 00 Grupo de Atendimento: 00 Faixa Etária: 00 instituição Classe profissional

Estruturação dos Códigos SIH Tratamento Cirúrgico na Coluna Vertebral V Alta Complexidade Ortopedia Complexidade Redução Incruenta de Fratura de Úmero Média Complexidade

Exemplo Grupo 32 – Cardiologia Cirúrgica 32.038.04-6 Ligadura das Veias Cardio-Tuberositárias Bloco: Média/Baixa Complexidade Tipo de Procedimento: Principal não aceita secundário Faixa Etária: Geral Sexo: Ambos Média de Permanência: 03 dias

Faturamento Ambulatorial Fixo por procedimento Baseado em tetos (físico e financeiro) definidos na Programação individual por Prestador de Serviço Subdivido em grupos de atividade – Alta Complexidade, Média Complexidade e Atenção Básica Permite remanejamento entre Prestadores desde que do mesmo Grupo de Atividades

Faturamento Hospitalar valor base de tabela (SH, SP, SADT) acrescido dos valores dos procedimentos complementares (RN, UTI, SANGUE, OPM, ACOMP) realizados durante a internação hospitalar além dos valores da tabela, alguns hospitais recebem incentivos por serem instituições de ensino e pesquisa ( % da soma dos valores de serviços hospitalares e profissionais cobrados)

Faturamento SIH AIH 1 – geradora da cobrança AIH 2 - modelo manual extinto em 1994 AIH 3 – folha de continuação da AIH 1, quando o total de procedimentos ultrapassa 13 AIH 4 – codificação específica para cobrança de registro civil – Hospital Amigo da Criança AIH 5 – longa permanência, utilizada principalmente em internações psiquiátricas

SIH / SAI: Manutenção e Atualização contribuição dos Estados e Municípios avaliação de grupo na SAS – MS publicado no DOU – Portarias publicação no site http://www.datasus.gov.br/novidades/novidades.htm

LOINC LOGICAL OBSERVATION IDENTIFIER NAMES AND CODES

Definição Base de dados com nomes e códigos padronizados para a identificação de resultados de laboratório, observações clínicas e observações de estudos diagnósticos Lançado em 1996, versão atual com mais de 29.300 registros; Projeto colaborativo, mantido pelo Regenstrief Institute Distribuição gratuita Website: http://www.regenstrief.org/loinc

LOINC - Objetivos Facilitar a organização, troca e análise de resultados Unificar a identificação de resultados Organização para a troca de mensagens por: HL7(Health Level 7) ASTM (American Society of Testing and Materials) Somente identificar resultado do teste HL7: Health Level Seven (Comunicação) ASTM SNOMED : Systematized Nomenclature of Human and Veterinary Medicine(Vocabulário)

LOINC - Características A base de dados se encontra dividida em duas categorias principais : Laboratório: química, hematologia, serologia, microbiologia, toxicologia; Clínica: sinais vitais, hemodinâmia, ECG, ecografia obstétrica, estudos de função pulmonar; Adotado pela maioria dos laboratórios Norte Americanos.

LOINC - Componentes Cada registro do LOINC corresponde a um único resultado de teste laboratorial que indica os seguintes dados: Nome do componente pesquisado Propriedade/Medida Tempo Tipo de Amostra Escala Método Nome do componente pesquisado: Análise de componente como potássio, hemoglobina, antígeno de hepatitie C Propriedade/Medida: Medida de propriedades como concentração de massa, atividade enzimática Tempo: Se a medida for uma observação momentânea ou até observação regulada por tempo, como urina de 24 horas Tipo de Amostra: sangue, urina Escala: Tipo de escala como se a medida for quantitativa ou nominal Método: Método utilizados para produzir o resultado ou outra observação <Analito/componente>:<tipo de propriedade da observação ou medição>:<aspecto tempo>:<amostra>:<escala>:<método>

LOINC - Exemplo Componente CREATININA AMOSTRA ESCALA LÍQ.AMIN QUANTITATIVA LOINC 2159-2 MÉTODO ENZIMÁTICO TEMPO PT MEDIDA MASSA

