Camila – Eutheria (gene?)

Apresentação em tema: "Camila – Eutheria (gene?)"— Transcrição da apresentação:

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2 Camila – Eutheria (gene?)

3 Camila – Aves - Neognathae (COI)
Neognathae (superordem) Sphenisciformes (ordem) Spheniscidae (família de pinguins) Eudyptes (E. robustus, E. pachyrhynchus, E. schlegeli, E. chrysocome, E. chrysolophus e E. sclateri) Aptenodytes (A. patagonicus e A. forsteri) Megadyptes (M. antipodes) Anseriformes (ordem) Anatidae (família de patos) Anas (A. acuta) Região utilizada: CDS da subunidade 1 da citocromo oxidase.

4 Diego – Amphibia - Cytb Método: UPGMA? Modelo: Tamura-Nei Outgroup?
Seria interessante enraizar a tua árvore. Pode ser com qq tetrápoda.

5 Alinhei e acrescentei as sequencias dos outros vertebrata.
Helder Sequencias parciais de CytB para a Família Petromyzontidae (Hyperoartia) Diferentes gêneros e mais de uma espécie por gênero. Alinhei e acrescentei as sequencias dos outros vertebrata. Talvez aqui fosse conveniente limitar o set de dados aos Hyperoartia e colocar duas ou três espécies como outgroups. A Família Petromyzontidae é monofilética mas os gêneros dentro desta família são parafiléticos. ok Peixes cartilaginosos formaram grupo irmão com Hyperoartia além dos outros problemas já mencionados em sala de aula para o gene cytB neste nível hierárquico. Talvez seja só um problema de outgroup. É preciso ver como fica se vc colocar um grupo externo a todos estes organismos (um protocordado, por exemplo).

6 Helder Xenarthra Você tentou enraizar aqui? Esta é a raiz da tua árvore. Se o MEGA não detectou, não tem problema, é a raiz a priori.

7 Helder Xenarthra Afrotheria É conveniente também colocar mais de um outgroup. Por exemplo, vc pode colocar duas espécies de Afrotheria E uma de Laurasiatheria.

8 Helder

9 Helder Mais uma vez, faltou a raiz. Parece que todos os problemas ocorreram por causa de Outgroups não apropriados.

10 Wellington COI Modelo?

11 Wellington COI Modelo?

12 Wellington CytB Modelo?

13 Talvez aqui a melhor saída seja mesmo restringir o seu set de dados.
Tente colocar os anfíbios como grupo irmão, mantenha os répteis, as aves e os mamíferos e veja como fica. Wellington CytB Modelo?

14 Saulo CytB Modelo?

15 Saulo CytB Modelo?

16 Denise CytB Modelo? Outgroup?

17 Foram selecionadas 9 seqüências do gene que codifica a subunidade beta da RNA polimerase (rpoB) para indivíduos do gênero Streptococcus e do Lactobacillus pertencentes a Ordem Lactobacillales. Priscila Método: Neighbor Joining (NJ) Modelo de distância p. Árvore linearizada Conclusão: o gene nuclear não é uma boa escolha para estudo de filogenia de espécies relacionadas, uma vez que é conservado e possui taxa de mutação lenta. Nesse caso, um gene mitocondrial seria mais apropriado para estudo de relações de parentesco recentes. Não entendi...

18 Priscila Método usado: NJ Modelo: Tamura-Nei

19 Priscila Talvez aqui fosse o caso de colocar um grupo externo contendo apenas aves, ou apenas lagartos, ou ambas as coisas. Misturar tudo pode prejudicar o entendimento da tua árvore.

20 Priscila

21 Priscila - Miostatina Será que o CytB também não funcionaria com este conjunto de espécies?