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ALINHAMENTOS LOCAIS E SEMI-GLOBAIS Katia Guimarães.

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Apresentação em tema: "ALINHAMENTOS LOCAIS E SEMI-GLOBAIS Katia Guimarães."— Transcrição da apresentação:

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2 ALINHAMENTOS LOCAIS E SEMI-GLOBAIS Katia Guimarães

3 Montagem de Fragmentos Dadas duas cadeias de comprimentos similares, identificar boas similaridades entre o início de uma e o final da outra, ou vice-versa. Ex: CAGCACTTGGATTAGAC TACCTGCGCAGCG - TTG Teremos 7 matches, 1 mismatch e 17 spaces.

4 Tentando Alinhamento Global Considerando toda a cadeia ( ALINH. GLOBAL ): TA - C - CTGCGCAGCGTGG - CAGCACT - TGGA – TTAGAC Teremos 7 matches, 7 mismatches e 5 spaces Levando a um score global de –3.

5 Alinhamento Semi-global CAGCACTTGGATTAGAC TACCTGCGCAGCG - TTG Se não considerarmos os custos dos gaps iniciais e finais, este alinhamento teria apenas: 7 matches, 1 mismatch e 1 space, dando um score de 11.

6 Achando o alinhamento semi-global Para não computar o custo dos espaços iniciais em s, o que precisamos fazer? Ex: s = CAGCA t = TACCTGCGCAGCG

7 Achando o alinhamento semi-global Para não computar os espaços iniciais em s, precisamos não computar o custo dos gaps iniciais. Ex: s = CAGCA t = TACCTGCGCAGCG Como obter este efeito na tabela?

8 Achando o alinhamento semi-global Ex: s = CAGCA t = TACCTGCGCAGCG Para não computar as inserções no início do alinhamento, incializaremos a primeira linha com zeros.

9 Achando o alinhamento semi-global Para não computar os espaços após o último caracter de t, ignoramos o sufixo de s que casa com aqueles espaços. Ex: s = CAGCACTTGGATTAGAC t = CAGCG - TTG Como obter este efeito na tabela?

10 Achando o alinhamento semi-global Ex: s = CAGCACTTGGATTAGAC t = CAGCG - TTG Note que depois que t termina, o score vai apenas diminuindo.

11 Achando o alinhamento semi-global Ou seja, não devemos nos preocupar com a continuação do alinhamento depois que a cadeia t termina (última coluna). Logo, devemos tomar o maior valor na última coluna de M, isto é: sim(s, t) = máx i =1..m M[i, n]

12 Achando o alinhamento semi-global De maneira similar, poderíamos ter o alinhamento semi-global começando com remoções. Ex: s = TACCTGCGCAGCG t = CAGCA Para não computar as remoções no início do alinhamento, incializaremos a primeira coluna com zeros.

13 Achando o alinhamento semi-global E ao final não podemos nos preocupar com as inserções no final. Ex: Ex: s = CAGCACTTG t = CAGCG - TTGTACCTGCG Para focar no final de s olhamos o maior valor da última linha.

14 Achando o alinhamento semi-global Ou seja, não devemos nos preocupar com a continuação do alinhamento depois que a cadeia s termina (última linha). Logo, devemos tomar o maior valor na última linha de M, isto é: sim(s, t) = máx j=1..n M[m, j]

15 Achando o alinhamento semi-global Considerando este maior valor na última linha de M: sim(s, t) = máx j=1..n M[m, j] Para conseguir o alinhamento é só começar a busca numa célula (m, k) da matriz, onde k é tal que sim(s, t) = M[m, k].

16 Alinhamento Local Dadas duas seqüências s e t, identificar o alinhamento de melhor score entre um substring de s e um substring de t. O algoritmo será o mesmo que usamos para alinhamento global, com algumas alterações.

17 Alinhamentos Locais Ainda teremos uma matriz (m+1) (n+1) mas cada entrada (i, j) vai conter o maior score de um alinhamento entre um sufixo de s[1..i] e um sufixo de t[1..j]. Para isso, a primeira linha e a primeira coluna vão ser inicializadas com zeros.

18 Observação Para qualquer entrada (i, j) há sempre o alinhamento entre os sufixos vazios de s[1..i] e de t[1..j], que tem score zero. Portanto, este array terá todas as entradas maiores ou iguais a zero.

19 Usaremos ainda Programação Dinâmica M (i, j) = max M (i, j-1) - 2 (último passo = I) M (i-1, j-1) + p(i,j) (último passo = S/M) M (i-1, j) - 2 (último passo =R) 0 (alinhamento vazio)

20 No final... Encontrar a maior entrada em todo o array. Este será o score de um alinhamento local ótimo. O alinhamento é obtido a partir dali, seguindo de volta, e parando quando não houver aresta saindo (ou seja, onde o score for zero).

21 Alinhamento Local - Exemplo C A G C A C T C A T T C C A G C T C G

22 Alinhamento Local - Exemplo C A G C A C T C A T : G C T C G CAGCACTCAT TCCAGCTCG -

23 Alinhamento Local - Exemplo C A G C A C T C A T... T CAGCACTCAT C TCCAGCTCG C A G C T C G

24 Achando o alinhamento semi-global INICIALIZAÇÃO. Para não penalizar por gaps no início das cadeias, ao invés de penalizar com (i. g) ou (j. g), inicializamos a primeira linha e a primeira coluna com zeros.


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