Universidade Federal de Viçosa

Apresentação em tema: "Universidade Federal de Viçosa"— Transcrição da apresentação:

1 Universidade Federal de Viçosa
BIO 796 – Problemas Especiais III - Bioinformática Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem Samuel Mazzinghy Alvarenga

2 Problema: Ferrugem: Doença causada pelo fungo Hemileia vastatrix que acarreta muitos prejuízos para a cafeicultura. Objetivo do trabalho: Identificar seqüências do Projeto Genoma Café que estejam ligados à resistência do cafeeiro a ferrugem Desenvolver marcadores de DNA a partir das seqüências identificadas, para que sejam usados no auxílio aos programas de melhoramento genético visando resistência Analisar as seqüências identificadas visando fornecer informações sobre o mecanismo de resistência do cafeeiro a ferrugem Gerar CONHECIMENTO para o desenvolvimento de estratégias eficientes de controle dessa doença

3 Projeto Genoma Café - Bibliotecas
Tecidos submetidos a diversos tipos de estresses (ou não) Extração de RNA Construção de bibliotecas de cDNA

4 Seqüências de DNA (ESTs raw reads)
Montagem dos contigs Sequenciamento Trimagem Base de dados

5 Mineração de dados Estratégias Recursos
Coleta de seqüências em bancos específicos Bancos de dados mencionados nas literaturas Pesquisa em bancos de dados públicos Entrez Gene Análise de expressão diferencial Digital Differential Display Biblioteca subtrativa Plataformas específicas de análises Northern Eletrônico Outras Vai depender do seu trabalho !

6 Coleta de seqüências em bancos específicos
Mineração de dados Coleta de seqüências em bancos específicos

7 Coleta de seqüências em bancos específicos
Mineração de dados Coleta de seqüências em bancos específicos

8 Pesquisa em bancos de dados públicos
Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

9 Pesquisa em bancos de dados públicos
Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

10 Pesquisa em bancos de dados públicos
Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos Análise de seqüência por seqüência, selecionando aquelas que julgar promissoras

11 Pesquisa em bancos de dados públicos
Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

12 Pesquisa em bancos de dados públicos
Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

13 Análise de expressão diferencial
Mineração de dados Análise de expressão diferencial

14 Análise de expressão diferencial
Mineração de dados Análise de expressão diferencial

15 Análise de expressão diferencial
Mineração de dados Análise de expressão diferencial

16 Análise de expressão diferencial
Mineração de dados Análise de expressão diferencial

17 Análise de expressão diferencial
Mineração de dados Análise de expressão diferencial

18 Análise de expressão diferencial
Mineração de dados Análise de expressão diferencial

19 Mineração de dados Biblioteca Subtrativa
Biblioteca de folhas infectadas Biblioteca A Biblioteca B Biblioteca C Biblioteca D ESTs presentes somente nesta biblioteca

20 Mineração de dados Northern Eletrônico

21 Mineração de dados Northern Eletrônico

22 Mineração de dados Outros....

23 Mineração de dados Outros....

24 Mineração de dados Outros....

25 Mineração de dados Outros....
Escolha das seqüências de interesse e armazenamento em projetos organizados por palavras-chave

26 NCBI, Pfam, Trembl, Prosite
Phred Atribui valores de qualidade às bases Seqüênciamento Consed Visualiza e edita arquivos gerados pelo Phred Trimagem Retirada de “contaminações” Cálculo de sobreposição de reads Montagem Cap3, Crossmatch Remoção de falsas sobreposições Construção dos contigs Anotação NCBI, Pfam, Trembl, Prosite Bancos de dados ORF Finder Encontra fases de leitura BLAST Busca por similaridades KEGG Inferência de rotas metabólicas GO Inferência de funções moleculares, processos biológicos e localização celular Mineração de dados Escolha e análise das seqüências de interesse para o seu trabalho A partir daqui, cada um segue o seu caminho...

27 No caso de obtenção de marcadores moleculares
Mineração de dados Escolha das seqüências candidatas Desenho de primers específicos Teste de estabilidade dos primers Ajuste de protocolo de amplificação Testes de Amplificação com indivíduos resistentes e susceptíveis da população Obtenção das marcas moleculares

28 Desenho dos primers

29 Desenho dos primers

30 Desenho dos primers

31 Obtenção de marcas moleculares
Perfil de amplificação do primer CARF 005 Indivíduos susceptíveis (1-12) Indivíduos resistentes (13-24) M

32 Próximas etapas Analisar as seqüências obtidas pelos primers polimórficos Fazer estudo de expressão nas seqüências cujos primers não mostraram polimorfismo RT-PCR Macroarranjo Disponibilizar o conhecimento obtido para a comunidade científica