IF803 - Introdução à Biologia Molecular Computacional Katia Guimarães 2008/2.

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1 IF803 - Introdução à Biologia Molecular Computacional Katia Guimarães 2008/2

2 Conteúdo Programático 1. Visão geral da Biologia Molec. Computacional 2. Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de DNA 3. Classificação de Seqüências Biológicas 4. Estruturas de Dados Biológicos e Busca em Cadeias 5. Introdução à Biologia celular 6. Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas 7. Bancos de Dados Biológicos

3 Referências Bibliográficas Handbook of Computational Molecular Biology. Srinivas Aluru - Chapman & Hall/CRC, 2006. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. Neil C. Jones and Pavel Pevzner - The MIT Press, 2004. Computational Molec. Biology - An Algorithmic Approach. Pavel Pevzner - The MIT Press, 2000. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. A. Baxevanis & F. Ouellette - Wiley, 1998. Introduction to Computational Molecular Biology. J. C. Setubal & J. Meidanis - PSW Publ. Co., 1997. Essential Cell Biology: An Intr. to the Molec. Biol. of the Cell. Bruce Alberts et al. - Garland Pub., 1997.

4 Aulas, Projetos e Avaliação Aulas serão nas Quartas, 14:00- 17:30hs. LOCAL: ???? Avaliação: Projetos envolvendo seminários e/ou implementações.

5 Visão Geral da Biologia Molecular Computacional - História - Ciências envolvidas - Estrutura e função do DNA, do RNA e das proteínas - Tipos de Problemas Computacionais - Métodos da Biologia Computacional

6 Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de DNA Replicação de DNA, Clonagem e Construção de Bibliotecas Alinhamento de duas seqüências Alinhamento de múltiplas seqüências Repeats, Contigs e Scaffolds Alguns programas de montagem de DNA (Phred/Phrap/Consed, CAP3)

7 Seqüenciamento de DNA Método Chain- termination Uso de métodos bioquímicos para determinar a ordem dos nucleotídeos em uma amostra.

8 Classificação de Seqüências Biológicas Estrutura do DNA: Genes, intron, exons, regiões reguladoras, sítios de ligação Anotação de Seqüências Estrutura e função do DNA, do RNA e das proteínas Tradução, transcrição e o código genético

9 Estruturas de Dados Biológicos e Busca em Cadeias Tries Patricia Suffix Trees Suffix Arrays

10 Introdução à Biologia celular Sinalização intra-celular Regulação gênica Expressão gênica Análise de Dados de Micro-array Redes de Genes Complexos e processos metabólicos

11 Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas Protein Data Bank (PDB) Níveis de representação de proteínas Domínios conservados e famílias de proteínas Predição de estruturas de proteínas

12 Bancos de Dados Biológicos Seqüências de DNA Genomas Seqüências de proteínas Estruturas de proteínas Interação proteína-proteína Caminhos metabólicos Microarrays Diversos (SNPs, doenças)

13 Bancos de Dados Biológicos NCBI / NLM / NIH Gen BankNCBI / NLM / NIHGen Bank Protein Data Bank Europian Bioinformatics Institute