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Prof. Dr. Jesus Aparecido Ferro. GENÔMICA EM LARGA ESCALA NO BRASIL: INICIOU-SE EM MAIO DE 1977 POR INICIATIVA DA FAPESP DECIFRAR O GENOMA DA BACTÉRIA.

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1 Prof. Dr. Jesus Aparecido Ferro

2 GENÔMICA EM LARGA ESCALA NO BRASIL: INICIOU-SE EM MAIO DE 1977 POR INICIATIVA DA FAPESP DECIFRAR O GENOMA DA BACTÉRIA Xylella fastidiosa, CAUSADORA DA DOENÇA DO AMARELINHO EM LARANJA GENOMA DE PARES DE BASES 32 GRUPOS DE SEQÜENCIAMENTO 01 GRUPO DE BIOINFORMÁTICA-UNICAMP PARTICIPAÇÃO DO SETOR PRODUTIVO - FUNDECITRUS

3 NOVEMBRO/99: SEQÜENCIAMENTO, DESCOBERTA E DESCRIÇÃO DOS GENES FORAM CONCLUÍDOS JULHO/2000: TRABALHO CIENTÍFICO FOI PUBLICADO NA REVISTA NATURE PRIMEIRO ORGANISMO QUE CAUSA DOENÇA EM PLANTA A TER SEU GENOMA SEQÜENCIADO PROBLEMA NACIONAL

4 BENEFÍCIOS DO PROJETO: FORMAÇÃO DE RECURSOS HUMANOS EM BIOLOGIA MOLECULAR ESPALHADOS POR TODO O ESTADO DE SÃO PAULO (MAIS DE 200 PESQUISADORES ENVOLVIDOS) FORMAÇÃO DE RECURSOS HUMANOS EM BIOINFORMÁTICA CAPACIDADE DE DECIFRAR OUTROS GENOMAS DE INTERESSE DO PAÍS INTRODUZIR AS TÉCNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR NOS PROJETOS EM DESENVOLVIMENTO INICIAR ESTUDOS DE ANÁLISE FUNCIONAL DE GENOMAS INSPIRAÇÃO PARA O PROGRAMA NACIONAL DO MCT/CNPq

5 Outros Projetos Genoma FAPESP Genoma Funcional da Xylella Genoma da Cana de Açucar Genoma da Xanthomonas citri – cancro cítrico Genoma Humano do Câncer Genoma do Schistosoma mansoni

6 Genomas Agronômicos e Ambientais (AEG) Xylella fastidiosa QUE CAUSA DOENÇA EM VIDEIRA (FAPESP+USDA) GENOMA EXPRESSO DO CAFÉ (CONSÓRCIO FAPESP+EMBRAPA) GENOMA EXPRESSO DO EUCALIPTO (PROGRAMA PARCERIA PARA INOVAÇÃO TECNOLÓGICA COM EMPRESAS DE CELULOSE E PAPEL) GENOMA DA BACTÉRIA Leifsonia xyli, QUE ATACA CANA-DE- ACUÇAR GENOMA EXPRESSO DO BOI (PROGRAMA PARCERIA PARA INOVAÇÃO TECNOLÓGICA)

7 An Agricultural Business Iniciative

8 Alellyx é uma spin-off dos Projetos Genoma da FAPESP Investimento de Capital de Risco da Votorantim Ventures Capital – Grupo Votorantim US$ 11 mihões Foco Inicial: Laranja; Cana-de-Açucar; Eucalipto; Uva e Soja

9 Ana Claúdia Rasera USP Jesus A. Ferro UNESP João Paulo Kitajima UNICAMP Paulo Arruda UNICAMP USP VVENTURES

10 A Alellyx é uma empresa de biotecnologia focada em Genômica Aplicada para a Agricultura. Foi criada em março de 2002 por Cientistas Moleculares e Bioinformatas que tiveram participação destacada nos Projetos Genoma FAPESP. O seqüenciamento genômico é apenas o primeiro passo no desenvolvimento da moderna biotecnologia. O objetivo da Alellyx é levar adiante este desenvolvimento, criando e usando uma ampla plataforma de genômica aplicada para aumentar a produtividade, a qualidade e a competitividade de culturas comerciais importantes. O foco inicial tem sido laranja, cana-de-açucar e eucalipto

11 Pessoas na Alellyx 08 Adm. 12 PhD. 32 Mestrado/Graduação 03 Nível Técnico 34 pessoas em Feb, pessoas em Out, 2003

12 Alellyx utiliza modificações genéticas e marcadores moleculares para produzir novas plantas SEQÜENCIAMENTO BIOINFORMÁTICA TECNOLOGIA DE DNA CRUZAMENTO MODIFICAÇÃO GENÉTICA MARCADORES MOLECULARES GENES CANDIDATOS CONSTRUÇÃO DE VETORES TRANSFORMAÇÃO DE PLANTAS IDENTIFICAÇÃO DE SNPs PLANTA MODIFICADA CRUZAMENTO ASSISTIDO AVALIAÇÃO FENOTÍPICA