LOINC Componente - Analito Nome principal <[analito].[subclasse].[sub-subclasse]> ^ CALCIUM.IONIZED HEPATITIS B VIRUS AB.IGG Challenge – sobrecarga ou tolerância (incluindo: tempo, substância utilizada, quantidade e via de administração) <[tempo] post [quantidade] [sustância] [via de administração])> ^ CORTICOTROPIN^1H POST DOSE INSULIN IV Ajuste <ajustes ou correções> CREATININE RENAL CLEARANCE^^CORRECTED FOR SURFACE AREA O componente é separado por “^” até em três subpartes

LOINC Propriedade - Medida Medida das quantidades relacionadas com uma substância. Principais: Massa (mg – g); Substância (moles – mEq); Número Atividade catalítica (atividade enzimática) Subcategorias: Concentração (mg/dl); Conteúdo (mg/g); Razão; Categorias/classes(mg/dia); Fração (porcentagem).

LOINC Tempo - Amostra Aspecto do tempo: amostra isolada ou coletada durante um intervalo de tempo. ALPHA 1 ANTITRYPSIN CLEARANCE:VRAT:24H:SER/PLAS+STL:QN HEMATOCRIT:VFR:PT:CSF:QN Tipo de amostra: soro, urina(SER, UR) Pode consistir em duas partes separadas por “^” Amostra^supersistema (ABO GROUP:TYPE:PT:BLD^NEWBORN:NOM) Diferentes testes combinando analito e amostra (mesmo analito amostras diferentes)

LOINC - Escala Especifica a escala utilizada para a medição. Tipos: Quantitativa: valor numérico contínuo Ordinal: categorias fixas :positivo/negativo Nominal: sem ordenamento natural :cor da urina Narrativo: texto descritivo: informe microscópico Exemplos: MAGNESIUM:SCNC:PT:SER/PLAS:QN: ESCHERICHIA COLI O157:H7 IDENTIFIED:PT:STL:NOM:ORGANISM SPECIFIC CULTURE

LOINC – Método Método específico utilizado para realizar o ensaio Exemplos: ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WESTERGREEN ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WINTROBE

LOINC – não contempla Instrumentação utilizada para medição; Quem verifica o resultado; Tamanho da amostra coletada; Onde foi realizada a coleta (no laboratório); Detalhes do local da coleta (sítio anatômico).

Classificação Brasileira Hierarquizada de Procedimentos Médicos

CBHPM Finalidade Histórico Como foi elaborada O que define Capítulos Classificação

CBHPM: Finalidade Lista ética e científica : transparência, segurança e respeito Garantir remuneração digna Elaborada por: AMB Sociedades de especialidades CFM Metodologia proposta pela FIPE Ética pois permite a identificação pela população de procedimentos médicos cientificamente comprovados.

CBHPM: Histórico Resolução CFM nº 1673/03 : “A CBHPM é adotada como padrão mínimo e ético de remuneração dos procedimentos médicos para o sistema de saúde suplementar” Em utilização desde ago/2003

CBHPM: Como foi elaborada Valores definidos considerando: Complexidade técnica Tempo de execução Atenção requerida Grau de treinamento necessário do profissional. FIPE : acessoria na pontuação 14 portes e 3 subportes (A, B, C) Unidade de Custo Operacional (UCO): depreciação, manutenção

CBHPM: O que define Inclui pós operatório Vídeo : 1,5x o valor Urgência e Emergência : +30% (noite e FS) Múltiplos procedimentos: Mesma via :100% do principal + 50% de cada adicional, DESDE QUE não haja código conjunto. Diferentes vias: 100% P + 70% dos demais Valores para auxiliares e anestesistas (30%) Condições de internação (hospedagem) : superior : 2x para operadoras, x+A particular

CBHPM: Capítulos Procedimentos Gerais Procedimentos Clínicos Ambulatoriais hospitalares Procedimentos Cirúrgicos e Invasivos divididos por sistemas humanos Procedimentos Diagnósticos e Terapêuticos divididos por especialidades

CBHPM: O Código : S&S Capítulo = proced. clínicos hospitalares* Monitorização Neurofisiológica intraoperatória 2.02.02.004-5 Capítulo = proced. clínicos hospitalares* Subdivisão=monitorizações* Nº seqüencial* Checksum * ordem alfabética

