RepeatMasker Aluno: Fred Ulisses Maranhão Professora: Kátia S. Guimarães Cin, UFPE - 1/2001.

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1 RepeatMasker Aluno: Fred Ulisses Maranhão Professora: Kátia S. Guimarães Cin, UFPE - 1/2001

2 Indrodução http://repeatmasker.genome.washington.edu /cgi-bin/RepeatMasker/http://repeatmasker.genome.washington.edu /cgi-bin/RepeatMasker/ Repetições esparsas, regiões de baixa complexidade Algoritmo de Smith-Waterman-Gotoh

3 Entrada Seqüência –Fasta format –Modo de envio: html ou arquivo Opções

4 Formato de retorno: Html, arquivo tar, links Modo de retorno: na própria janela, por e-mail Velocidade/sensilbilidade –Default –Slow: 3 vezes mais lento, 0 a 5% mais seqüências encontradas –Quick: 3 a 6 vezes mais rápido. Ignora 5 a 10% mais seqüências

5 Opções Origem do DNA: –Primatas, roedores, outros mamíferos, Arabidopsis, Drosophila –Outros vertebrados, gramíneas (recentes) http://www.girinst.org/~server/repbase.html

6 Opções Mostrar alinhamentos Não esconde repetições simples e DNA de baixa complexidade Esconde apenas repetições simples e DNA de baixa complexidade Apenas esconde Alus Esconde com “X” para distinguir regiões escondidas de “n”s já existentes na seqüência de entrada Gera uma “annotation table” com número fixo de colunas Outras opções

7 Saída Quatro arquivos: –Seqüência escondida (masked sequence) –Annotation file –Resumo (summary table) –Alinhamentos(opcional

8 Masked Sequence

9 Annotation File

10 Summary table

11 Alinhamentos

12 Aplicações Busca em base de dados Associado a programas de predição de genes Outras aplicações

13 Um Exemplo Simples

14 Um Exemplo Complexo