Por: Emerson Takeshi Hassegawa Fábio Yoshio Sato Ricardo Issao Shimanuki.

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1 Por: Emerson Takeshi Hassegawa Fábio Yoshio Sato Ricardo Issao Shimanuki

2 Introdução Com a evolução dos estudos sobre a reprodução celular surgiu a necessidade de técnicas de análise da expressão gênica, para entender o que leva às falhas de reprodução que conduzem às doenças, dos efeitos dos medicamentos nos tecidos patológicos entre outros tipos de pesquisa.

3 Análise MicroArray Essa técnica permite a análise simultânea de milhares de genes, medindo a expressão gênica de duas amostras comparativamente. A análise dos dados obtidos nos experimentos de microarray é complexa pois o que é aplicado em um não necessariamente será aplicável em outro.

4 Análise MicroArray - Processo Lâmina com pequenos poros com informação sobre genes a serem estudados; Essa lâmina é colocada em uma solução de hibridização para que as amostras de RNAm dos tecido a serem estudados fixem nos poros com genes que as complementem; A lâmina é escaneada gerando uma imagem onde cada spot (poro da lâmina) é representado por um conjunto de pontos coloridos, onde a intensidade de cada cor representa o nível expressão gênica;

5 Análise MicroArray – Processo A imagem é tratado usando softwares de análise de imagem algumas técnicas são usadas para garantir a qualidade dos dados mostrados na imagem; Da imagem tratada é retirada a informação utilizada na análise estatística; Essa análise ocorre em um ambiente computacional propício para as técnicas aplicadas aos dados, como algoritmos de normalização, agrupamento, análise de genes diferencialmente expressos, construção de redes de relevância, entre outros.

6 Maiges Pack O maigesPack é um pacote de arquivos com métodos matemáticos e estatísticos, escritos em linguagem de programação estatística R e em C, que: desenvolve um ambiente computacional para análise de dados de microarray integra estes com diversos algoritmos já desenvolvidos pelo projeto Bioconductor implementa outros métodos de análise

7 Maiges Pack - Estrutura

8 MaigesPreRaw: classe de objetos do R com todos os dados e informações para o conjunto a ser analisado. MaigesRaw: nesta classe são definidos objetos que armazenam os dados brutos para um conjunto de experimentos de microarray. Maiges: os objetos contidos nesta classe são gerados a partir da normalização aplicada sobre os objetos da classe maigesRaw. Para armazenar os resultados obtidos das análises específicas foram criadas as seguintes classes: maigesANOVA, maigesDE, maigesDEcluster, maigesClass, maigesActMod, maigesRelNetB, maigesRelNetM, maigesActNet.

9 Refatoração É o processo de alteração da estrutura interna de um programa sem que o comportamento externo seja alterado.

10 Refatoração - Aplicação 1. Identificar refatorações 2. Determinar quais refatorações deve ser aplicada aos trechos identificados 3. Garantir que o comportamento será preservado após a refatoração 4. Aplicar a refatoração 5. Avaliar os efeitos da refatoração com relação a características de qualidade 6. Manter consistência com os outros artefatos do programas (documentação)

11 Refatoração – Exemplo 1 relNetworkB.R relNetworkM.R relNetwork.R Chamada do relNetwork.R Chamada do relNetwork.R relNetworkB.R relNetworkM.R Chamada do relNetworkB.R ou relNetworkM.R Chamada do relNetworkB.R ou relNetworkM.R

12 Refatoração – Exemplo (Norm.) normLoc.R normScaleLimma.R Antes Converte obj. para RGList ou MAList Declara novo obj (norm.) Pega informação sobre o R Preparativos para aplicação da normalização (tipo printtiploess ou tipo especificado na chamada) Aplica o método de normalização especificado Converte obj. para marrayRaw Declara novo obj (norm.) Pega informação sobre o R Preparativos para aplicação da normalização (tipo Aquantile ou tipo especificado na chamada) Aplica o método de normalização especificado

13 Refatoração – Exemplo (Norm.) normLoc.R normScaleLimma.R Converte obj. para RGList ou MAList Declara novo obj (norm.) Pega informação sobre o R Preparativos para aplicação da normalização (tipo printtiploess ou tipo especificado na chamada) Aplica o método de normalização especificado Converte obj. para marrayRaw Preparativos para aplicação da normalização (tipo Aquantile ou tipo especificado na chamada) Aplica o método de normalização especificado Depois

14 Dúvidas