Busca por Biomarcadores Proteicos

Apresentação em tema: "Busca por Biomarcadores Proteicos"— Transcrição da apresentação:

1 Busca por Biomarcadores Proteicos
Ferramentas de Bioinformática Busca por Biomarcadores Proteicos Profa. Dra. Giovana Mussi Polachini 24 de outubro de 2017

2 Proteômica Abordagem científica utilizada para estudar o conjunto de proteínas (proteoma) de uma amostra biológica (organela, célula, tecido ou organismo).

3 Barbosa EB et al., 2012.

4 “Proteoma corresponde às proteínas codificadas por um genoma
“Proteoma corresponde às proteínas codificadas por um genoma. Na verdade, o proteoma não é apenas a soma dos produtos traduzidos a partir das sequências genômicas, mas inclui também proteínas resultantes de processos pós-transcricionais e pós-traducionais (...).” “(...), o proteoma é dinâmico e seu perfil se altera de acordo com o status fisiológico e as fases da diferenciação celular.” Barbosa EB et al., 2012.

5 Splicing alternativo

6 Dados do Genoma + Dados Clínicos Dados do Proteoma
Barbosa EB et al., 2012.

7 Digestão proteolítica
Fragmentos Proteína Eletroforeses 1D/2D Amostra Cromatografia líquida Espectrometria de massa spectro Banco público de dados de proteínas

8 Tumor Margem cirúrgica normal

9 Proteínas Identificadas
Cytokeratin 4 Creatine kinase, chain M Calgranulin-b Heat shock protein 27 Glutathione S-transferase P Annexin A1 Cofilin-1

10 Uniprot - http://www.uniprot.org/

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15 Questão 1 – Entre no site Uniprot e utilize a sigla do seu gene para buscar a proteína correspondente. Qual o nome recomendado e os nomes alternativos? Questão 2 – Cite algumas funções moleculares e processos biológicos nos quais a proteína está envolvida. Questão 3 – A proteína sofre modificações pós-traducionais? Quais?

16 Pubmed - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

17 Questão 4 – Entre no site Pubmed e utilize a sigla do seu gene ou o nome da proteína para buscar artigos científicos relacionados a uma doença. Cite alguns trabalhos que validaram a expressão diferencial desse gene ou proteína no nível proteico.

18 Protein Atlas - https://www.proteinatlas.org/

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