3 a Conferência Regional Norte de Ciência Tecnologia e Inovação Manaus - 2005 Dr. Artur Luiz Silva Departamento de Genética

Apresentação em tema: "3 a Conferência Regional Norte de Ciência Tecnologia e Inovação Manaus - 2005 Dr. Artur Luiz Silva Departamento de Genética"— Transcrição da apresentação:

1 3 a Conferência Regional Norte de Ciência Tecnologia e Inovação Manaus - 2005 Dr. Artur Luiz Silva Departamento de Genética asilva@ufpa.br www.lpdna.ufpa.br/asilva.html

2 Redes Genomicas e Proteômicas Projeto Genoma Brasileiro Rede da Amazônia Legal de Pesquisas Genômicas Rede Proteômica Nacional

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4 Brazilian National Genome Project Consortium Coordenação Geral Andrew Simpson Ana Tereza Vasconcelos Anamaria Camargo Arnaldo Zaha Jesus A Ferro Gerente: Gerente: Juçara Parra Coordenações Locais Anamaria Camargo, Ana Tereza Vasconcelos, Arnaldo Zaha, Benildo Cavada, Célia Soares, Cícero Ramalho, Claudia Guimarães, Dario Grattapaglia, Edmundo Grisard, Fabio Pedrosa, Fabrício Santos, Gilson Manfio, Hector Seuanez, Humberto Madeira, Jesus Ferro, Jorge Porto (INPA), Júlio Cascardo, Juçara Parra, Laurimar Florentin, Lucymara Lima, Marcelo Brocchi, Paula Schneider (UFPA), Sueli Felipe, Mariângela Hungria, Nara Freitas, Rosane Collevatti, Sandro Bonatto, Santuza Teixeira, Sérgio Pena, Spartaco Astolfi (UFAM), Tania Pasa, Talles Grangeiro,Turan Urmenyl Bioinformática/LNCC Ana Tereza Luiz Gonzaga Construção das Bibliotecas Jesus Ferro / Cedral Arnaldo Zaha

5 Chromobacterium violaceum Gram-negativa  -proteobacterium, anaeróbia facultativa, familia Neisseriacea Non pathogenic strains: CCT 3496/ JMC 3496 Encontrada na água e solos de regiões subtropicais, sendo abundante no Rio Negro.

6 Chromobacterium violaceum Genome Project Características Gerais do genoma Length (bp) 4,751,080 G+C (%) 64.83 Number of known protein ORFs 2,717 Number of hypothetical ORFs 756 Number of conserved hypothetical ORFs 958 Total number of ORFs 4,431 Coding region (% of genome size) 88 Average ORF length (bp) 953 rRNA 8x (16S-23S-5S) tRNA 98 Paralogous families 131 Accession number (NCBI/Genbank) AE016825 KEGG matches 3,614 ORFs81 % InterPro matches 3,232 ORFs72 % COG matches 3,273 ORFs73 %

7 Projeto Genoma Funcional e Genética Genômica de Paullinia cupana (Guaranazeiro) Estabelecer um programa de geração e análise de ESTs e identificação de regiões STRs

8 Objetivos Específicos Gerar bancos de seqüências codificadoras (cDNAs) para o guaranazeiro, banco genômico e bancos enriquecidos de microssatélites. Seqüenciar ESTs de diferentes órgãos. Identificar, por comparação com seqüências homólogas e/ou similares registradas em Bancos de Genes, seqüências codificadoras de proteínas envolvidas nos processos metabólicos dos diferentes órgãos do guaranazeiro, e na resistência da cultura a patógenos. Desenvolver a técnica de microssatélites para análise genética dos germoplasmas de guaranazeiro com vistas à conservação e ao melhoramento genético. Formar recursos humanos em biologia molecular / genética genômica / bioinformática em diferentes estados da Amazônia (DEMOCRATIZAÇÃO). Implantar / melhorar a infra-estrutura laboratorial em biologia molecular / genética genômica / bioinformática em Instituições de Ensino & Pesquisas & Desenvolvimento de diferentes Estados da Amazônia Brasileira. Melhorar o cultivo do guaraná através dos resultados obtidos na pesquisa genômica

