Felipe Dias Maria Fernanda Gene Ontology (GO) Felipe Dias Maria Fernanda
Objetivos Trabalho colaborativo para atender à necessidade de descrições consistentes de produtos de gene. Reunir três bancos de dados distintos (1998) FlyBase (Drosophila) Saccharomyces Genome Database (SGD) Mouse Genome Database (MGD)
Atualmente Inclui diversos tipos de repositório de genomas: Animais Plantas Micróbios Reúne diversos outros bancos de dados, entre eles: GeneDB (do Wellcome Trust Sanger Institute) The Institute for Genomic Research (TIGR)
Projeto GO Desenvolveu três ontologias baseadas em: Processos biológicos Componentes celulares Funções moleculares Ontologias independentes de espécies.
Projeto GO Aspectos do projeto: Desenvolvimento e manutenção das ontologias. Anotação dos produtos de genes. Desenvolvimento de ferramentas para facilitar a manutenção, criação e uso das ontologias.
As Ontologias Componentes celulares Processos biológicos O componente de uma célula com a restrição de ser parte de uma estrutura maior. Processos biológicos Série de eventos realizados por uma ou mais configurações de processos biológicos. Funções moleculares Descreve atividades à nível molecular.
Áreas não cobertas Produtos de genes. Processos, funções e componentes exclusivos de mutações ou doenças. Interações proteína – proteína. Propriedades anatômicas ou histológicas acima do nível de componente celular.
Outras ontologias da OBO OBO: Open Biomedical Ontologies Biological imaging methods Ontologia de preparação de amostras, visualização e métodos gráficos utilizados em pesquisa biomédica. Drosophila gross anatomy Ontologia da anatomia da Drosophila Melanogaster.
Bibliografia Gene ontology: http://www.geneontology.org Ontologias da OBO: http://obo.sourceforge.net/cgi-bin/table.cgi Outras informações: http://www.dcc.ufrj.br/~dias/websemantica/