13 Projeto de co-desenvolvimento com a Citrovita A Citrovita é o terceiro maior exportador de suco do Brasil Projeto de $ 8 milhões por um período de 5 anos Projeto de co-desenvolvimento com a VCP A VCP é uma indústria importante no negócio de Celulose e Papel no Brasil Projeto de $ 12 milhões por um período de 4 anos

14 UNIVERSIDADE X EMPRESA UNIVERSIDADE: Pesquisa Gera Conhecimento Riqueza Intelectual Pode Gerar Patentes Potencial de Riqueza Econômica EMPRESA: Pesquisa e Desenvolvimento Gera Conhecimento Gera Patentes PRODUTO Riqueza Econômica Licenciamentos: Outras Empresas e/ou Universidades

15 UNIVERSIDADE PODE GERAR PRODUTO? Não é função da Universidade. Função da Universidade é avançar o conhecimento e formar recursos humanos. Universidade não está estruturada para isso. Empresa: - Função é transformar conhecimento (gerado internamente ou adquirido) em produto ou nova tecnologia (serviço).

16 O QUE É PRECISO PARA GERAR PRODUTO BIOTECNOLÓGICO? (COMO TRABALHA UMA EMPRESA) IDENTIFICAR UM PROBLEMA RELEVANTE RECURSOS FINANCEIROS RECURSOS HUMANOS ADEQUADOS FOCO NA PESQUISA COMPROMISSO ENTRE PLANEJAMENTO, METAS E CRONOGRAMA

17 UNIVERSIDADE X EMPRESA: DOIS CASOS RECENTES SARS MORTE SÚBITA DOS CITRUS

18 SARS: OMS CRIOU UMA REDE DE 13 LABORATÓRIOS EM 10 PAÍSES. EM 2 SEMANAS ESTES LABORATÓRIOS IDENFICARAM UM VÍRUS ASSOCIADO À SARS. DOIS ISOLADOS DO VÍRUS TIVERAM SEUS GENOMAS COMPLETAMENTE SEQUENCIADOS EM 2 SEMANAS APÓS A DESCOBERTA DO VÍRUS. (Science de 30 de maio de 2003 – Universidades e Centros de Pesquisa) ESTES LABORATÓRIOS TROCARAM INFORMAÇÕES DE UMA MANEIRA SEM PRECEDENTES PARA O BENEFÍCIO DE TODOS. 15/07/2003: HOERST ANUNCIOU UM KIT DIAGNÓSTICO

19 RESEARCH ARTICLES 30 MAY 2003 VOL 300 SCIENCE Characterization of a Novel Coronavirus Associated with SevereAcute Respiratory Syndrome Paul A. Rota,1* M. Steven Oberste,1 Stephan S. Monroe,1W. Allan Nix,1 Ray Campagnoli,1 Joseph P. Icenogle,1 Silvia Pen˜aranda,1 Bettina Bankamp,1 Kaija Maher,1Min-hsin Chen,1 Suxiong Tong,1 Azaibi Tamin,1 Luis Lowe,1Michael Frace,1 Joseph L. DeRisi,2 Qi Chen,1 David Wang,2Dean D. Erdman,1 Teresa C. T. Peret,1 Cara Burns,1Thomas G. Ksiazek,1 Pierre E. Rollin,1 Anthony Sanchez,1Stephanie Lif.ck,1 Brian Holloway,1 Josef Limor,1 Karen McCaustland,1 Melissa Olsen- Rasmussen,1 Ron Fouchier,3Stephan Gu¨nther,4 Albert D. M. E. Osterhaus,3 Christian Drosten,4 Mark A. Pallansch,1 Larry J. Anderson,1 William J. Bellini1 In March 2003, a novel coronavirus (SARS-CoV) was discovered in associationwith cases of severe acute respiratory syndrome (SARS). The sequence of the complete genome of SARS-CoV was determined, and the initial characterization of the viral genome is presented in this report. The genome of SARS-CoV is 29,727 nucleotides in length and has 11 open reading frames, and its genome organization is similar to that of other coronaviruses. Phylogenetic analyses and sequence comparisons showed that SARS-CoV is not closely related to any of the previouslycharacterized coronaviruses. 1National Center for Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA 30333, USA. 2Departments of Biochemistry and Biophysics, University of California–San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA. 3Department of Virology, Erasmus University, Rotterdam, 3000 DR, Netherlands. 4Department of Virology, Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, Hamburg, Germany. *To whom correspondence should be addressed.

