MÓDULO 4.1 PubMed/Como pesquisar, exibir, fazer download e enviar por os resultados

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1 PubMed/Como pesquisar, exibir, fazer download e enviar por email os resultados (módulo 4.1)

2 MÓDULO 4.1 PubMed/Como pesquisar, exibir, fazer download e enviar por email os resultados
Instruções Esta parte do curso é uma demonstração em Power Point para introduzir os conceitos de Pubmed. Esta parte do módulo é off-line e deve ser usada como referência.

3 Tópicos Conectar-se ao PubMed Navegar no PubMed
Selecionar um banco de dados para pesquisa Pesquisar no PubMed Dúvidas de traduções Mostrar opções Imprimir, salvar e opções para All 5 HINARI/PubMed modules will emphasize skills on how to use PubMed as a tool to identify full-text articles. PubMed is the foremost biomedical database that indexes articles from over 5,100+ biomedical journals. The skills in these modules include an overview of the PubMed website, using LIMITS in PubMed, Medical Subject Headings (MESH) and other tools (preview/index and history) for search strategies and using ‘MY NCBI’, a mechanism that allows you to setup filter tabs in your display area, save searches and receive automatic alerts to new articles added to PubMed. By learning these skills, you will master an invaluable option for utilizing the e. -journals that are available via HINARI particularly since you will be able to identify articles available from multiple journals and HINARI participant publishers. Similarly to the first module, you will need access to the Internet and be required to complete a series of exercises. You must login to HINARI and then go to ‘search for articles through PubMed (Medline)’ or you will not have access to the full-text articles.

4 Logging on to HINARI 1 Antes de entrar nos sites das editoras, é necessário conectar-se ao site do HINARI através da URL . Mude para o site em português e clique no botão CONECTAR Na página inicial do HINARI, encontra-se o link para a página do HINARI em português.

5 Para se conectar na página eletrônica, é necessário digitar o código do usuário HINARI (user name) e a a senha (password) nos campos correspondentes e clicar no botão “Login” Nota: É preciso se conectar corretamente para ter acesso aos artigos na íntegra.

6 Entrando na área de revistas HINARI
Para entrar na área de acesso às revistas, selecione a opção “revitas em texto completo, bases de dados e outros recursos”. Para entrar na área de acesso às revistas, selecione a opção “revistas em texto completo, bases de dados e outros recursos” na coluna da esquerda da página principal do HINARI.

7 A partir da página de “revistas em texto completo, bases de dados e outros recursos" pode-se acessar o PubMed através do link “Buscar artigos das revistas do HINARI via PubMed (Medline)”. A partir da página de “revistas em texto completo…” você pode acessar o PubMed através do link “Buscar artigos das revistas do HINARI via PubMed (Medline)”.

8 PubMed home page 1 Bem-vindos à página eletrônica do PubMed
Esta parte do módulo mostrará a interface de pesquisa, as opções de mostrar na tela (display) as referências, as opções de acesso às referências e como enviar por dos resultados.

9 Other NCBI databases A barra preta acima da caixa de pesquisa contem links para outras bases de dados NCBI. As bases de dados destacadas acima são: PROTEIN, OMIM e revistas do PubMed. Para mudar entre as bases de dados clique no nome da base de dados. For further information on each of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) databases, click on the individual link displayed on the black bar. In module 4.5, you will learn how to register for ‘MY NCBI’ and receive messages listing new articles on subjects of your choice.

10 NCBI – OMIM database Aqui esta a base de dados OMIM.
Para voltar ao PubMed clique no link que está na barra de base de dados. Here is the OMIM database, to return to PubMed click on the link on the database bar.

11 PubMed home page 2 Do lado esquerdo da página eletrônica do PubMed há links para outros recursos do PubMed, como por exemplo, uma visão geral do PubMed (overview) ajuda e perguntas mais frequentes (help & FAQ), um Tutorial e notícias. Abaixo, do lado esquerdo da página do PubMed estão também links para outras facilidades do PubMed como a base de dados de revistas, a base de dados MeSH (Medical Subject Headings), pesquisas clínicas, LinkOut e funções de citações.

12 PubMed home page 3 A caixa de pesquisa no PubMed está ativada. Digite neste espaço o assunto de sua busca.

13 PubMed search box Neste exemplo nós entramos com a busca “malaria infections in Africa” na caixa de pesquisa. Para processar a busca clique no botão “Go”.

14 Results - default display
Os resultados da busca são listados no corpo da página. Existem duas guias adicionais para Free full text (texto integral e gratuito) e artigos HINARI (disponível desde ). Estas são as pesquisas MyNCBI que estão incluídas em todas as consultas HINARI/PubMed (ver módulo 4.5). Dos 1854 articles, 687 estão disponíveis are via HINARI e 330 na guia Free full text (há sobreposição). Results of the search are displayed in the main body of the page.

15 The Details link To see how PubMed performed the search we can click on the “Details” link highlighted below the query box. Para ver como o PubMed processou a busca, pode-se clicar no link “Details” (detalhes) destacado abaixo da caixa de pesquisa.