CBHPM: O Código : S&S Proced. cirurg. e invasivos Extensor próprio do dedo gordo (extensor hallucis longus) 3.07.03.003-2 Proced. cirurg. e invasivos Sistema músculo esquelético e articulações* Transplantes Musculares (com microanastomoses vasculares) * Nº seqüencial* Checksum * ordem alfabética

CBHPM: Classificação Código significativo Definições extensionais Possui uma estrutura de montagem Definições extensionais um conceito amplo define vários específicos Termos complexos várias classes dentro de um conceito Hierarquia simples. Semântica do tipo is_a

R$ 16,00 + R$ 11,50 x 0,200 = R$ 2,30 = R$ 18,30 ± 20%

SIA/SIH-SUS x CBHPM SIA/SIH-SUS CBHPM SUS Define habilitações Define critérios de permanência, faixa etária e sexo Definida por estados, municípios, secretarias de saúde Valores impostos Sistema de Saúde CBHPM Particulares, convênios Ética e valoriza o trabalho médico Definida pelas Sociedades e pela AMB Tabela de referência para médicos

CBHPM: Conclusão Cumpre sua finalidade Estrutura organizada Consulta online : trabalhosa Como referencial para cobranças é prática, mas não traz detalhes sobre os procedimentos

Bibliografia www.amb.org.br A tabela

SNOMED Systematized Nomenclature of Medicine

SNOMED: Histórico 1965-1976: Systematized Nomenclature of Pathology (SNOP)  Systematized Nomenclature of Medicine (SNOMED) 1993: SNOMED Internacional 1998: SNOMED RT (Reference Terminology) Descrições lógicas de conceitos 2000: SNOMED CT (Fusão com Read Codes) 2004 – 2009: SNOMED CT livremente disponível nos EEUU

SNOMED: Características (I) SNOMED é um sistema terminológico multi-axial tipo nomenclatura: Vantagem: Permite a codificação muito detalhada de qualquer tipo de entidade Desvantagens: Processo de codificação trabalhoso Existem várias alternativas para codificar a mesma entidade Risco de codificação redundante e inconsistente

SNOMED: Características (II) SNOMED é composta de 11 eixos: Topografico (anatômico) - T : anatomia funcional para medicina humana e veterinária Morfológico - M: alterações encontradas nas células, tecidos e organismos Diagnóstico - D: classificação de condições reconhecidas clinicamente encontradas na medicina humana e veterinária Procedimentos - P: procedimentos administrativos, diagnósticos e terapêuticos Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia dos processos da doença

SNOMED: Características (III) Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia dos processos da doença Organismos vivos - L: organismos com vida de etiologia significante na doença humana e animal Químico - C: drogas, produtos biológicos e manufaturados farmacêuticos Agentes físicos, ações e forças - A: compêndio de ações físicas, perigos físicos, e forças da natureza Contexto social - S: condições sociais e suas relações de importância para a medicina Ocupações - J: termos que descrevem a ocupação Geral - G: ligações, descrições e qualificações que se associam ou que modificam os termos contidos em cada eixo

SNOMED: Exemplo 1 D-13510 (Pneumonia pneumocócica) é equivalente a combinação de : T-28000 (código topográfico para pulmão); M-40000 (código morfológico para inflamação) L-25116 (código para Streptococcus pneumoniae do eixo de organismos vivos)

SNOMED: Exemplo 2 Dermatite atópica (D0-10130) equivale: T-01000 (código topográfico para pele) M-4300 (código morfológico para inflamação crônica) M-01735 (código morfológico para eritema papulovesicular) F-C3000 (código funcional para reação de hipersensibilidade alérgica) F-A2300 (código funcional para o sintoma coceira).

