A Estação de S. Bento, que serve principalmente a linha ferroviária do Douro, foi construída no local do Convento de S. Bento da Avé-Maria, que foi totalmente demolido para dar lugar a este novo edifício. A criação de uma estação impunha-se, faltando apenas definir o local, e uma vez que o Convento se encontrava em degradação a Câmara aprovou o projecto e, em Janeiro de 1888, a Direcção dos Caminhos de Ferro foi autorizada a estudar o prolongamento da linha de Campanhã até às proximidades da Praça da Liberdade. Assim procedeu-se à abertura dos túneis da Quinta da China, do Monte do Seminário e das Fontaínhas. Foi exactamente a abertura destes túneis que ditou a demolição do mosteiro. Em 7 de Novembro de 1896 chega o primeiro comboio, ainda sem estação. Este acto marcou a inauguração oficial da linha férrea. Contudo, a construção da estação, como a conhecemos, só teve início a 22 de Outubro de Estávamos no reinado de D. Carlos e de Dª Amélia que presidiram ao assentamento da primeira pedra da nova estação, que manteve parcialmente o nome do antigo Convento - S. Bento. Em Agosto de 1915 foram assentados os azulejos na gare da estação. No total 551 m2 de superfície a decorar com os mais belos painéis do género existentes em Portugal.

Cada painel representa uma cena da história nacional. Neles podemos encontrar: a entrada triunfal de D. João I e o seu casamento com Dª Filipa de Lencastre, no Porto, em 1386, a conquista de Ceuta, 1415, e o Torneio de Arcos de Valdevez,1140. Noutros, porém, encontramos cenas campestres e aspectos etnográficos como são exemplo a procissão da Nossa Senhora dos Remédios, em Lamego, a romaria de S. Torcato, em Guimarães, uma Vindima, a Feira do Gado, uma Azenha, o Transporte do vinho num barco rabelo, no Douro... No alto das paredes podemos ainda ver um lindo friso multicolor evocativo da história da viação nacional, desde os primórdios até à chegada do primeiro comboio a Braga. O edifício foi solenemente inaugurado em 1916, está concebido em forma de U, com dois pavimentos que dão para as ruas da Madeira e do Loureiro, estando a fachada principal voltada para a Praça Almeida Garrett. Interiormente integra uma gare com oito linhas terminais e cinco cais, para armazenamento de mercadorias tudo coberto por uma enorme, mas artística estrutura metálica.