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Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem Universidade Federal de Viçosa BIO 796 – Problemas Especiais III.

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Apresentação em tema: "Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem Universidade Federal de Viçosa BIO 796 – Problemas Especiais III."— Transcrição da apresentação:

1 Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem Universidade Federal de Viçosa BIO 796 – Problemas Especiais III - Bioinformática Samuel Mazzinghy Alvarenga

2 Problema: Ferrugem: Doença causada pelo fungo Hemileia vastatrix que acarreta muitos prejuízos para a cafeicultura. Objetivo do trabalho: Identificar seqüências do Projeto Genoma Café que estejam ligados à resistência do cafeeiro a ferrugem Desenvolver marcadores de DNA a partir das seqüências identificadas, para que sejam usados no auxílio aos programas de melhoramento genético visando resistência Analisar as seqüências identificadas visando fornecer informações sobre o mecanismo de resistência do cafeeiro a ferrugem Gerar CONHECIMENTO para o desenvolvimento de estratégias eficientes de controle dessa doença

3 Tecidos submetidos a diversos tipos de estresses (ou não) Extração de RNA Construção de bibliotecas de cDNA Projeto Genoma Café - Bibliotecas

4 Sequenciamento Base de dados Seqüências de DNA (ESTs raw reads) Montagem dos contigs Trimagem

5 Coleta de seqüências em bancos específicos Pesquisa em bancos de dados públicos Bancos de dados mencionados nas literaturas Entrez Gene Análise de expressão diferencial Digital Differential Display Biblioteca subtrativa Northern Eletrônico Mineração de dados Estratégias Recursos Plataformas específicas de análises Vai depender do seu trabalho !

6 Mineração de dados Coleta de seqüências em bancos específicos

7 Mineração de dados Coleta de seqüências em bancos específicos

8 Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

9 Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

10 Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos Análise de seqüência por seqüência, selecionando aquelas que julgar promissoras

11 Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

12 Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

13 Mineração de dados Análise de expressão diferencial

14 Mineração de dados Análise de expressão diferencial

15 Mineração de dados Análise de expressão diferencial

16 Mineração de dados Análise de expressão diferencial

17 Mineração de dados Análise de expressão diferencial

18 Mineração de dados Análise de expressão diferencial

19 Biblioteca de folhas infectadas Biblioteca A Biblioteca B Mineração de dados Biblioteca Subtrativa Biblioteca C Biblioteca D ESTs presentes somente nesta biblioteca

20 Mineração de dados Northern Eletrônico

21 Mineração de dados Northern Eletrônico

22 Mineração de dados Outros....

23 Outros....

24 Outros....

25 Outros.... Escolha das seqüências de interesse e armazenamento em projetos organizados por palavras-chave

26 Seqüênciamento Trimagem Montagem Anotação Mineração de dados Phred Retirada de contaminações Cap3, Crossmatch Inferência de rotas metabólicas Inferência de funções moleculares, processos biológicos e localização celular Escolha e análise das seqüências de interesse para o seu trabalho Consed Atribui valores de qualidade às bases Visualiza e edita arquivos gerados pelo Phred Cálculo de sobreposição de reads Remoção de falsas sobreposições Construção dos contigs NCBI, Pfam, Trembl, Prosite BLAST GO KEGG ORF Finder Bancos de dados Encontra fases de leitura Busca por similaridades A partir daqui, cada um segue o seu caminho...

27 No caso de obtenção de marcadores moleculares Mineração de dados Escolha das seqüências candidatas Desenho de primers específicos Teste de estabilidade dos primers Ajuste de protocolo de amplificação Testes de Amplificação com indivíduos resistentes e susceptíveis da população Obtenção das marcas moleculares

28 Desenho dos primers

29

30

31 M Indivíduos susceptíveis (1-12) Indivíduos resistentes (13-24) Obtenção de marcas moleculares Perfil de amplificação do primer CARF 005

32 Próximas etapas Analisar as seqüências obtidas pelos primers polimórficos Analisar as seqüências obtidas pelos primers polimórficos Fazer estudo de expressão nas seqüências cujos primers não mostraram polimorfismo Fazer estudo de expressão nas seqüências cujos primers não mostraram polimorfismo RT-PCRMacroarranjo Disponibilizar o conhecimento obtido para a comunidade científica Disponibilizar o conhecimento obtido para a comunidade científica


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