Uso da SNOMED Amplamente usada: Eixo M para a morfologia de neoplasias, como eixo adicional da CID (ICD-O), veja “Morfologia das Neoplasias” na CID-DATASUS Visão: SNOMED como terminologia de referência com mapeamentos para terminologias com objetivo estatístico e de faturamento (CID, SAI/SIH)

Projeto UMLS Iniciado em 1986 pela National Library of Medicine (EEUU) Vocabulário médico unificado e interligado através de conceitos Banco de referências cruzadas Atualização permanente Uso gratuito para pesquisa científica e educação (depois de assinar um termo de acordo de licença)

UMLS Specialist Lexicon Componentes do UMLS UMLS Metathesaurus 3500 M UMLS Semantic Network 0,6 M UMLS Specialist Lexicon 266 M

UMLS Specialist Lexicon Componentes do UMLS UMLS Metathesaurus 3500 M UMLS Semantic Network 0,6 M UMLS Specialist Lexicon 266 M

UMLS Metathesaurus (UMLS META) ~ 980 000 conceitos ~ 2 400 000 strings ~ 100 vocabulários fonte: CID, MeSH, FMA, NANDA, SNOMED, GO, LOINC, ... Preserva a semântica e estrutura interna das fontes Estabelece sinonímia e novas relações entre conceitos de fontes diferentes

UMLS Interfaces Interface WEB: UMLS Knowledge Source Server http://umlsks.nlm.nih.gov/ user: pucpr senha: pucpr2003 “Search”: busca interativa “Advances Search”: Busca de linha de comando Interface JAVA: Knowledge Source Server API Semantic Navigator

UMLS Arquivos Arquivos locais em: No VNC client: hercules.ppgia.pucpr.br:1 cd 2003AC user: senha: (com Roose) Manipulação dos arquivos em LINUX usando comandos shell, PERL, PYTHON, JAVA,... Recomendação: customizar arquivos usando grep e cut

UMLS Documentação Documentação das fontes http://www.nlm.nih.gov/research/umls/UMLSDOC.HTML Documentação do Knowledge Source Server:

Relações Lexico- Semânticas UMLS META MRCON Relações Lexico- Semânticas 151 M MRREL 380 M Relações Semânticas outros

Relações Lexico- Semânticas UMLS META MRCON Relações Lexico- Semânticas 151 M MRREL 380 M Relações Semânticas outros

UMLS MRCON C0023886|ITA|P|L1234371|PF|S1476317|Ascesso epatico amebico|3| C0023886|POR|P|L0319334|PF|S0427639|ABSCESSO HEPATICO AMEBIANO|3| C0023886|POR|S|L0425515|PF|S0549797|AMEBIASE HEPATICA|3| C0023886|POR|S|L0429003|PF|S0553285|ENTAMEBIASE HEPATICA|3| C0023886|POR|S|L2361076|PF|S2796947|Abcesso amebiano do figado|3| C0023886|RUS|P|L0901413|PF|S1105230|PECHENI ABSTSESS AMEBNYI|3| C0023886|RUS|S|L1508281|PF|S1804190|AMEBIAZ PECHENI|3| C0023886|SPA|P|L0613063|PF|S0779557|ABSCESO HEPATICO AMEBIANO|3| C0023886|SPA|S|L0442067|PF|S0566349|ENTAMEBIASIS HEPATICA|3| C0023886|SPA|S|L0613260|PF|S0779749|AMEBIASIS HEPATICA|3| C0023886|SPA|S|L2342901|PF|S2778756|Absceso hepatico amebiano|3| C0023889|DUT|P|L2053941|PF|S2392163|Circulatie, lever-|3| C0023889|DUT|S|L2065427|PF|S2403649|Levercirculatie|3| C0023889|ENG|P|L0023889|PF|S0058030|Liver Circulation|0| C0023889|ENG|P|L0023889|VC|S0421389|liver circulation|0| C0023889|ENG|P|L0023889|VW|S0025533|Circulation, Liver|0| C0023889|FIN|P|L1559216|PF|S1855125|maksan verenkierto|3| C0023889|FRE|P|L0170066|PF|S0234547|CIRCULATION HEPATIQUE|3| C0023889|GER|P|L1270517|PF|S1512463|Leberkreislauf|3| C0023889|GER|S|L1270498|PF|S1512444|Leberblutkreislauf|3|

UMLS MRCON: Campos CUI: identificador de conceito (Código principal do UMLS ) LAT: Linguagem TS: Term status LUI: identificador de lexema STT: String type SUI: identificador de string STR: String LRL: Nível de restrição mínima

