KEGG – Kyoto Encyclopedia of genes and genomes Eduardo Fernandes Formighieri Laboratório de Genômica e Expressão / UNICAMP Seminários do LGE - literatura

Índice Introdução Histórico Bancos de dados –Pathway –Genes –LIGAND Grafos Hierarquia de pathways KEGG Orthology DBGET/LinkDB Outros serviços

Introdução – esquema

Introdução - anotação Postular função para produto de gene; ou Predizer estruturas do genoma e suas funções Anotam-se: –Genes que codificam proteínas –tRNAs –rRNAs –ORFs hipotéticos –Clusters de GC –Repetições –Codon usage –Promotores

Anotação – ferramentas

Anotação – mtDNA

Introdução – metabol. virtual

Histórico 1991 – nasce BD GenomeNet

Histórico 1995/6 – KEGG

Histórico PATHWAY GENES LIGAND Genome map Comparative genome map Ortholog group table Computational tools

Histórico EXPRESSION –Padrões de expressão... GENOME Disease catalog Interações proteína-proteína SSDB BRITE

Histórico LIGAND –ENZYME –COMPOUND –REACTION ISIS BD KO GLYCAN

Histórico

Bancos de dados PATHWAY – vias metabólicas e complexos GENES –GENES – genes de genomas e drafts –GENOME – mapas de genoma e info –SSDB – similaridade de seqs. e homologia –KO – KEGG Orthology –EXPRESSION – perfis de chips –BRITE – interações e relações proteína-proteína

Bancos de dados LIGAND –COMPOUND – estruturas de compostos químicos –REACTION – reações químicas –GLYCAN – estruturas glycans –ENZYME – enzimas e reações enzimáticas

Bancos de dados - GENES

Bancos de dados - EXPRESSION

Bancos de dados - SSDB

Bancos de dados - GENOMEMAP

Grafos Conjunto de nós e relacionamentos PROTEIN NETWORK – PATHWAY GENE UNIVERSE – GENES, SSDB e KO CHEMICAL UNIVERSE - LIGAND

Hierarquia de vias Metabolismo Processamento de informações genéticas Processamento de informações do ambiente –Transporte em membranas –Tradução –Sorting e Degradação –Replicação e reparo Processos celulares Doenças humanas

KEGG Orthology EC# –só para vias metabólicas –Problemas de nomenclatura KO –Inclui vias não metabólicas (regulatórias...) –Análise computacional + curação manual

DBGET/LinkDB Sistema integrado de busca em BDs WEB –Buscas por termos em BDs BD –Integração de dados de Kyoto e outros BDs internacionais (NCBI, EBI etc.)

Outros serviços Busca por similaridade de seqüências –BLAST ou FASTA Ferramentas de interpretação de seqüências –SIT – Sequence Interpretation Tools –BLAST –FASTA –CLUSTALW –MOTIF –PSORT –PLOC etc.

Perguntas??? Kanehisa, M. Toward pathway engineering: a new database og genetic and molecular pathways Science & Technology Japan, 59 p Ogata, H.; Goto, S.; Sato, K.; Fujibuchi; Bono, H.; Kanehisa, M. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes Nucleic Acids Research, 27(1) p Kanehisa, M. and Goto, S. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes Nucleic Acids Research, 28(1) p Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashima, S.; Nakaya, A. The KEGG database at GenomeNet Nucleic Acids Research, 30(1) p Goto, S.; Okuno, Y.; Hattori, M.; Nishiota, T.; Kanehisa, M. LIGAND: database of chemical compounds and reactions in biological pathways Nucleic Acids Research, 30(1) p Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashina, S.; Okuno, Y.; Hattori, M. The KEGG resource for deciphering the genome Nucleic Acids Research, 32(Database issue) p.D277-D