20 R E S E A R C H A R T I C L E S SCIENCE VOL MAY The Genome Sequence of theSARS-Associated Coronavirus Marco A. Marra,1* Steven J. M. Jones,1 Caroline R. Astell,1Robert A. Holt,1 Angela Brooks- Wilson,1Yaron S. N. Butter.eld,1 Jaswinder Khattra,1 Jennifer K. Asano,1Sarah A. Barber,1 Susanna Y. Chan,1 Alison Cloutier,1Shaun M. Coughlin,1 Doug Freeman,1 Noreen Girn,1Obi L. Grif.th,1 Stephen R. Leach,1 Michael Mayo,1Helen McDonald,1 Stephen B. Montgomery,1 Pawan K. Pandoh,1Anca S. Petrescu,1 A.Gordon Robertson,1 Jacqueline E. Schein,1Asim Siddiqui,1 Duane E. Smailus,1 Jeff M. Stott,1George S. Yang,1 Francis Plummer,2 Anton Andonov,2Harvey Artsob,2 Nathalie Bastien,2 Kathy Bernard,2Timothy F. Booth,2 Donnie Bowness,2 Martin Czub,2Michael Drebot,2 Lisa Fernando,2 Ramon Flick,2 MichaelGarbutt,2 Michael Gray,2 Allen Grolla,2 Steven Jones,2Heinz Feldmann,2 Adrienne Meyers,2 Amin Kabani,2 Yan Li,2Susan Normand,2 Ute Stroher,2 Graham A. Tipples,2Shaun Tyler,2 Robert Vogrig,2 Diane Ward,2 Brynn Watson,2Robert C. Brunham,3 Mel Krajden,3 Martin Petric,3Danuta M. Skowronski,3 Chris Upton,4 Rachel L. Roper4 We sequenced the 29,751-base genome of the severe acute respiratory syndrome(SARS)–associated coronavirus known as the Tor2 isolate. The genome sequence reveals that this coronavirus is only moderately related to other known coronaviruses, including two human coronaviruses, HCoV-OC43 and HCoV-229E. Phylogenetic analysis of the predicted viral proteins indicates that the virus does not closely resemble any of the three previously known groups of coronaviruses. The genome sequence will aid in the diagnosis of SARS virus infection in humans and potential animal hosts (using polymerase chain reaction and immunological tests),in the development of antivirals (including neutralizing antibodies), and in the identification of putative epitopes for vaccine development. 1British Columbia Cancer Agency (BCCA) Genome Sciences Centre, 600 West 10th Avenue, Vancouver, British Columbia V5Z 4E6, Canada. 2National Microbiology Laboratory, 1015 Arlington Street, Winnipeg, Manitoba R3E 3R2, Canada. 3British Columbia Centre for Disease Control and University of British Columbia Centre for Disease Control, 655 West 12th Avenue, Vancouver, British Columbia V5Z 4R4, Canada. 4Department of Biochemistry and Microbiology, University of Victoria, Post Office Box 3055 STN CSC,Victoria, British Columbia V8W 3P6, Canada. *To whom correspondence should be addressed.

21 Prata - MG (?) 1997 Morte rápida de plantas - Declínio??? 1999 Erradicação de todas as plantas da propriedade e novo plantio com outros porta- enxertos que não limoeiro Cravo. Comendador Gomes - MG 1999 Plantas doentes e mortas por causa desconhecida em Westin/Cravo >10 anos dez/1999 Plantas doentes e mortas por causa desconhecida em Valência/Cravo 11 anos MORTE SÚBITA: HISTÓRICO

22 fev/2001 3Fundecitrus tomou conhecimento do caso Descoberta do amarelecimento interno da casca, sintoma típico da doença. 86% de incidência e Erradicação do talhão set/2001 Centro de Citricultura atribui o nome de Morte Súbita dos Citros (MSC) à nova doença MORTE SÚBITA: HISTÓRICO

23 MORTE SÚBITA: UNIVERSIDADE E CENTROS DE PESQUISA VÁRIAS PESQUISAS ESTÃO EM ANDAMENTO - FALTA DE RECURSOS - RÍTIMO DEPENDE DE ESTUDANTES CONTRIBUIÇÕES IMPORTANTES - IDENTIFICAÇÃO DE UMA NOVA DOENÇA - INSERTIA É CAPAZ DE TRANSMITIR O AGENTE CAUSAL - IDENTIFICAÇÃO DE TRANSMISSÃO POR PLANTA ASSINTOMÁTICA (transmissor assintomático)

24 MORTE SÚBITA E ALELLYX LABORATÓRIOS DA ALELLYX SÃO INAUGURADOS EM 11/ /2003: ALELLYX INICIA SUAS PESQUISAS EM MS - Esforço concentrado com pesquisadores bem formados pelas Universidades Públicas (manter o foco é uma das dificuldades) - Interação com o FUNDECITRUS 04/2003: ENCONTRADA ASSOCIAÇÃO EM VARIANTE DE VÍRUS DA TRISTEZA (altamente variável) E MS. - Seqüenciamento em larga escala (16 plantas) - Desenvolvimento de novas ferramentas de bioinformática 06/2003: INÍCIO DA VALIDAÇÃO, EM LARGA ESCALA, DE UM TESTE DIAGNÓSTICO.

25 MORTE SÚBITA E ALELLYX 10/2003: Alellyx ANUNCIA A DESCOBERTA DE UM NOVO VÍRUS QUE PODE ESTÁ ASSOCIADO À MS. -Seqüência completa do vírus foi obtida. -Patente é depositada nos Estados Unidos.

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