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Interações do Algoritmo Phred/Phrap Renato David Puga.

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Apresentação em tema: "Interações do Algoritmo Phred/Phrap Renato David Puga."— Transcrição da apresentação:

1 Interações do Algoritmo Phred/Phrap Renato David Puga

2 Objetivo Visão geral do pacote Phred/Phrap/Consed Qual informação será disponibilizada Exemplo de uma Implementação

3 O Projeto (Exemplo) Submissão de cromatogramas (clones e ortologos) PARA MAIS INFORMAÇÕES...

4 Introdução -Leitura dos arquivos cromatogramas -Atribuição de qualidade às bases -Identificação e mascaramento de vetores -Seqüência Assembly -Visualização de Assembly O que é Phred/Phrap/Consed ?

5 Introdução O que é Algoritmo ? - Forma estruturada de resolver problemas em uma seqüência lógica.

6 Utilizando o pacote Phred/Phrap Obtendo o pacote Plataforma

7 Utilizando o pacote Phred/Phrap Diretórios Chromat_dir Edit_dir Phd_dir

8 Executando o programa phred phred -id chromat_dir -pd phd_dir Lê e processa os arquivos. Linha de comando:

9 Grava os arquivos *.phd.1. Executando o programa phred phred -id chromat_dir -pd phd_dir Linha de comando:

10 Executando o programa phred Linha de comando: phred -id chromat_dir -pd phd_dir Opções: -id : Lê e processa os arquivos no diretório chromat_dir. -pd : Grava os arquivos *.phd.1 no diretório phd_dir.

11 Executando o programa phred Exemplo:.phd.1

12 Escreve um arquivo de seqüências com o nome de seq_fasta. Executando o programa ph2fasta ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual Linha de comando:

13 Escreve um arquivo de qualidade com o nome de seq_fasta.qual. Executando o programa ph2fasta ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual Linha de comando:

14 Executando o programa ph2fasta ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual Linha de comando: Opções: -os : Escreve um arquivo de sequência. -pd : Escreve um arquivo com a qualidade das bases.

15 Exemplo: seqs_fasta Executando o programa ph2fasta

16 Exemplo: seqs_fasta.qual Executando o programa ph2fasta

17 Executando o programa cross_match cross_match seqs_fasta vector.seq –minmatch 12 –minscore 20 -screen > screen.out Linha de comando:

18 Exemplo: screen.out Executando o programa cross_match

19 Exemplo: seqs_fasta.screen Executando o programa cross_match

20 Cria um arquivo.ace para que possa ser Importado o assembly para consed. Executando o programa phrap phrap seqs_fasta.screen –new_ace > phrap.out Linha de comando:

21 Exemplo: seqs_fasta.screen.contigs Executando o programa phrap

22 Pipeline Phred/Phrap/Consed Copiar os arquivos cromatogramas para o diretório chromat_dir Executar o phred. Atribui valor de qualidade às bases Gera os arquivo *.phd.1 Converte os arquivos *.phd.1 para fasta. Executa ph2fasta. Seqüência nucleotídeos: seqs_fasta Valor de qualidade: seqs_fasta.screen.qual Identifica e mascara os vetores. Executar o cross_match. Assembly Cria o arquivo: seqs_fasta.screen.contigs Arquivos assembly: seqs_fasta.screen.ace phrap Visualiza e edita o arquivo assembly consed.

23 Disponibilizando Resultados Quais informações? Como será visualizado? Quais ferramentas?

24 Disponibilizando Resultados Quais informações? - FASTA do cromatograma - Início e o Fim da seqüência de qualidade - Vetores encontrados

25 Disponibilizando Resultados Como será visualizado? - Web Quais ferramentas? - Linguagem Script Perl - Comandos do shell

26 Algoritmos / Scripts Fasta do cromatograma 1 - Abrir o arquivo seqs_fasta. 2 - Exibir o conteúdo do arquivo. Algoritmo

27 Algoritmos / Scripts Fasta do cromatograma #!/usr/bin/perl print Content-type: text/html\n\n; $conteudo = `more seqs_fasta`; # conteúdo em $conteudo print $conteudo; # exibe o conteúdo Script Perl

28 Algoritmos / Scripts Início e Fim da seqüência de alta qualidade 1 - Abrir o arquivo phd.1 desejado. 2 – Localizar a informação TRIM 3 – Mostrar os valores de TRIM Algoritmo

29 Algoritmos / Scripts Início e Fim da seqüência de alta qualidade TRIM: Início Fim

30 Algoritmos / Scripts $trim = `grep TRIM TF00604.phd.1`; Script Perl Início e Fim da seqüência de alta qualidade TRIM:

31 Algoritmos / = split(/\s+/,$trim); Script Perl Início e Fim da seqüência de alta = (TRIM,36,446)

32 Algoritmos / Scripts print Início = $pos_trim[1] ; print Início = $pos_trim[1] ; print Fim = $pos_trim[2] ; print Fim = $pos_trim[2] ; Script Perl Início e Fim da seqüência de alta qualidade Início = 36 Fim = 446

33 Algoritmos / Scripts $trim = `grep TRIM = split(/\s+/,$trim); print Início = $pos_trim[1] ; print Início = $pos_trim[1] ; print Fim = $pos_trim[2] ; print Fim = $pos_trim[2] ; Script Perl Início e Fim da seqüência de alta qualidade

34 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados 1 – Ler o arquivo screen.out. 2 – Localizar os vetores encontrados. 3 – Separar início e fim de cada vetor. 4 – Exibir vetores e suas posições. Algoritmo

35 TF00604-M04R.ab (569) pCR4-TOPO_Cloning_Vector (3663) TF00604-M04R.ab (479) pCMVSPORT (3616) Algoritmos / Scripts Vetores encontrados Script-Perl: Selecionando = `grep TF00604-M04R screen.out`;

36 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados $ln = 0; foreach $conteudo ) # 1 { if ( $conteudo =~ /^\s+/ ) # 2 { $conteudo_linha[$ln] = $conteudo; # 3 $ln++; # 4 } Script-Perl: Separando linhas.

37 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados $ln = 0; foreach $conteudo ) # 1 { if ( $conteudo =~ /^\s+/ ) # 2 { $conteudo_linha[$ln] = $conteudo; # 3 $ln++; # 4 } Script-Perl: Separando linhas.

38 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados $ln = 0; foreach $conteudo ) # 1 { if ( $conteudo =~ /^\s+/ ) # 2 { $conteudo_linha[$ln] = $conteudo; # 3 $ln++; # 4 } Script-Perl: Separando linhas.

39 Algoritmos / Scripts Vetores = split(/\s+/, $conteudo_linha[$i]); # conteúdo de = (,35,5.88,7.35,0.00,TF00604-M04R.ab1,1, 68,...); Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.

40 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados $inicio_vetor[$i] = $partes[6]; $fim_vetor[$i] = $partes[7]; # inicio e fim Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.

41 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados print "$i - Início = $inicio_vetor[$i] "; print "$i - Fim = $fim_vetor[$i] "; # imprime Script-Perl: Saída

42 Algoritmos / Scripts Vetores encontrados for( $i=0; $i < $ln; $i++ ) = split(/\s+/, $conteudo_linha[$i]); $inicio_vetor[$i] = $partes[6]; $fim_vetor[$i] = $partes[7]; print "$i - Início = $inicio_vetor[$i] "; print "$i - Fim = $fim_vetor[$i] "; } Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.

43 Exemplo

44 Exemplo

45 Exemplo

46 Perguntas?

47


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