UMLS MRCON: Sinonímia (I) CUI LAT TS LUI STT SUI STR LRL C0004238|ENG|P|L0004238|PF |S0016668|Atrial Fibrillation|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0220832|Fibrillation, atrial|3| C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0288232|FIBRILLATION ATRIAL|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1623628|Fibrillation atrial|3| C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1912105|Fibrillation;atrial|3| C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0353486|ATRIAL FIBRILLATION|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0356997|Atrial fibrillation|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0415228|atrial fibrillation|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VP |S0016669|Atrial Fibrillations|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VWP|S0041388|Fibrillations, Atrial|0| C0004238|ENG|P|L0004238|VW |S0372707|Fibrillation, Atrial|0| C0004238|ENG|S|L0004327|PF |S0016899|Auricular Fibrillation|0| C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0353545|AURICULAR FIBRILLATION|0| C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0357130|Auricular fibrillation|0| C0004238|ENG|S|L0004327|VP |S0016900|Auricular Fibrillations|0| C0004238|ENG|S|L0004327|VWP|S0041389|Fibrillations, Auricular|0| C0004238|ENG|S|L0004327|VW |S0372708|Fibrillation, Auricular|0| C0004238|ENG|S|L0495689|PF |S0580463|AF - Atrial fibrillation|3|

Lexemas vs. Strings ocorrências (tokens) formas (tipos de string) lexemas (unidades lexicais) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead” 1 2 3 4 2 5 3 6 7 8 “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead” 1 2 3 4 2 5 2 6 3 7 “When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

UMLS MRCON: CUI, LUI, SUI (II) Concept (CUI) Terms (LUIs) Strings (SUIs) C0004238 Atrial Fibrillation (preferred) Atrial Fibrillations  Auricular Fibrillation Auricular Fibrillations L0004238 Atrial Fibrillation (preferred) Atrial Fibrillations S0016668 Atrial Fibrillation (preferred) S0016669 Atrial Fibrillations L0004327 (synonym) Auricular Fibrillation  Auricular Fibrillations S0016899 Auricular Fibrillation (preferred) S0016900 (plural variant) Auricular Fibrillations

UMLS MRCON: Homógrafos 14:34 schulz@supreme:/data/data/umls2003AA/2003AA/META ) grep -i "|COLD <" MRCON | more C0009264|ENG|S|L0009264|PF|S0007170|Cold <1>|0| C0009443|ENG|S|L0009264|PF|S0007171|Cold <2>|0| C0010412|ENG|S|L0009264|PF|S1556597|Cold <4>|0| C0024117|ENG|S|L0009264|PF|S0829315|COLD <3>|0| C0234192|ENG|S|L0009264|PF|S1556598|Cold <5>|0| C0719425|ENG|S|L0009264|PF|S1789118|Cold <6>|0|

Relações Lexico- Semânticas UMLS META MRCON Relações Lexico- Semânticas 151 M MRREL 380 M Relações Semânticas outros

Relações entre Conceitos 1º CUI 2º CUI Relações como: broader narrower parent child is-a has-location part-of... A fonte é a autoridade para as relações, não o UMLS !

UMLS MRREL CUI1 REL CUI2 RELA SAB SL MG C0001209|CHD|C0816432|isa |UWDA|UWDA|| C0001209|CHD|C0816433|isa |UWDA|UWDA|| C0001209|CHD|C0822997|part_of |UWDA|UWDA|| C0001209|CHD|C0823051|part_of |UWDA|UWDA|| C0001209|CHD|C0823068|part_of |UWDA|UWDA|| C0001209|PAR|C0036277|has_part |UWDA|UWDA|| C0001209|PAR|C0036277| |MSH |MSH || C0001209|PAR|C0223623| |SNMI|SNMI|| C0001209|PAR|C0223623| |SNM |SNM || C0001209|PAR|C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA|| C0001209|RB |C0036277|has_part |UWDA|UWDA|| C0001209|RB |C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA|| C0001209|RL |C0153514|mapped_from |SNMI|SNMI|| C0001209|RN |C0816432|isa |UWDA|UWDA|| C0001209|RN |C0816433|isa |UWDA|UWDA|| C0001209|RN |C0822997|part_of |UWDA|UWDA|| C0001209|RN |C0823051|part_of |UWDA|UWDA|| C0001209|RN |C0823068|part_of |UWDA|UWDA|| C0001209|RO |C0159669|has_location|SNMI|SNMI||

