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Formato de Arquivos e Banco de Dados Biológicos II Alynne Oya Chiromatzo

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Apresentação em tema: "Formato de Arquivos e Banco de Dados Biológicos II Alynne Oya Chiromatzo"— Transcrição da apresentação:

1 Formato de Arquivos e Banco de Dados Biológicos II Alynne Oya Chiromatzo

2 Sumário Principais Repositórios NCBI Entrez Tipos de Arquivos Aquisição de dados EBI EB-eye Tipos de arquivos Aquisição de dados Comparação Atividades

3 Principais Bancos NCBI (National Center for Biotechnology Information) 1988 – Criado como fonte nacional (norte americana) de informações sobre biologia molecular – Bancos de Dados públicos; – Pesquisas na área da biologia computacional; – Desenvolvimento de ferramentas para análise de dados genômicos; – Informações biomédicas.

4 NCBI Eu já sei o que eu busco? Ou quero descobrir o que existe a respeito do que busco?

5 Entrez Sistema de busca robusto que realiza a procura simultânea em múltiplos bancos.

6 Entrez Colocar a imagem parcial Mapa do relacionamento entre os diferentes bancos de dados. Mapa

7 Entrez Busca

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9 Formato GenPept

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11 Formato GenPept GB: gene bank - accession number identifica a seqüência e sua versão

12 Formato GenPept GI : genInfo Identifier identificador único para cada seqüência

13 Formato GenPept O número do taxon é importante para pesquisas nos BDs.

14 Formato GenPept

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20 Formato Fasta > identificação

21 Formato ASN É um sistema de notação usado para descrever dados que serão trocados em um sistema computacional distribuído. Inclui nucleotídeos e proteínas.

22 Formato ASN

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24 Acesso aos Dados SOAP (Service Oriented Architecture Protocol) EInfo – Fornece a contagem, a última atualização e os links disponíveis para cada banco de dados para um determinado campo de indexação. ESearch – Busca e retorna IDs primárias (para uso no EFetch, Elink e Esummary), palavras traduzidas e opcionalmente retém resultados para uso futuro. EPost – Cria um arquivo contendo uma lista de IDs primários para uso nas estratégias de busca sub-sequentes. ESummary – Retorna o resumo de documentos a partir de uma lista de ID primários fornecida pelo usuário.

25 Acesso aos Dados SOAP EFetch – Retorna registros de uma lista de IDs primários fornecidos pelo usuário no formato requisitado. ELink – Verifica a existência de links para artigos externos ou do banco de dados a partir de uma lista de um ou mais IDs primários. Retorna os IDs primários dos artigos e as pontuações de relevância. EGQuery – Fornece uma contagem do banco de dados Entrez para uma única busca usando a busca global (Global Query). ESpell – Retorna sugestões de ortografia. Descrição das funções do E-Utilities:

26 Acesso aos Dados FTP GenBank – Coleção de anotações de todas as seqüências de DNA públicas disponíveis. Gene – Informações sobre genes de organismos completamente seqüenciados. RefSeq – Conjunto não-redundante de seqüências de DNA, proteínas e transcritos (dogma central). Demais bancos... Cn3D – Programa de visualização de estruturas 3D. BLAST – Ferramenta de procura de alinhamentos locais em bases de dados. Demais programas... ftp://ftp.ncbi.nih.gov/

27 Principais Bancos EMBL-EBI ( European Molecular Biology Laboratory European Bioinformatics Institute) Cambridge, Inglaterra Pioneiro no desenvolvimento de pesquisas em bioinformática Desenvolve banco de dados biológicos e programas

28 EMBL-EBI BD de seqüências de nucleotídeos do EMBL

29 EMBL-EBI - Catálogo mais completo de informações sobre proteínas. - Repositório central de seqüências e funções de proteínas criado pela junção das informações contidas no UniProtKB/Swiss- Prot, UniProtKB/TrEMBL e PIR.

30 EMBL-EBI Repositório público para dados de transcriptoma e relacionados, o qual visa armazenar dados MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment). Ele armazena padrões de expressão indexados por gene e as suas respectivas biomedidas. Microarray?

