Redes de Coleções Biológicas

Apresentação em tema: "Redes de Coleções Biológicas"— Transcrição da apresentação:

1 Redes de Coleções Biológicas
Integração e disseminação de dados sobre espécies e espécimes: a experiência da Rede speciesLink Nvolvimentos imubro Conferência Científica Internacional Amazônia em Perspectiva Manaus, 18 Novembro de 2008

2 Bioinformática, informática para biodiversidade, ecoinformática e coleções biológicas

3 Padrões e protocolos  interoperabilidade entre sistemas de informação
Acesso dinâmico e transparente à dados distribuídos sobre biodiversidade Global Biodiversity Information Facility (GBIF) 160 mihões de registros de > 200 provedores de dados > coleções biológicas Rede speciesLink (Brasil) 2.9 milhões de registros 150 coleções/sub-coleções Interoperability is often defined as “databases talking to each other” but that isn’t quite right. In an interoperable system, the same query can be made against databases that differ from one another in structure aciend content and the answer to the query retrieved in a single session.s In this example slide, the blue arrows disappear because this kind of work by a person is not often done (also to get them out of the way for the next animation). In the GBIF query portion of the example, the first arrow and the last arrow remain in place because all that the user would experience is the interaction with the search engine. Everything else would be transparent, even though vast distances and many databases might be involved. The GBIF query first taps ECAT to find any synonyms of the name of species X, and these are included in the query to the registry. The query then goes to the databases that have the requested kinds of data (GenBank and ecological). The retrieved data are then relayed to the search engine and the user. Informação integrada sobre espécies, linhagens, genomas e ecologia

4 A importância e uso dos dados de coleções biológicas
Pesquisa educação nomenclatura taxonomia dados descritivos tomada de decisão dados primários modelagem qualidade de dados mapas coleção biológica

5 Rede speciesLink

6 Protocolos para buscas em sistemas distribuidos
Linux MySQL Win98 biota Win98 Access Col 3 FreeeBSD PostgreSQL Win2000 Brahms Col 4 Col 2 Col 5 Col 1 protocol X ? ? ? protocol X protocol X ? protocol X protocol X ? program search interface

7 Solução para interoperabilidade:
Linux MySQL Win98 biota Win98 Access Col 3 FreeeBSD PostgreSQL Win2000 Brahms Col 4 Col 2 mapping Col 5 Col 1 mapping mapping protocolo X mapping mapping protocolo X protocolo X protocolo X protocolo X + DarwinCore program search interface

8 Solução para integração de dados distribuídos
Protocolo DiGIR Aplicativos DiGIR (Portal and Providor) Modelo de dados DarwinCore 2.0 spLinker Aplicativos para exportar dados Independente da plataforma Independente do banco de dados

9 Solução: conectividade internet
site speciesLink Presentation layer Perl Network available 24 hours Network not availablel 24 hours Data PHP Provider Collection Management System SQL Collection A Collection B Data spLi nker Collection Management system SQL repository Advanced search & inventory Centralized Search Collection C Data spLi nker Collectione Management system SQL repository Postgres PHP Provider SOAP Server SQL Indicators/DCdatabase Postgres PHP Provider SOAP Server SQL Mirror or cache node

10 Mapeamento dos campos Modelo DarwinCore + Banco de dados das coleções:
Campos de um registro Dados enviados ao servidor regional a serem disponibilizados on-line Dado bloqueado Mapeamento dos campos Modelo DarwinCore + Filtro para dados sensíveis

11

12

13

14

15

16 Integrando dados e sistemas
Exemplo: Tabebuia

17

18

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28 Ferramentas para a limpesa e correção de dados
Rede speciesLink Ferramentas para a limpesa e correção de dados Nvolvimentos imubro

29

30

31 Ampliação do conhecimento sobre biodiversidade
Quais espécies? Indicadoras Invasoras Ameaçadas Endêmicas Dados? Catálogos taxonômicos e listas de espécies Dados de ocorrência Amostras em coleções científicas Qualidade? Nomenclatura, georeferenciamento Esforço coletivo e processo contínuo

32 Coleções Biológicas da Rede INPA
Novembro 2008

33

34

35

36

37

38

39 Total de registros visualizados por coleção desde agosto/2007
Herbário JBRJ Herbário INPA SinBiota NYBG_Br RPSP ESA MOBOT_Br

40 Esse é o quadro do georeferenciamento automático por município
Esse é o quadro do georeferenciamento automático por município. Não foi incluído no relatório porque a ferramenta foi lançada depois.

41 Georeferenciamento original: INPA-Hymenoptera

42 Georeferenciamento original + automático: INPA-Hymenoptera

43 INPA - Peixes Novembro 2008

44 Perfil do acervo

45 Total do acervo: Total on-line: Total georeferenciado: 0

46

47 Obrigado.... Vanderlei Canhos