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PublicouIan Pereira Alterado mais de 10 anos atrás
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Formato de Arquivos e Banco de Dados Biológicos II
Alynne Oya Chiromatzo
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Sumário Principais Repositórios Comparação Atividades NCBI EBI Entrez
Tipos de Arquivos Aquisição de dados EBI EB-eye Tipos de arquivos Comparação Atividades
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Principais Bancos NCBI (National Center for Biotechnology Information)
1988 – Criado como fonte nacional (norte americana) de informações sobre biologia molecular Bancos de Dados públicos; Pesquisas na área da biologia computacional; Desenvolvimento de ferramentas para análise de dados genômicos; Informações biomédicas.
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NCBI Eu já sei o que eu busco? Ou quero descobrir o que
existe a respeito do que busco?
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Entrez Sistema de busca robusto que realiza a procura simultânea
em múltiplos bancos.
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Entrez Mapa do relacionamento entre os diferentes bancos de dados.
Colocar a imagem parcial Mapa do relacionamento entre os diferentes bancos de dados. Mapa
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Entrez Busca
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Entrez Busca
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Formato GenPept
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Formato GenPept
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Formato GenPept GB: gene bank - accession number
identifica a seqüência e sua versão
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Formato GenPept GI : genInfo Identifier identificador único
para cada seqüência
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Formato GenPept O número do taxon é importante para pesquisas nos BDs.
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Formato GenPept
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Formato GenPept
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Formato GenPept
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Formato GenPept
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Formato GenPept
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Formato GenPept
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Formato Fasta > identificação
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Formato ASN É um sistema de notação usado para descrever dados que serão trocados em um sistema computacional distribuído. Inclui nucleotídeos e proteínas.
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Formato ASN
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Formato ASN
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Acesso aos Dados SOAP (Service Oriented Architecture Protocol)
EInfo – Fornece a contagem, a última atualização e os links disponíveis para cada banco de dados para um determinado campo de indexação. ESearch – Busca e retorna IDs primárias (para uso no EFetch, Elink e Esummary), palavras traduzidas e opcionalmente retém resultados para uso futuro. EPost – Cria um arquivo contendo uma lista de IDs primários para uso nas estratégias de busca sub-sequentes. ESummary – Retorna o resumo de documentos a partir de uma lista de ID primários fornecida pelo usuário.
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Acesso aos Dados Descrição das funções do E-Utilities: SOAP EFetch – Retorna registros de uma lista de IDs primários fornecidos pelo usuário no formato requisitado. ELink – Verifica a existência de links para artigos externos ou do banco de dados a partir de uma lista de um ou mais IDs primários. Retorna os IDs primários dos artigos e as pontuações de relevância. EGQuery – Fornece uma contagem do banco de dados Entrez para uma única busca usando a busca global (Global Query). ESpell – Retorna sugestões de ortografia.
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Acesso aos Dados ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ FTP GenBank – Coleção de anotações de todas as seqüências de DNA públicas disponíveis. Gene – Informações sobre genes de organismos completamente seqüenciados. RefSeq – Conjunto não-redundante de seqüências de DNA, proteínas e transcritos (dogma central). Demais bancos ... Cn3D – Programa de visualização de estruturas 3D. BLAST – Ferramenta de procura de alinhamentos locais em bases de dados. Demais programas ...
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Principais Bancos EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory
European Bioinformatics Institute) Cambridge, Inglaterra Pioneiro no desenvolvimento de pesquisas em bioinformática Desenvolve banco de dados biológicos e programas
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EMBL-EBI BD de seqüências de nucleotídeos do EMBL
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EMBL-EBI - Catálogo mais completo de informações sobre proteínas.
- Repositório central de seqüências e funções de proteínas criado pela junção das informações contidas no UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL e PIR.
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EMBL-EBI Repositório público para dados de transcriptoma e relacionados, o qual visa armazenar dados MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment). Ele armazena padrões de expressão indexados por gene e as suas respectivas biomedidas. Microarray?
