Bioinformática Prof. Paulo Fazendeiro Trabalho realizado por: • Ana Margarida Barata, nº 24647 • Ana Isabel Monteiro, nº 25070 • Henrique Matos Cardoso,

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1 Bioinformática Prof. Paulo Fazendeiro Trabalho realizado por: • Ana Margarida Barata, nº 24647 • Ana Isabel Monteiro, nº 25070 • Henrique Matos Cardoso, nº 25971 Universidade da Beira Interior Ciências Biomédicas

2 O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositório público de dados gerados através de experiências com microarrays. GEO tem um design flexível e aberto que permite submissões, armazenamento e recuperação de muitos tipos de colecções de dados obtidos através: Taxas de expressão génica, Hibridização genómica; Experiências com anticorpos.

3 A submissão de um grande volume de dados é rapidamente incorporada ao GEO através de arquivos SOFT (Simple Omnibus Format in Text). Submissões podem ficar em sigilo por até seis meses. O banco de dados não é curado, por enquanto, mas as submissões são verificadas para que pré-requisitos básicos sejam incorporados.

4 Contém Microarray’s compatíveis com formato MIAME Dados Chip-chip Padrão para relatar experiências de microarrays Especifica toda a informação necessária para interpretar resultados e reproduzir resultados Combina a imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com a tecnologia microarray (chip) Investigação da interacção entre proteínas e DNA in vivo

5 Obtenção da Amostra - Microarrays Análise de Dados

6 Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip

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8 Expressão Génica em 4 secções PlataformPlataform SampleSample SeriesSeries DataSetsDataSets Descreve lista de elementos no array ou lista de elementos que podem ser detectados na experiência Descreve condições em que mRNA foi obtido e medição de cada elemento obtido a partir dele Define um conjunto de amostras relacionadas e como são relacionadas Conjunto de colecções de amostras Arquitectura

9 Número de:PublicUnreleasedTotal Platforms:105(120Mb)55160 Samples:2354(1745 Mb)722426 Series:78785

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11 Study type Number of Series Expression profiling by array 17 812 Expression profiling by genome tiling array 303 Expression profiling by high throughput sequencing 131 Expression profiling by SAGE 206 Expression profiling by MPSS 21 Expression profiling by RT–PCR 25 Non-coding RNA profiling by array 341 Non-coding RNA profiling by genome tiling array 81 Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing 233 Genome binding/occupancy profiling by array 70 Genome binding/occupancy profiling by genome tiling array 835 Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing 238 Genome variation profiling by array 309 Genome variation profiling by genome tiling array 406 Genome variation profiling by SNP array 269 Methylation profiling by array 46 Methylation profiling by genome tiling array 115 Methylation profiling by high throughput sequencing 30 Protein profiling by protein array 31 SNP genotyping by SNP array 149

12 Parte Prática http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

13 Arquitectura Pesquisa Sequência

14 Vários Domínios

15 Séries

16 Dados Sobre a série

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19 Dados Sobre Amostra

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21 Dados Sobre Plataforma

22 Dados Sobre Datasets

23 Pesquisa Avançada Limites