31 EMBL-EBI Ensembl Genome Browser Projeto em conjunto com o Instituto Sanger Matem anotação automática de genomas de eucariotos. Ensembl anota genes conhecidos e novos com a anotação de sua função fornecida por InterPro, OMIM, SAGE e famílias gênicas. O acesso aos dados e ao software são livres e sem restrição.

32 EMBL-EBI BD de proteínas que abrange famílias, domínios, repetições e regiões com características de proteínas conhecidas que podem ser aplicadas a novas seqüências de proteínas.

33 EMBL-EBI Macromolecular Structure Database Group Projeto europeu para a coleta, gerenciamento e destribuição de dados sobre estruturas macromoleculares derivadas em parte do PDB (World Wide Protein Data Bank).

34 Bancos de Dados

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36 Busca

37 Busca

38 Busca

39 Busca Human complete

40 Busca

41 Busca

42 Formato Embl ID - identificação AC – número de acesso DT - data DE – descrição KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título PE – existência da proteína RL – Revista DR – referência cruzada do BD CC - notas FH – cabeçalho da tabela de atributos FT – tabela de atributos XX – linha em branco SQ – cabeçalho da seqüência // - linha final

43 Formato Embl ID - identificação AC – número de acesso DT - data DE – descrição KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título PE – existência da proteína RL – Revista DR – referência cruzada do BD CC - notas FH – cabeçalho da tabela de atributos FT – tabela de atributos XX – linha em branco SQ – cabeçalho da seqüência // - linha final Continuação do arquivo

44 Formato Swiss-Prot ID - identificação AC – número de acesso PR – identificador de projeto DT - data DE – descrição GN – nome genérico KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo OG – organela OX – referência cruzada organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título RL – Revista DR – referência cruzada do BD FT – tabela de atributos SQ – cabeçalho da seqüência CO – linha de contig/construção // - linha final

45 Formato Swiss-Prot ID - identificação AC – número de acesso PR – identificador de projeto DT - data DE – descrição GN – nome genérico KW - palavra-chave OS – organismo espécie OC – classificação do organismo OG – organela OX – referência cruzada organismo RN – número da referência RC – comentário RP – posições RX – referências cruzadas RA – autores RT – título RL – Revista DR – referência cruzada do BD FT – tabela de atributos SQ – cabeçalho da seqüência CO – linha de contig/construção // - linha final

46 Formato PIR > Sinal de maior Duas letras descrevendo o tipo Protein (complete)P1 Protein (fragment)F1 DNA (linear)DL DNA (circular)DC RNA (linear)RL RNA (circular)RC tRNAN3 other functional RNAN1 ; ponto e vírgula Código de identificação Uma linha contendo a descrição Seqüência contendo 1 ou + linhas * Sinal de terminação

47 Acesso aos Dados SOAP WSDbfetch – Retorna entradas de vários BDs biológicos atualizados WSEB-Eye – Acesso ao mecanismo de busca EB-Eye WSMSD – Acesso aos dados e ferramentas do BD de estruturas macromoleculares WSChEBI – Retorna entradas do BD ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) WSIntegr8 – Acesso a um subconjunto de dados disponíveis no portal Integr8 (integrated information about deciphered genomes and their corresponding proteomes ) Mais outros serviços…

48 Acesso aos Dados FTP ArrayExpress – Dados de microarray Embl – BD de nucleotídeos do EMBL InterPro – Famílias, domínios de proteínas UniProt – BD universal de proteínas UniRef – BD referência de grupos de proteínas Demais bancos… Programas

49 Comparação NCBI BDs Nucleotídeos Busca - Seleciona itens de interesse - Padrão entre os BDs - Maior consistência Acesso aos dados - SOAP: Específico para acesso de dados Forte: Pesquisas de publicações EBI BDs Proteínas Busca - Faz sub-buscas - Padrões diferentes - Maior quantidade de informações Acesso aos dados - SOAP Usado para dados e ferramentas Forte: Obtenção de seqüências novas

50 Site com os formatos

51 Atividades Busca rápida de dados em formato texto no NCBI usando o clipboard

52 Atividades

53 Atividades

54 Atividades

55 Atividades

56 Atividades

57 Atividades Transformar o trecho abaixo de genbank para: Fasta Embl

58 Obrigada!


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