Licenciatura em Ciências Biomédicas Laboratórios Biomoleculares I Módulo II 2011/2012

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Sumário Motivação e Apresentação do Módulo Objectivos Metodologia de Avaliação Calendarização Módulo II - Tipagem Molecular O que é? Aplicações da Tipagem Molecular. Os primers a utilizar: identificação e estudo. 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Objectivos gerais da UC “...que os alunos consolidem as competências adquiridas nas unidades curriculares de Biologia Molecular, Genética Molecular e Humana, Bioquímica Estrutural e Tópicos em Biomedicina.” 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Objectivos específicos - Módulo II É esperado que os alunos consigam desenhar e compreender o procedimento experimental utilizado para fazer tipagem de organismos e interpretar resultados experimentais de tipagem. 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Avaliação por Frequências Prestações e trabalhos dos alunos Prova de Frequência Prestações e trabalhos dos alunos A nota mínima 9,5 valores. Inclui 2 grupos relativos aos conteúdos leccionados por cada um dos docentes. Uma frequência cujo peso na classificação final é de 30% Nota mínima de 10,0 valores. Será calculada como a média ponderada das classificações de cada módulo. O Módulo I tem um peso de 2/3 na classificação final e o Módulo II 1/3. Vale 70% da classificação final por frequência.   Módulo I – Nuno Rosa Os alunos serão avaliados pela sua prestação nas aulas laboratoriais por um questionário a realizar na última aula deste bloco com o peso de 40% na classificação deste bloco. O restante da classificação do bloco é calculado como a média aritmética de uma resposta por escrito a uma questão posta nos últimos 10 minutos das aulas práticas (7 questões no total) com o peso de 30% na classificação deste bloco e de um trabalho escrito em que resumem o trabalho realizado ao longo do semestre, com o peso de 30% na classificação deste bloco. Módulo II - Maria José Correia: Os alunos serão avaliados pela sua prestação nas aulas laboratoriais por um questionário a realizar no fim das aulas com um peso de 1/4 na classificação final do módulo. Os alunos devem também apresentar e discutir na última aula o trabalho desenvolvido durante o módulo. Estas apresentações são individuais e têm um peso de ¼ na classificação final do módulo. O restante ½ da classificação do módulo é obtido com a realização de uma ficha de avaliação com sobre a totalidade do módulo depois da última aula laboratorial. 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Avaliação Avaliação por Exame Final do Semestre Prova Escrita de Exame Prestações e trabalhos dos alunos A nota mínima 9,5 valores. Um teste escrito que inclui 2 grupos relativos aos conteúdos leccionados por cada um dos docentes e cujo peso na classificação final é de 30% Transposta do 1º momento de avaliação. Vale 70% da classificação. Avaliação por Exame de Recurso Prova de exame versando todos os conteúdos leccionados. Este exame inclui uma componente laboratorial co o peso de 50% na classificação final. 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Programa Disponível no molar Contém calendarização das aulas 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Módulo II – Tipagem Molecular Aulas Teórica 1-2

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Tipagem Molecular O que é? É o estudo da sequência de DNA para ser possível comparar vários indivíduos. Para que serve? É usado na: Identificação; Classificação; Diagnóstico; Taxonomia. 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Tipagem Molecular Que técnicas utiliza? PCR Ciclos de replicação? Primers? Electroforese Condições 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Várias formas de tipagem 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Escolha do método de tipagem de acordo com a finalidade pretendida Identificação vs. Diferenciação reprodutibilidade poder discriminatório custos 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Alguns métodos de genotipagem RFLPs Rep-PCR PFGE e DGGE Sequências de DNA 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 RFLP’s Restriction Fragment Length Polymorphism Usa enzimas de restrição Análise dos fragmentos produzidos Pode ser combinada com sondas específicas 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 rep-PCR PCR para zonas conservadas repetitivas da maioria das G- e algumas G+ Repetitive Extragenic Palindromic (REP) (35 40 pbs) Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) (124-127pbs) Box (154 pbs) 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 PFGE e DGGE Pressupõe PCR anterior para geração dos fragmentos São técnicas apenas de separação dos fragmentos de DNA 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Sequências de DNA Obter fragmentos de DNA do microrganismo Fazer o seu sequenciamento As sequências podem ser obtidas por clonagem ou por amplificação de PCR 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Técnica de PCR Forma muito comum de obter os fragmentos para análise. O que determina a especificidade da reacção de PCR? 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02 Desenho de primers? Qual o objectivo? Quais os cuidados a ter? Temperaturas de “melting” e “anneeling”. Complementaridade dos primers 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Temperatura de Melting TM= 2*(A+T) + 4*(G+C) GCCAACAGAATCCTTCTTGA GGTCTCTGTGCATTGACCTT TM= 58ºC 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02

Objectivo pretendido neste módulo Identificação de bactérias do biofilme oral Artigos na pasta do molar. Que sequências se vão ampliar em cada bactéria? Qual a sensibilidade e especificidade do teste? Que concentrações de cada uma das espécies de Streptococcus conseguem ser identificadas? Objectivo para a próxima aula Saber que soluções temos de preparar 25-11-2011 Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02