16 Details page PubMed usa um mapeamento automático de termos. O details (detalhes) mostra como o software do PubMed divide em partes o assunto da busca. Neste exemplo o PubMed buscou por Malaria como uma palavra do texto (text word) e como um termo MeSH devido a identificação automática de termos. Africa e Infections são também buscadas como palavras do texto e como termos MeSH (descritores de assunto). PubMed uses automatic term mapping. Details shows how the PubMed software breaks down the search statement. In this example PubMed searches for Malaria as a text word and a MeSH term because of the automatic term mapping. Africa and Infections are also searched as a text words and MeSH terms.

17 Results – display options
Destacados abaixo da caixa de pesquisa estão as opções de mostrar na tela os resultados encontrados - display. Os registros são apresentados em formato resumido, de 20 em 20 de um total de 1854, mostrados e ordenados pelo número de identificação do registro no PubMed – PubMed ID number. Highlighted below the query box are the default display options. Records are displayed in Summary format, records 1-20 out of 1599 are displayed and the Sort order is by PubMed ID number.

18 Display formats Há diferentes formatos disponíveis para mostrar na tela os resultados da busca. A partir da lista de opções da função display pode-se ver os possíveis formatos de escolha. No PubMed pode-se selecionar tanto o formato Summary (resumido), Brief (curto), Abstract (resumo), Citation (citação), como o formato Medline. Os demais formatos são para outras bases de dados do NCBI. Normalmente, usa-se como padrão, o formato Summary . Para mudar o formato, clique no botão “Display” e selecione o formato desejado. There are a number of different formats available to display results. From the dropdown menu we can see the possible choices. When using PubMed we will use either Summary, Brief, Abstract, Citation, and Medline. The other formats are for other NCBI databases. We have selected Summary from the available options. To change the display click on the “Display” button.

19 Summary format The Summary format displays the authors names, the title of the article, the title of the source publication with citation details, and the PubMed ID number. O formato resumido (Summary) mostra os nomes dos autores, o título do artigo, a fonte de publicação da citação mostrada e o número de identificação do registro no PubMed - PubMed ID number.

20 Brief format A partir das opções da função Display pode-se selecionar o formato curto para apresentação dos registros - “Brief”. From the dropdown menu we can now select the “Brief” display option.

21 Brief format 2 O formato curto (brief) mostra o nome do primeiro autor, parte do título do artigo e o número de identificação do registro no PubMed - ID number. The brief display shows the name of the first author, part of the article title, and the PubMed ID number.

22 Abstract format 1 A opção Abstract (resumo) foi selecionada.
The “Abstract” Option is now highlighted.

23 Abstract format – full text links
The abstract display option will show any links to publishers websites which may have full text available. In this example we have a link to Elsevier Science and next to this is the HINARI Icon which identifies access rights for HINARI registered institutions. O formato “Abstract” destacado dentre as opções de display apresentará os "links" para as páginas eletrônicas dos editores que podem disponibilizar o texto completo do artigo. Neste exemplo, conectamos a página da editora Elsevier e ao lado encontramos o ícone HINARI que identifica o direito de acesso para as instituições registradas.

24 Abstract format – Affiliation information
The abstract display also gives affiliation information. This affiliation information is for the first author listed on the paper, NOT all authors. O formato Abstract também fornece informações adicionais. Estes dados são somente do primeiro autor listado no artigo, e não de todos os autores.

25 AbstractPlus Example Este é um exemplo do formato AbstractPlus. Note the realocação dos ícones HINARI e Elsevier.

26 Citation format 1 The “Citation” display option is similar to the abstract display but has some extra information such as MeSH terms and substances listed. A opção de formato “Citation” (citação) é similar ao formato resumo (abstract), mas mostra algumas informações adicionais, como termos MeSH e nomes de substâncias.

27 Formato Citação – Informação MeSH
Aqui pode-se ver os termos MeSH (descritores de assunto) designados para este registro na indexação feita pela National Library of Medicine (NLM). Aqui nós podemos ver os termos MeSH (descritores de assunto) asignados para este registro na indexação feita pela National Library of Medicine (NLM).

28 MEDLINE format 1 Aqui, selecionou-se a opção do formato “MEDLINE”.
The “MEDLINE” display option is selected here. Aqui, selecionou-se a opção do formato “MEDLINE”.

29 MEDLINE field identifiers
O formato “MEDLINE” mostra todos os campos de um registro MEDLINE com o identificador do campo em cada linha. Este formato é o melhor para ser usado na exportação de registros para um software de gerenciamento de referências. The “MEDLINE” display option shows all the fields in the MEDLINE record with field identifiers at the beginning of each line. This format is best used for downloading records into reference managing software.

30 Number of records displayed
There are a number of different options for displaying the number of references per page. These range from 5 to 500. It is advisable to download as many references per page as possible as this will save time when viewing results by eliminating the need to scroll through numerous pages. From the dropdown menu “200” has been selected, to re-display the results Click on “Display” Há algumas opções de quantidade de referências a serem mostradas por página ( de 5 a 500 referências). É aconselhável listar o máximo de referências possíveis por página para economizar tempo na mostra dos resultados, eliminando a necessidade de passar por inúmeras páginas. Neste exemplo foi selecionada a opção “200” na caixa. Para mudar o número mostrado, clique em uma outra opção na mesma caixa.

