A apresentação está carregando. Por favor, espere

A apresentação está carregando. Por favor, espere

Sistemas Biomédicos de Objetos Distribuídos baseados em CORBA Departamento de Física e Matemática (DFM) Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão.

Apresentações semelhantes


Apresentação em tema: "Sistemas Biomédicos de Objetos Distribuídos baseados em CORBA Departamento de Física e Matemática (DFM) Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão."— Transcrição da apresentação:

1 Sistemas Biomédicos de Objetos Distribuídos baseados em CORBA Departamento de Física e Matemática (DFM) Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP) Universidade de São Paulo (USP) Adriano de Jesus Holanda

2 Sistemas biomédicos Desafios Distribuída (evolução dos servidores/PCs) Complexa –Informações –Procedimentos e protocolos –Evolução

3 Sistemas biomédicos Problemas de integração Sistemas heterogêneos –Modelo de dados, linguagem de programação, formato de arquivos, tipos de dados, semântica inconsistente ?????

4 Interoperabilidade Arquitetura CORBA

5 CORBA Common Object Request Broker Architecture Padrão OMG (Object Management Group) Hoje: companhias Núcleo da OMA (Object Management Architecture) –Modelo de objetos –Modelo de referência (componentes e interação) Especificação de arquitetura aberta e neutra

6 CORBA Objetivo –Arquitetura distribuída de objetos independente de plataforma Como alcançar –Linguagem de definição de interface – IDL (neutra) –Mapeamento de linguagens de programação –Facilidades de invocação de operações –Adaptadores de objetos –Protocolo de comunicação (IIOP)

7 Linux CORBA - ambiente IDL ORB Servidor JAVA esqueleto JAVA implementação

8 Linux CORBA - ambiente Windows ORB Cliente IDL JAVA ORB IIOP Servidor C++ stub C++ implementação

9 LinuxWindows CORBA - ambiente JAVA ORB IIOP IOR: C3 A6F6D672E6F72672F D6 96E6F6C6F F4C C6F A312E3 C++ JAVA

10 LinuxWindows CORBA - ambiente JAVA ORB IIOP IOR: C3 A6F6D672E6F72672F D6 96E6F6C6F F4C C6F A312E3 C++ JAVA

11 CORBA - diversidade Ambientes –Aeroespacial, computação gráfica, simulações, aplicações militares, robótica, astronomia (telescópio Hubble), interface gráfica (Gnome),... Hardware –PCs, mainframes, PDAs, sistemas embarcados e supercomputadores Mapeamento –Oficial: C, C++, Java, CORBAScript, COBOL, Smalltalk, Ada, PL/1, Lisp, Python e XML –Independente: Perl, Objective-C, Oberon, Eiffel, Modula 3, Scheme e Tcl.

12 Especificações CORBA/IIOP (ORB) Serviços (horizontais) –Naming, trading, event, transaction, concurrency, security,... Domínio (vertical) –Healthcare, Life Sciences Research, Finance, Telecommunications, Electronic Commerce,... Recursos (Facilities) –Internationalization and Time, Mobile Agent Modelo de Componentes (CCM)

13 OMA Fonte: CORBA/ORB Serviços CORBA identificaçãotransaçõeseventosconcorrênciasegurança Interfaces aplicações Interfaces domínios (vertical) Recursos CORBA (horizontal)

14 Especificação de Sistemas Biomédicos Ambiente clínico

15 Healthcare Domain Task Force CORBAMed

16 Person IDentification Service - PIDS Definição: –Serviço de identificação única de uma pessoa Design: –Permite id único e correlação de vários ids (federação); –Permite implementação de mecanismos de segurança (confidencialidade); –Garante interoperabilidade de perfis padronizados (HL7) e permite personalização. Nome: Registro: Data de nascimento: Sexo:

17 Clinical Observation Access Service - COAS Definição: –Serviço de armazenamento e recuperação de observações clínicas Design: –Interface e estrutura de dados –Armazena informações qualitativas e quantitativas Sinais vitais, exames de laboratório, impressões de um exame clínico, imagens,... Registro: Exame: Data: Resultado:

18 Lexicon Query Service - LQS Definição: –Serviço de acesso a sistemas de terminologias Design: –Possui métodos somente-leitura –Genérico e amplo Conjunto de frases e códigos (CID10) Sistema hierárquico de classificação CID10 N28.0 Isquemia e infarto renal N28.1 Cisto do rim, adquirido N28.8 Outros transtornos especificados do rim e do ureter MeSH Streptococcus [B ] Streptococcus agalactiae [B ] Streptococcus bovis [B ] Streptococcus equi [B ]...

19 Clinical Image Access Service - CIAS Definição: –Serviço de armazenamento e recuperação de imagens clínicas Design: –Estende COAS (especialização) –Manipula imagens DICOM e não DICOM –Não manipula vídeos

20 Resource Access Decision - RAD Definição: –Determina o privilégio de acesso do usuário às informações do paciente.

21 CORBA Interface Gráfica|Web PIDS COAS CIAS SGBD CIAS implementação Nome: Registro: Data de nascimento: Sexo: Registro: Exame: Data: Resultado: PIDS implementação COAS implementação

22 Especificação de Sistemas Biomédicos Bioinformática

23 Life Sciences Research DTF 1997 Bibliographic Query Service Biomolecular Sequence Analysis (BSA) –BioObjects (nucleotídeo, aminoácido) –Analysis (BLAST, Smith-Watterman, etc) Gene Expression Genomic Maps Laboratory Equipment Control Interface Specification (LECIS) Macromolecular Structure

24

25

26 CORBA Interface Gráfica|Web PIDS COAS CIAS SGBD PIDS implementação COAS implementação CIAS implementação Nome: Registro: Data de nascimento: Sexo: Registro: Exame: Data: Resultado: Gene Expression implementação SGBD

27 Sinergia entre IM e BI Maojo et al. (2001) Comitê europeu ( ) –Informática Médica (IM) – padrões, sistemas de terminologias (UMLS) –Bioinformática (BI) – algoritmos, sistemas de recuperação de dados Objetivo – melhorar o entendimento das causas moleculares de algumas doenças Biomedical Informatics - Informática Biomédica

28 DISCUSSÃO

29 Benefícios - CORBA Reuso – arquitetura de objetos –Aumenta reuso de funcionalidades horizontais –Evita implementação redundante de funções Interoperabilidade e integração de sistemas heterogêneos Integridade conceitual (Brooks, 1995) –Sintática e semântica –Modelo (OMA) Redução da redundância Extensibilidade – acoplamento de novos componentes/funcionalidades

30 + Benefícios Longevidade da arquitetura Compartilhamento de recursos escassos e dispendiosos Distribuição da carga computacional Execução de aplicações nos ambientes mais adequados

31 Desvantagens Complexidade na implementação Aumento do número de camadas Passo adicional de compilação (IDL) Problemas com interoperabilidade semântica de federações (exceção: PIDS) Diferença entre os modelos OO (programas) e relacional (persistência)

32 Alternativas sockets RPC (Remote Procedure Call) DCE (Distributed Computing Environment) Microsoft.Net Java Enterprise Edition (J2EE-EJB) Web Services

33 Referências Maojo et al. (2001). J. Biomedical Informatics 34, F. P. Brooks Jr. (1995). The Mythical Man-Month. Addison-Wesley. Object Management Group. Healthcare DTF. htttp://healthcare.omg.org Life Sciences Research DTF.

34 Agradecimentos Grupo ImagCom - DFM/FFCLRP-USP Laboratório de Bioinformática – Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

35 OBRIGADO!

36 Contato Adriano J. Holanda – -


Carregar ppt "Sistemas Biomédicos de Objetos Distribuídos baseados em CORBA Departamento de Física e Matemática (DFM) Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão."

Apresentações semelhantes


Anúncios Google