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EMBL-EBI Ensembl Genome Browser
Projeto em conjunto com o Instituto Sanger Matem anotação automática de genomas de eucariotos. Ensembl anota genes conhecidos e novos com a anotação de sua função fornecida por InterPro, OMIM, SAGE e famílias gênicas. O acesso aos dados e ao software são livres e sem restrição.
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EMBL-EBI BD de proteínas que abrange famílias, domínios, repetições e regiões com características de proteínas conhecidas que podem ser aplicadas a novas seqüências de proteínas.
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EMBL-EBI Macromolecular Structure Database Group
Projeto europeu para a coleta, gerenciamento e destribuição de dados sobre estruturas macromoleculares derivadas em parte do PDB (World Wide Protein Data Bank).
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Bancos de Dados
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Bancos de Dados
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Busca
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Busca
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Busca
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Busca Human complete
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Busca
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Busca
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Formato Embl ID - identificação AC – número de acesso DT - data
DE – descrição KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título PE – existência da proteína RL – Revista DR – referência cruzada do BD CC - notas FH – cabeçalho da tabela de atributos FT – tabela de atributos XX – linha em branco SQ – cabeçalho da seqüência // - linha final
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Formato Embl Continuação do arquivo ID - identificação
AC – número de acesso DT - data DE – descrição KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título PE – existência da proteína RL – Revista DR – referência cruzada do BD CC - notas FH – cabeçalho da tabela de atributos FT – tabela de atributos XX – linha em branco SQ – cabeçalho da seqüência // - linha final Continuação do arquivo
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Formato Swiss-Prot ID - identificação AC – número de acesso
PR – identificador de projeto DT - data DE – descrição GN – nome genérico KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo OG – organela OX – referência cruzada organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título RL – Revista DR – referência cruzada do BD FT – tabela de atributos SQ – cabeçalho da seqüência CO – linha de contig/construção // - linha final
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Formato Swiss-Prot ID - identificação AC – número de acesso
PR – identificador de projeto DT - data DE – descrição GN – nome genérico KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo OG – organela OX – referência cruzada organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título RL – Revista DR – referência cruzada do BD FT – tabela de atributos SQ – cabeçalho da seqüência CO – linha de contig/construção // - linha final
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Formato PIR > Sinal de maior Duas letras descrevendo o tipo
Protein (complete) P1 Protein (fragment) F1 DNA (linear) DL DNA (circular) DC RNA (linear) RL RNA (circular) RC tRNA N3 other functional RNA N1 ; ponto e vírgula Código de identificação Uma linha contendo a descrição Seqüência contendo 1 ou + linhas * Sinal de terminação
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Acesso aos Dados SOAP WSDbfetch – Retorna entradas de vários BDs biológicos atualizados WSEB-Eye – Acesso ao mecanismo de busca EB-Eye WSMSD – Acesso aos dados e ferramentas do BD de estruturas macromoleculares WSChEBI – Retorna entradas do BD ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) WSIntegr8 – Acesso a um subconjunto de dados disponíveis no portal Integr8 (integrated information about deciphered genomes and their corresponding proteomes ) Mais outros serviços…
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Acesso aos Dados FTP ArrayExpress – Dados de microarray
FTP ArrayExpress – Dados de microarray Embl – BD de nucleotídeos do EMBL InterPro – Famílias, domínios de proteínas UniProt – BD universal de proteínas UniRef – BD referência de grupos de proteínas Demais bancos… Programas
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Comparação NCBI EBI BDs Busca Acesso aos dados BDs Busca
Nucleotídeos Busca - Seleciona itens de interesse - Padrão entre os BDs - Maior consistência Acesso aos dados - SOAP: Específico para acesso de dados Forte: Pesquisas de publicações EBI BDs Proteínas Busca - Faz sub-buscas - Padrões diferentes Maior quantidade de informações Acesso aos dados - SOAP Usado para dados e ferramentas Forte: Obtenção de seqüências novas
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Site com os formatos
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Atividades Busca rápida de dados em formato texto no NCBI usando o clipboard
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Atividades
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Atividades
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Atividades
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Atividades
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Atividades
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Atividades Transformar o trecho abaixo de genbank para: Fasta Embl
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Obrigada!
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