31 Results pages The results page is now displaying of There are now only 8 pages of results to view. A página de resultados está agora listando os registros de 1 a 200 dos 1854 registros encontrados na busca. Os artigos aparecem de 10 em 10.

32 Sorting options Os resultados podem ser ordenados alfabeticamente por autor ou por título da revista, ou ainda pela data de publicação. Neste exemplo usou-se a opção “Journal” (revista). Para alterar a ordem alfabética, clique sobre uma das opções no menu. The default ordering of results is by PubMed ID number. Results can be ordered alphabetically by Author or Journal title, or by publication date. In this example “Journal” has been selected from the dropdown menu. To redisplay by Journal click on “Display”.

33 Sorting by journal title
The results are now displayed alphabetically by journal title. Pode-se ver os resultados de mostrados em ordem alfabética pelo título da revista.

34 Selecting references To select references from the results list you need to check the box on the left-hand side near the top of each record. Para selecionar referências a partir dos resultados, marca-se o quadrado que aparece ao lado esquerdo dos registros.

35 Selecting references 2 The results page 1-4 have now been selected. Os resultados de 1 a 4 desta página foram marcados e estão selecionados.

36 Send to Text option 1 The results selected can now be formatted for print by selecting “Send To Text” from the dropdown menu. Os resultados selecionados podem agora ser formatados para impressão selecionando a opção “text” a partir das opções da função “send to” (enviar para).

37 Send to Text option 2 Esta é uma boa opção de formato de impressão.
This option presents a printer friendly format for output to a printer. Esta é uma boa opção de formato de impressão.

38 Send to File 1 Para salvar os resultados selecionados em um disquete, CD, disco removível ou em seu computador, selecione a opção “file” a partir do menu da função “send to”

39 Send to File 2 Abra o arquivo ("open with notepad") e acrescente a extensão.txt (de texto). Para salvar o arquivo, selecione a opção Save File. Choose a name for your file and give the file a .txt file extension. Click on Save

40 Send to 1 To selected results choose “Send To ” from the dropdown menu Para enviar os resultados selecionados por escolha a opção a partir do menu da função “send to”.

41 Send to 2 A partir desta tela pode-se escolher um formato e a forma de ordenar os resultados selecionados, e ainda acrescentar um texto de observação. From this screen you can choose a format and sorting order, and add text notes.

42 Send to 3 Type in an address in the box provided. Digite um endereço de na linha oferecida à frente do item .

43 Send to 5 When you return to the main results screen a message bar appears to inform that an has been sent from the PubMed server to the client address. Ao retornar à tela dos resultados, aparecerá uma barra de mensagem informando que o foi enviado do servidor do PubMed para o endereço de de um usuário.

44 Send to Clipboard 1 Selected results can also be sent to a clipboard area. Select “Send To Clipboard” from the dropdown menu. Os resultados selecionados também podem ser enviados para uma área de trabalho. Selecione a opção “Clipboard” a partir do menu da função “Send to”.

45 Send to Clipboard 2 Uma barra de informação aparecerá indicando o número de itens enviados para a área de trabalho, o limite de tempo que ficarão disponíveis até serem apagados e o número máximo de itens permitidos na área de trabalho. Uma vez usada a guia HINARI e controlados os cinco itens, estes vão para a área de trabalho. An information bar will appear telling you how many results have been sent to clipboard, the time limit after which they will be lost, and the maximum number of items allowed on the clipboard.

46 Send to Clipboard 3 To retrieve items from Clipboard Click on the link below the query box. Para recuperar os itens colocados na sua área de trabalho, clique na opção Clipboard que está abaixo da caixa de pesquisa.

47 Send to Clipboard 4 Dentro da área de trabalho pode-se reformatar e listar os resultados da mesma forma e com as mesmas opções oferecidas a partir da página principal dos resultados. Aqui, foi escolhida a opção Abstract (resumo). From within Clipboard you can re-format and display results in the same way as you can from the main results page.

48 Send to Clipboard 5 To remove an item from clipboard choose “Clip Remove” from the dropdown menu. Para remover um item da área de trabalho, selecione o item a ser removido e escolha a opção “Clip Remove” a partir do menu da função “Send to”.

49 Send to Clipboard 6 An information bar will appear saying how many items were removed from the Clipboard”. Uma barra de informação aparecerá confirmando quantos itens foram removidos da área de trabalho.

50 This is the end of Module 4 Part 1
Este é o fim do módulo 4 parte 1 Há um caderno de exercícios que acompanha esta parte do módulo. O caderno traz exercícios práticos sobre os temas apresentados neste módulo. Atualizado This is the end of Module 4 Part 1. There is a Work Book to accompany this part of the module. The workbook will take you through a live session covering the topics included in this demonstration with working examples.