9 Genoma Funcional

10 Metal pesado encontrado no meio ambiente Liberado no meio ambiente em atividades de lavra Alto interesse médico e no agronegócio: –Medicina – doenças causadas por portozoários –Agricultura – herbicida e aditivo em alimentos –Forense – veneno Formas de interesse: –Arsenato (valência +5) –Arsenito (valência +3) Forma arsenato é competidora na inibição de fosfato e o arsenito possui alta afinidade com grupamentos sulfídricos (Cervantes et al., 1994) Resistência ao Arsênio

11 Mukhopadhyay et al., 2002

12 Produção Mineral Reserva e produção de Ferro Reservas e produção de Cobre Reservas e produção de ouro Reservas e produção de Bauxita

13 Geração de Energia Tucurui - 11.000 Megawatts –Enviromental impacts –River impact Belo Monte

14 Proteína ArsR Características –Regula a expressão do operon –Proteína da família ArsR/SmtB com conformação estrutural do tipo:  –A ArsR possui um domínio de ligação ao DNA tipo helix-turn-helix –É induzida em concentrações subletais –Trabalhos anteriores sugerem que a proteína não precisa estar completa para sua ação biológica. Nossos resultados demonstram que duas linhagens brasileiras de C. violaceum possuem proteínas truncadas. –Desconhecimento da estrutura tridimensional da proteína.

15 ArsR multiple sequence alignment Carepo et al., 2004 Atypical proteins -Comparação entre proteínas ArsR típicas e atípicas. Conserved cysteins in atypical group

16 Comparação entre diferentes linhagens brasileiras de C. violaceum Genome Brazil ArsR proteins from differents C.violaceum strains. The black arrows show the truncated proteins.

17 Características: –Conversora da forma arsenato em arsenito, antes do influxo –Famílias de arsenato redutases: Dependente do grupamento glutaredoxina (Escherichia coli); Dependente do grupamento tioredoxina (Staphylococcus aureus) A proteína ArsC

18 ArsC multiple sequence alignment Carepo et al., 2004

19 Projeto Proteômica do Pará “ Proteoma do músculo esquelético de Búfalo ” Objetivo geral: Mapeamento das proteínas do músculo esquelético de búfalo utilizando eletroforese 2D e espectrometria de massa em animais com musculatura normal e animais com hipertrofia muscular (musculatura dupla) Objetivos específicos: -Montagem de uma Unidade de estudos proteômicos na UFPA -Realização de eletroforese 2D para mapeamento protéico -Análise dos spots protéicos -Identificação das proteínas por espectrometria de massa -Isolamento de algumas proteínas especificas envolvidas no processo de desenvolvimento muscular

20 Unidade de proteômica da UFPA Equipamento: -Eletroforese 2D -HPLC com diferentes colunas cromatográficas como por exemplo de coluna de exclusão molecular, troca iônica e afinidade -Espectrofotometro UV-visível (1nm banda) -Concentrador de proteínas

21 Rede Nacional de Proteômica: -Laboratórios Centrais- Equipamentos de alto custo a exemplo dos espectrômetros de massa -Laboratórios Associados- Desenvolvem o fracionamento protéico e interagem com os laboratórios centrais -Laboratórios Utilizadores- Utilização da rede para auxilio no desenvolvimento de pesquisas especificas em proteômica Projeto Nacional/Projetos regionais Rede Nacional de proteoma iniciou a sua primeira fase: -Cursos de formação ministrados aos membros da rede -Montagem das Unidades Proteômicas Regionais

22 Outras Interações

23 UFPA – CCB/NMT IEC Silenciamento do mecanismo de morte celular programada em hamsters infectados experimentalmente com o vírus da febre amarela

24 Projeto Genoma Funcional do Búfalo Compreensão dos mecanismos envolvidos no desenvolvimento muscular Identificação de novos genes Confiável e reproduzível

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