UMLS MRREL: Campos CUI1: identificador do 1º conceito, construido por “C” mis 7 algarismos REL: Relação de CUI2 com CUI1 CUI2: identificador do 2ºconceito RELA: Relação mais específica (relation attribute) SAB: Fonte da relação SL: Fonte da relação

UMLS MRREL: Valores de REL RB: has a broader relationship  RN: has a narrower relationship RO: has relationship other than synonymous, narrower, or broader RL: the relationship is similar or "alike". RQ: source asserted relatedness and possibly synonymous. SY: source asserted synonymy. PAR: has parent relationship  CHD: has child relationship (in a Metathesaurus source vocabulary) SIB: has sibling relationship in a Metathesaurus source vocabulary. AQ: is an allowed qualifier for the first concept in a Metathesaurus source vocabulary.  QB: can be qualified by.

Relações Lexico- Semânticas UMLS META MRCON Relações Lexico- Semânticas 151 M MRREL 380 M Relações Semânticas outros

Outros Arquivos de UMLS META MRFILES MRATX Associated Expressions MRCOC Co-occurring Concepts MRCOLS Attribute Relation MRCXT Concept Contexts MRDE Definitions MRSAB Source Metadata

UMLS Specialist Lexicon Componentes do UMLS UMLS Metathesaurus 3500 M UMLS Semantic Network 0,6 M UMLS Specialist Lexicon 266 M

UMLS SN (semantic network) Sistema hierárquico de 135 categorias semânticas 54 Relações semânticas Definições em texto livre Categorias e relações identificadas por “type identifier”: T + 3 algarismos Relações identificadas por Todos os CUIs são categorizados conforme a SN

Semântica da UMLS SN (I) Taxonomia de categorias Taxonomia de relações Relações / Categorias: rel (C1, C2) significa: Relação é possível entre conceitos pertencentes às categorias C1 e C2 Relações possíveis podem ser bloqueadas para categorias subordinadas http://www.nlm.nih.gov/research/umls/META3_Figure_3.html

Arquivos Em /NET Em /META: SRDEF informações básicas sobre categorias e relações SRSTR estrutura da rede semântica SRSTRE1 ,SRSTRE2 Todas as relações, inclusive as relações herdadas Em /META: MRSTY: Tipos semânticos por conceito

Exercícios LINUX (I) Crie uma tabela mrcon_port que só contenha os registros das strings portuguesas [grep] Crie uma tabela mrcon_pref que só contenha o CUI e sua preferred string em Inglês [grep cut] Faça uma estatística dos registros em Português, Espanhol, Inglês, Francês [grep, wc] Crie uma tabela mrcon_port_word que só contenha termos portugueses de uma palavra só Crie uma tabela mrrel_amostra contendo uma amostra aleatória de 1% da tabela MRREL

Exercícios LINUX (II) Use mrrel_amostra e substitua os CUI pelas strings preferenciais (tabela mrcon_pref) Liste todos os homógrafos que ocorrem no UMLS português Explore a tabela MRCXT. Pesquise o signnificado Extraia o sistema SNOMED International e guarde-o numa tabela separada. Explore a tabele STSTR. Selecione as relações anormais (que nao tem “|D|”) Explore a tabela MRSTY. Calcule a média de tipos semânticos por conceito

Exercícios WEB (I) Acesse a interface “search” e pesquise os seguintes termos variando as relações que você quer exibir. atherosclerosis cancer pineal gland Brazil ornidazole Pemphigus vegetans Ascaris lumbricoides Research nurse coxarthrosis fracture of navicular femoral fracture appendectomy bronchial neoplasm eclampsia renal metastasis

Exercícios Web (II) Procure detectar a origem das relações has_location is_a part_of mapped_to associated_with Explore os tipos semânticos de Adenoma

Exercícios WEB (III) Explore o “UMLS semantic navigator” e dê uma breve apresentação Explore o “UMLS Advanced Search” Focused Search Command Line Query ASCII Relational Records