Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Plataforma SOLiD ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco
Carvalho et al ,2010
Andreonte ,2011.
Base -code Color-code Roche-454 Illumina-Solexa ABI-SOLiD c c ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG T012301123321023021123021001232332 Base -code Color-code
SOLiD 4 SOLiD 5500
Reação é catalisada por uma DNA ligase
Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera
Ciclo de hibridização a cada 35pb
Código 1 2 3 FAM Cy3 TXR Cy5 AA AC AG AT CC CA GA TA GG GT CT CG TT TG 1 2 3 Fluorocromos FAM Cy3 TXR Cy5 AA AC AG AT CC CA GA TA GG GT CT CG TT TG TC GC
Saída do Sequenciador Os arquivos que representam as sequências obtidas estão no formato “csfasta”. Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato “qual”.
Pipeline De novo É um conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos “reads” e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.
1.Leituras curtas de 35 pares de bases 2. Regiões repetitivas Limitações 1.Leituras curtas de 35 pares de bases 2. Regiões repetitivas 3. Construção de bibliotecas 4. Custo das máquinas 5. Erros de montagem 6. Processamento, análise e interpretação de dados 8. DNA barcode